어느 날 나츠메는 중급 애들에게 돌을 정화하는 요괴, 이시아라이에 대한 이야기를 듣게 된다. 그리고 다음 날 이시아라이인 나나마키를 만나게 되면서 연락이 끊긴 제자를 찾는 것을 도와주게 된다. 그리고 얼마 있다 어느 요괴로부터 나나마키의 제자, 아즈마가 어느 퇴마사로부터 봉인되었다는 사실을 알게 되어 그곳에 가보는데…

타누마 아버지의 회합 일정으로 빈 절을 지키기로 한 타누마와 나츠메. 하지만 갑작스러운 시바타의 연락으로 셋이 함께 만나게 된다. 그리고 얘기를 나누던 중 나츠메와 타누마는 시바타로부터 '소토기의 인형의 집'이라는 소문을 듣게 된다. 그 소문에 의하면 아무도 살지 않는 집에서 밤마다 무언가가 움직이는 소리가 들린다고 하는데…

우연히 나토리의 종이 인형을 발견한 나츠메는 종이에 적힌 장소로 나가보지만, 나토리가 아닌 한 여성과 마주하게 된다. 그녀는 폐업한 퇴마사인 타쿠마의 여식으로 최근 집에서 일어나는 기이한 일 때문에 나토리에게 상담을 의뢰한 상태였는데…

츠키코가 난잡하게 붙여둔 부적 탓에 타쿠마의 식신 두 마리가 집으로 들어오지 못하게 되자, 그들은 타쿠마가 집을 봉인했을 것이라 생각하고 그를 원망하게 된다. 하지만 더는 요괴를 볼 수 없는 타쿠마는 그들의 자유를 원하게 되면서 해약의 의식을 하기로 결심하게 되는데…

니시무라와 키타모토는 고등학교에 막 진학했을 무렵, 전학생이었던 나츠메를 처음 알게 된다. 그 당시 어딘가 모르게 벽을 두고 있는 나츠메의 행동에 그들은 나츠메를 조금 오해하지만, 이내 여러 가지 사건들로 나츠메의 진심을 알게 되고는 그와 친해진다.

나츠메 집으로 찾아온 고모치라는 요괴. 그는 레이코에게 신세를 졌다며 감사 인사를 하기 위해 레이코를 찾아오지만, 레이코는 이미 죽고 없다는 말을 듣고 고모치는 상심한다. 그리고 나츠메는 그로부터 나나후사 숲에서 벌어진 이야기를 듣게 되는데...

하굣길에 참고서를 사기 위해 옆 마을까지 왔다가 아오이라는 한 고등학교 남자애를 만나게 된 나츠메. 그는 나츠메에게 편지의 주인을 찾고 있다며 자신을 학교까지 데려다 달라고 하지만, 그 편지는 다름 아닌 전에 만나던 여자아이로부터 온 결혼식 청첩장이었다.

학교 행사로 2박 3일간 산속에서 스터디 합숙을 하게 된 나츠메와 친구들. 나츠메는 신사 주변을 청소하던 도중 네 개의 가면에 대해 얽힌 이야기를 듣게 된다. 그리고 다음 날 한 여인이 강가에 머리를 박은 채 나룻배를 타고 내려오는데...

요괴와 주술에 관한 연구를 해왔던 하코자키가 죽자 그의 연구자료를 손에 넣기 위해 퇴마사들은 하코자키 저택에 모이게 된다. 그리고 나토리와 나츠메 역시 이 일에 참여하게 된다. 한편 나츠메는 우인장을 노리는 요괴 때문에 곤경에 처하게 되면서 본의 아니게 그 존재를 나토리가 알아버리게 되는데…

하코자키의 식신과 마주하게 된 나츠메는 그로부터 주인과 행복했던 나날들에 대한 이야기를 듣게 된다. 그리고 저택 탐색이 끝나고 집으로 돌아오는 길에 나츠메는 할머니, 레이코도 소중한 자들과 함께 행복한 나날을 보냈을 거라고 추측하며 야옹 선생과 후지와라 부부가 기다리는 집으로 돌아간다.