东西冷战了170年后的未来，世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙，处于极度的紧张状态。在那样的状况中，设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”，组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。

　　主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器，并赌上性命进行着谍报活动。。。

Nine super-powered cyborg soldiers join forces to combat Black Ghost, the terrorist organization which they were originally created to serve.

Neuf soldats cyborg super puissants unissent leurs forces pour combattre Black Ghost, l'organisation terroriste pour laquelle ils ont été créés à l'origine.

Il diciottenne Joe Shimamura si risveglia in una sala operatoria senza sapere perché si trovi lì. Sconvolto, il ragazzo fugge da quello che scopre essere un laboratorio e, nel farlo, si rende conto di aver sviluppato capacità sovraumane. In seguito scopre di essere il nono di una serie di cyborg destinati a scopi militari. Viene a sapere inoltre che, come lui, anche gli altri otto cyborg erano degli esseri umani catturati e potenziati con parti meccaniche contro la propria volontà e che dietro a tutto questo si cela il Black Ghost, un gruppo terroristico che agisce senza scrupoli pur di arricchirsi.

「目を覚ませ…来るんだ、僕たちのところに…」

心に呼びかけてくる声―-―目覚めたとき、少年・島村ジョーは見たことも無い一室にいた。無機質な部屋。そして赤い服に黄色いマフラー。どれもが見覚えのないものだ。

突如、静寂は撃ち破られた。ロボットが現れたのだ。ジョーを押さえつけ、ギリギリと首を締め上げる。その刹那、もの凄いパワーでロボットを破壊するジョー。自らが発した力に驚愕するジョーだったが、迷う時間は無かった。心に呼びかけてくる、自らを001と名乗る声に従い、外へと脱出する。次々に襲い来るロボット、戦車、戦闘機、ロボット鮫…そしてそのどれもを、人並み外れた力で蹴散らしていった。逡巡するジョーに声が呼びかける。

「驚くことはない…それが君の力なんだ」

闘いが終わったとき、そこには同じ服を着た者たちがいた。人種も年齢も違う8人の男女――中には赤ん坊もいる。そして彼こそが001だった。

고아원의 신부 살인 누명을 쓰고 경찰에 쫓기고 있던 시마무라 죠는 수수께끼의 남자들에게 납치되어 사이보그로 개조된다. 수수께끼의 남자들은 세상의 그림자에서 암약하는 죽음의 상인 블랙 고스트단의 앞잡이였으며 그들은 다가올 미래에 있을 커다란 전쟁에 대한 계획 중 일부인 사이보그 병사 계획의 시작품으로써 죠를 개조한 것이었다. 그 후 009라는 코드네임이 붙여진 죠는 그와 마찬가지로 블랙 고스트 단에게 납치되어 개조당한 제로제로 넘버 사이보그들과 그들을 개조한 장본인인 길모어 박사와 함께 블랙 고스트에서 탈출하고 사람의 마음을 가지고 있으면서 기계이기도 한 자신들의 존재와 슬픔을 가슴에 안고 블랙 고스트 단과 끝나지 않는 싸움을 계속한다.

Black Ghost, uma sociedade secreta que manipula todas as ações globais através do submundo, ambiciona levar as guerras, que caminham lado-a-lado com a humanidade desde seu nascimento, para o espaço. Para isso, inicia-se o projeto ciborgue, que consiste na produção de super-soldados para serem usados como armas por Black Ghost. No entanto, uma das mentes brilhantes por trás do projeto, o professor Isaac Gilmore, é atormentado por sua consciência a abandonar o projeto e assim organiza uma rebelião que visa a libertação dos 9 protótipos 00. Joe Shimamura é o protagonista da história que se inicia quando este se junta ao grupo rebelde que decide então utilizar de suas novas aprimoradas habilidades para se voltar contra seus próprios criadores e dar um fim ao período de caos e destruição propagado por Black Ghost. Em meio as suas aventuras, Joe e seus companheiros biônicos ainda se envolvem em conflitos com cientistas megalomaníacos que brincam de Deus em suas experiências na área de genética, terroristas do Oriente Médio, visitantes do futuro, mitos trazidos a vida pelo avanço da tecnologia, habitantes de civilizações perdidas e até cultos religiosos com fins inescrupulosos, tudo isso enquanto lidam com seu drama pessoal por terem sido privados de sua humanidade para serem convertidos em armas de destruição em massa. Agora eles buscam compensar sua existência lutando pela paz e justiça.

Ao criar essa adaptação, a intenção era adaptar principalmente "Nascimento", "Assassinos", "Os Cyborgs Mitos" e "Império Subterrâneo de Yomi", e ter os quatro arcos compõem a composição principal da série, adicionando um giro contemporâneo ao enredo. Yomi também marcaria o fim da série, como Ishinomori tinha a primeira intenção.

Para espalhar o tempo entre esses quatro arcos e desenvolver ainda mais os personagens, histórias recém-criadas foram concebidas, juntamente com a compra livre de histórias no Adventure King, Shojo Comic e Weekly Shonen Sunday runs do mangá. O arco "Vietnã" seria re-proposital para um mini-arco em duas partes envolvendo o país fictício de Muamba (juntamente com o fornecimento de uma história revisada para Cyborg 008), enquanto as histórias laterais "Um Cão Fantasma" e "A Estratégia Aurora" também foram escolhidas para serem adaptadas.