タイガーマスクが姿を消してから40数年後。虎の穴は密かに復活していた。GWMというアメリカの巨大団体を隠れ蓑に、プロレス界の独占を目指していた。その魔手は日本にも及び、一人のレスラーが引退に追い込まれた。そのかたきを討つために、二人の若者が過酷な運命に身を投じた。

東ナオトは、高岡拳太郎の元で特訓を積み、新たなタイガーマスクとなる。藤井タクマは、自ら虎の穴に身を投じ、新たにタイガーザダークとなる。ここに二頭の虎が生まれた。GWMの日本公演。タイガーマスクは試合に乱入し、タイガーザダークと邂逅する。ナオトとタクマが、互いにその正体を知らぬままに。

GWMの日本侵攻に対し、新日本プロレスも黙ってはいなかった。GWMがタイガーマスクに差し向けた刺客、ブラックパイソンとの試合を巧みに誘導し、前哨戦のタッグマッチを新日本の大会で組んでしまう。

新日本のヤングライオン若松龍がオカダ・カズチカのアドバイスを受け、タイガーマスクとタッグを組む。だが高岡と二人で訓練を積んできたタイガーマスクは、タッグマッチは初めてだった。

ブラックパイソンとタイガー・ザ・ダーク組に対し、タイガーマスクのタッグチームは機能するのか？

ナオトは高岡拳太郎と共に富士の裾野にある秘密訓練場に向かう。そこは初代のタイガーマスク・伊達直人が使っていた場所だった。

三年前、『ジパングプロレス』のエース藤井大助が虎の穴のレスラー・イエローデビルによって引退に追い込まれ、団体は潰されてしまった。『ジパングプロレス』の練習生だったナオトは行き場を失うが、高岡に導かれ、ここで伊達直人の遺産を受け取り、新たなタイガーマスクとなったのだ。

タクマは父親である藤井大助がリハビリを続ける療養所を訪れていたが、声はかけられなかった。自分が今、虎の穴のレスラー・タイガー・ザ・ダークだからだ。

タイガーマスクを倒すべく、赤き死の仮面・レッドデスマスクが来日する。流血のような赤き姿で。

謎のマスクマン、レッドデスマスクと若松龍の前哨戦が始まる。若松はエルボーなどの打撃で攻めるが、レッドデスマスクには全く効かない。逆にレッドデスマスクの得意技、レッドデスクロ―が決まると若松は流血、さらにそのまま鉄柱に打ち付けられ、気絶してしまう。試合後、ナオトはレッドデスマスクとの決戦に向け、クロ―を潰す策を練る。

そしてついにタイガーマスクとレッドデスマスクの試合を迎えた。レッドデスマスクはゴングが鳴る前に試合会場の照明を落とし、いきなり乱入してタイガーを袋叩きにする。突然の反則に意表を突かれたタイガーは劣勢に立つ。ゴングが鳴っても劣勢は変わらず、レッドデスクロ―で流血するタイガーだが、アームバーでレッドデスマスクの右腕を使えなくした。しかしレッドデスマスクは左手でレッドデスクロ―をしてきた。さらにそのままリングに叩きつける必殺技、レッドデスドロップが炸裂！　窮地に立つタイガーだが、起死回生のローリングソバットからタイガードライバー98で勝利するのだった。

ナオトは実戦経験を積むためにタイガーマスクとして新日本プロレスのシリーズに初参加する。そこで出会ったのはご当地レスラーのふくわらマスク。そのコミカルなレスリングはタイガーと正反対の試合スタイルだった。タイガーマスクはバトルロイヤルでふくわらマスクと絡むことになる。しかしふくわらマスクは、ただのお笑いプロレスラーではなかった…。その頃、タクマはアメリカのGWMでタイガー・ザ・ダークとして先輩レスラーの厳しい攻めの中、のし上がっていた。

沖縄で開催される新日本プロレスの興業に参加するタイガーマスク。会場を盛り上げるため、2人組のアイドルグループ・生ハムと焼うどんも沖縄に呼ばれていた。

2人は歌うためにリングに上がるが、彼女たちが公式アカウントに書いた「プロレスに興味もないのにお仕事として引き受けた」という内容が反感を買い、プロレスファンからブーイングの嵐。会場は大荒れとなってしまう。そこにヒールレスラー、ゴリラージェットシンが登場、生ハムと焼うどんに襲い掛かる。果たして2人の運命は！？

タイガーマスクは新日本プロレスの巡業で沖縄へ行き、プロレス記者の来間から取材を受ける。そこで半世紀前に実在したもう一人の虎で、ヒールレスラー養成機関、虎の穴を裏切り子供たちの英雄になった初代タイガーマスク、伊達直人の軌跡を聞かされる。　現在に蘇った黄色い虎タイガーマスクと、合わせ鏡の黒い虎、タイガー・ザ・ダーク。沖縄の太陽は三人の虎の真実をあぶり出すのか？

新日本のシリーズに帯同したタイガーマスク・ナオトはプロレスラーとして充実感を感じていた。ルリコとの仲もいい雰囲気だ。一方のタクマは虎の穴本部でトレーニングを積む。だがGWMの日本侵攻作戦は進んでいた。巨大な常設会場を建設し、「覆面ワールドトーナメント」の開催宣言をする。出るしかないタイガーマスク。そして新日本では周囲の反対を押し切ってある選手が出場を決意する。

「覆面ワールドトーナメント」開幕。ふくわらマスクも参加しているが、錚々たる顔ぶれがそろった。その中にイエローデビルもいる。タイガーマスクは入場式でイエローデビルにつっかかるが、タイガー・ザ・ダークと乱闘になる。波乱含みの一回戦が始まり、そこにミスタークエスチョンを名乗るレスラーが乱入。かつて初代のタイガーマスクと戦ったレスラーと同じ名前だ。そのミスタークエスチョンがタイガーマスクに挑戦してきたのだ。

タイガーマスクの一回戦に突如乱入した謎のマスクマン・ミスタークエスチョン。初代のタイガーマスクも同じ名前のレスラーと戦ったことがあり、その正体はインドの英雄グレート・ズマだった。今回は一体何者なのか？ひとつだけ確かなことは、今回のミスタークエスチョンも強いということ。タイガーマスクの技もスピードも通用しない。強敵相手に勝利への活路を見出せるのか？そしてこの戦いを経て明らかになるタイガーに欠けているものとは？

タイガーマスクはミスタークエスチョンの言葉を思い返していた。「君は確かに強い。だが必殺技がない。この先強敵に立ち向かうにしては牙が足りない…」。そんなタイガーマスクを棚橋は新日本の合同練習に誘い、タイガーマスクオリジナルの必殺技研究に力を貸す。さらにオカダ・カズチカも協力してくれることに。この合同練習を通してタイガーマスクのオリジナル技は生まれるのだろうか。

タイガーマスクは棚橋たちと必殺技を開発しようとしていたが、まだ完成には至らなかった。しかもその練習中に棚橋は怪我を負ってしまう。そんな中、覆面ワールドトーナメント準決勝が始まる。棚橋扮するマスクマン・イッツザエースがイエローデビルに挑むも、負傷箇所を攻められ厳しい展開に。準決勝のもう一試合は、タイガーマスク対タイガー・ザ・ダーク。ナオトとタクマがお互い相手の正体を知らぬまま、死闘を繰り広げる。勝負を分けたのは、声援を送る藤井大助の存在だった。

遂にタイガーマスクは、覆面ワールドトーナメントの決勝戦に進出した。対する相手は宿敵イエローデビル。師と仰ぐ藤井大助を再起不能にさせ、ナオトの所属していたジパングプロレスを潰した因縁の相手だ。決まるのはイエローデビルの必殺技デビルズクラッシュか？タイガーの新必殺技か？決勝のゴングが高らかに鳴った！

覆面ワールドトーナメントでの敗北により、タクマたちは虎の穴本部へ戻された。表舞台へ復帰したいタクマは、ヘル・イン・ザ・ホールへの出場を宣言する。一方、イエローデビルの手掛かりを失い意気消沈するナオトのもとに、ルリコからプロレス観戦のお誘いが来る。しかし、その試合にタイガーマスクとして出場することになってしまい、正体を知られるわけにはいかないナオトはルリコにばれないように一人二役を演じることに。そして、日本マーケット独占がうまく行かないGWMは、ついにタイガーマスクに目をつけるのだった…。

覆面ワールドトーナメントは大成功に終わったが、GWM所属選手のみの興業では空席も目立ち、GWMによる日本マーケット独占は失敗に終わった。更なる手を考えたミスXは、タイガーマスクのシングルマッチをメインイベントにし、観客動員を増やそうと画策。その対戦相手はマスクマン“ビッグフット”。身長2メートル20センチを超える巨体で、試合では毎回5分以内に相手をKOする程の大型パワーファイターだ。

プロレスはリングの上の戦いだけではない。プロモーターたちも観客を呼ぶために日々戦っている。地方巡業に向かう新日本プロレスのバスに乗っているのはメキシコのプロレスラー、ザ・サボテンとそのエージェント、マダム・マミー。しかし、マミーの本当の目的はタイガーマスクをメキシコプロレスに契約させること。永田選手からタイガーはフリーのレスラーと聞いたマミーは、春奈に猛烈なアプローチをかける。

新日本プロレスの巡業に参戦することになったタイガーマスク。春奈と共に地方の会場に到着すると、 そこに真壁刀義が現れる。「お前ら、甘いモノは好きだよな！」巡業先で地元のスイーツを食べまくるのを楽しみにしている真壁は、強引にタイガー・春奈・本間を連れ出し、町のスイーツ店巡りに向かう。だが、どの店もなぜか品切れ状態。一体何が起こっているのか!?

キャンディペアのミント＆ミルクはGWMのビッグマッチに再び参戦する。対戦相手はGWMワールドディーバタッグチャンピオンのクイーン＆ペイン。前回、奮闘むなしく負けた二人だったが、今回はベルトを奪うつもりだ。だが試合直前、ミルクが急病で倒れてしまった。折角のチャンスを棒に振り、失意のミント。二人に誘われて観戦に来た春菜、ミントのタッグパートナーに名乗り出た。了承するミスX、不敵な笑みを浮かべて。

ヘル・イン・ザ・ホール。それは虎の穴が主催する秘密プロレス。反則も凶器使用もお構いなしの死闘で、大金持ちがその勝敗に大金を賭ける。レッドデスマスクやブラックパイソンらの強豪が出場する中、表舞台に復帰する為、タクマはケビンと共にこの過酷な戦いに挑む。だがタクマと因縁浅からぬオーディンとビリーザキッドマンが手を組み、二人の前に立ち塞がった。

ルール無用のヘル・イン・ザ・ホール。赤き死の仮面レッドデスマスクがその本領を発揮する。タクマたちは結託してレッドデスマスクに立ち向かう。なんとか最終決戦のリングへ勝ち上がったレスラーたちを待ち受けていたのは、門番と言うべきレスラー、ブラックアウト。そのブラックアウトには恐るべき秘密があった。

アメリカ。GWMのニューヨーク大会で、タイガー・ザ・ダークがオープナーとして表舞台に復帰。メインイベントではGWM世界ヘビー級チャンピオンのザ・サードが、チャレンジャーのビッグフットを相手に圧倒的な強さを見せつける。一方、日本の新日本プロレスの興行では、メインイベントでタイガー＆棚橋VSオカダ＆ヨシハシのタッグマッチが行われる。試合後、ダークとケビンはミスターXの命令で日本に行くことに。そしてザ・サードも自ら日本行きを志願する。

地方の寂れた商店街を元気づけようと、ふくわらマスクはプロレスの自主興行を開催することに。宣伝のポスターには、出場予定のレスラーとしてタイガーマスクや永田選手、スプリングタイガーの姿も。だが、なんと正式な出場オファーはまだだった。寝耳に水のタイガーはビックリ。勝手に名前を使われた春奈や永田は激怒。さらに試合当日もトラブルが連発。果たしてふくわらマスクの自主興行は成功するのか!?

GWMはウォーゲームを開催。優勝賞金100万ドル。更にGWM世界ヘビー級チャンピオン、ザ・サードへの挑戦権を手にすることができる。新日本プロレスをはじめ、世界の名だたるレスラーが参戦を表明。ナオトは賞金よりザ・サードへの挑戦権を欲した。彼に勝ちベルトを奪取すれば、イエローデビルを引っ張り出るからだ。タクマも参戦、内なる闘志を秘めて。

そんな黄色と黒の虎の前に空前絶後のスペシャルリングが現れた！

世界最大級のスペシャルリングで行われている究極のトーナメント、ウォーゲームでは熱いバトルが展開中。そんな中、タイガー・ザ・ダークとイエローデビルの戦いが始まり、焦るタイガーマスクだが、勝利したタイガー・ザ・ダークがイエローデビルのマスクを剥がすと、その正体は三笠海王であった。一方、トップを切って一足先に上のステージへと上がっていくザ・サード。それを追うタイガーマスク、ふくわらマスク、タイガー・ザ・ダーク、棚橋やオカダ、内藤たち新日本プロレス勢。そしてついに、最上段の一歩手前、四段目のリングでは内藤VSザ・サード、タイガーマスクVSタイガーザダークの戦いが始まった。果たして最上段に上がるのは誰なのか！？

ウォーゲームのメインイベントはタイガー・ザ・ダークVSザ・サードとなった。ザ・サードが勝ち上がったことで、この試合はGWM世界ヘビー級チャンピオンシップに。さらに、ダーク（タクマ）はお互いのマスクを賭けた戦いを挑む。受けて立つザ・サードは、自分の過去、さらには自分が本当は何者かを明かすのだった。

病院送りにされたタクマは、父・大助と同じ療養所で過ごすことになる。失意のタクマを気遣う大助。ナオトも気落ちしているが、高岡に励まされ、練習に精を出す。新日本は新たなマスクマン、ミラクル1を来日させ盛り上がりを見せていたが、そのミラクル1が突如牙を剥く。

ザ・サードとの試合が組まれず、戦いのモチベーションが下がったままのタイガーマスク。そんな中、ルリコに悩みを打ち明けられる。ルリコもまた仕事へのモチベーションが下がっていた。「なぜ戦うのか？」そんなルリコの問いに自らも同じ質問を問いかけるタイガーマスク。かつて生きる力をもらった藤井大助のような試合がしたい……。今はそれが答えだった。そしてキングタイガーとの戦いのゴングが鳴る。

GWM側についたナオトは高岡と対立し、不仲になる。ミラクルズと共闘するタイガーマスクは、その高岡から教わったラフ殺法をリング上で展開し、周囲を驚かせた。そしてナオトは、怪我を負ったタクマと療養所で再会するが、そのアドバイスに耳を貸さず、ミラクルズと共に新日本のレスラーをまた一人病院送りにしていたが……

ナオトはザ・サードと戦う為、ミスXの要求に従いミラクルズの一員となった。敵側になったタイガーマスクは新日本プロレスファンからブーイングを浴せられていた。度重なるミラクルズの暴挙に新日本プロレスはシリーズ最終戦。完全決着、5対5のイリミネーションマッチを行う。リングで激突する新日本とミラクルズ！苛烈を極める試合の最中、あの男がリングに上がった！

ついにGWMが新日本プロレスに宣戦布告した。両団体は生き残りを賭けたシリーズ「ファイナル・ウォーズ」に突入。その最終戦で、両団体5人ずつレスラーを選出して、文字通りの頂上決戦が行われることになった。だが、タイガーマスクは新日本を裏切り、そしてGWMも裏切ってしまった。居場所を無くして苦悩するタイガー。そんな彼に対し、GWMはミラクル4とのシングルマッチを組む。だがそれは、裏切り者に対する制裁マッチだった。

新たな必殺技の開発に行き詰っているナオト、そんな中、高岡の口から出た嵐十段と呼ばれる剣術と柔道の大家。その嵐が京都にいると聞き、京都旅行に燃えていた春奈が強引に京都行きを決めてしまう。ひたすら京都を楽しむ春奈を高岡が一喝し、三人は嵐先生の元へ向かった。しかしそこは小さなオンボロの町道場で、出て来た三代目の師範、半田も胡散臭い人物だった。そしてもう一人、嵐の後を継ぐ別の者がいることを知ったナオト達は嵐高徳の名乗る人物と相対す。果たしてタイガーマスクは新必殺技のヒントを得ることが出来るのだろうか！？

GWM対新日本プロレスとの戦いは続く。その中にタイガーマスクに対するGWMの制裁マッチが組み込まれる。今度のタイガーの相手はミラクル3。だがランバージャックという特殊なルールで行われる試合で、味方のいないタイガーは絶対的に不利であった。タイガーの味方は果たして現れるのか？

GWMのミスターXは新たな刺客を日本に送り込んだ。ザ・セカンドとタイガー・ザ・ブラック。その記者会見では、ザ・セカンドのフルネームがビッグタイガー・ザ・セカンド、さらにザ・サードのフルネームがタイガー・ザ・グレート・ザ・サードだと判明する！　その名前に反応する高岡。高岡には初代のタイガー・ザ・グレートと過去に因縁があったのだ。そんな二人を迎え撃つタイガーマスクと新日本の永田裕二。そのタッグマッチはいかなる展開になるのか！？

GWMが新日本プロレスを潰すために組んだ試合形式は、双方5人の選手を出して戦うファイナルウォーズだった。タイガーマスクは新日本勢に加わり、GWMと戦う事になったが、ザ・サードと対戦できるかはわからない。一方、春奈は幾つもの恋愛模様に巻き込まれていた。ファイナルウォーズ、第一試合、真壁VSブラックタイガー戦はもつれ……

ファイナル・ウォーズ第一試合は両者リングアウトでドローに終わった。第2試合はタッグマッチ。新日本はオカダ・カズチカ、GWMはザ・サードを送り込み、両団体のチャンピオン同士が激突する。ザ・サードとの試合を熱望していたタイガーマスクだったが、今は両者の闘いを黙って見つめるしかない。続く第3試合は6メンタッグ。だが、内藤哲也はまだ会場に現れない。仕方なく、負傷を押して出場しようとする永田。するとそこに、新日本の危機を救うべく、意外な男が現れる。

新日本プロレスが後のない状況で、第四試合を迎える。タイガーマスク＆タイガー・ザ・ダークVSザ・サード＆ザ・セカンド。ザ・サードを前にエキサイトしたタイガーマスクはピンチを招き、助けに入ったダークは場外でダウンしてしまう。その間にザ・サードはタイガーマスクのマスクを剥ぎ取ってしまった。必死にリングに戻ったタイガー・ザ・ダークは、新必殺技を放つ。

オカダがミラクルワンを下し、ファイナルウォーズはエクストラマッチに突入。決着戦に出てきたのはタイガーマスクとタイガー・ザ・グレート・ザ・サード。マスクを破られたタイガーマスクは新たなマスクを被って登場した。命を削り合うような攻防の果てに、勝利するのはどちらの虎か！