生活在封闭岛屿“赛克汀瑟（ザンクティンゼル）”的少年格兰，怀着飞往伟大天空的梦想，和伙伴羽蜥碧日夜地努力锻炼。在这个格兰他们生活着的安静的岛屿上，突然响起的轰鸣声。向传来声音的方向望去，他们看到了浮在空中的军舰的身姿和正从那里掉落下来的某个光点。向光点落下的地方跑去，格兰和碧走进了平时禁止进入的森林。在那里，他们遇到了长着苍蓝色头发的不可思议少女露莉亚。她因为某个原因，被军事国家艾尔斯提帝国（エルステ帝国）追捕。跟为保护露莉亚而背叛帝国的女骑士卡塔莉娜汇合，格兰决定帮助她们走离岛屿。

　　在跟艾尔斯提帝国的战斗中倒下的格兰再次站起来，使用露莉亚的力量召唤出星晶兽巴哈姆特（バハムート），击退了帝国的军队。用尽力量失去力气的格兰，在梦中回想起童年的记忆。小时候格兰收到了遥远的父亲的来信，信上写着“在星之岛伊斯塔鲁西亚（イスタルシア）等着”，这正是格兰向往着天空貌相的理由。安然无恙地醒来后，格兰从露莉亚那里得知，自己“本已经失去了生命，现在只是用露莉亚的生命维持着才活着”这一冲击性事实。但是，卡塔莉娜告诉他前往“星之岛”可能找到解决的办法的时候，格兰的心激动起来。

　　以“星之岛”为目标，从赛克汀瑟起飞的格兰等人，因为卡塔莉娜的小型骑空艇驾驶技术不行，在附近的岛屿上坠落。他们所在的地点是波特普利茨群岛（ポート・ブリーズ群岛）的主岛艾因加纳岛（エインガナ岛），这是祭祀着风之守护神提亚玛特（ティアマト），气流平和的小岛。一名路过草原的男子看到这艏破损的小型骑空艇，向格兰他们埋怨起来。这个名为拉卡姆的骑空艇操舵士，对粗暴对待骑空艇之类的事。城镇的人都说拉卡姆是一个怪人，老是捡那些遇难的骑空艇回来修理。

　　意图夺回露莉亚的帝国少校菲莉亚斯率领部队袭击、追赶格兰等人，而帮助他们逃脱的正是操舵士拉卡姆。打算从这岛屿出发的格兰，提议让拉卡姆当他们的操舵士，但遭到对方的爽快拒绝。卡拉姆说，他在小时候迷上的一艏古老骑空艇·格兰赛法号（グランサイファー），设法让它起飞。几年前，拉卡姆停止飞行的原因——他精心修缮的格兰赛法号起飞结果坠落。坠落之后，无论怎么修理，格兰赛法号就是无法起飞，也不知到底哪里出了故障。

　　就像明白了拉卡姆想拯救波特普利茨群岛的那份觉悟，格兰赛法号打破了沉默成功起飞。在强风中，凭借着高超的操舵技术，避开无数袭来的飞来物和乱气流，卡拉姆驾驶格兰赛法号达到了星晶兽提亚玛特所在的黑云团。在这险峻道路的尽头，与他们对峙的提亚玛特，因为艾尔斯提帝国的策略的缘故，与自己的意志相悖而暴走起来。为了拯救波特普利茨群岛和那个守护神提亚玛特，格兰他们向广阔天空发起挑战。

　　被扎卡大公的魔力起动的机械魔物包围而穷途末路的格兰等人，因为伊欧的呼唤在敌人胆怯的瞬间，他们总算逃脱了。入口出口都被堵塞的一行人，为了寻求扎卡大公的线索，进一步地前往深部。露莉亚听到某人的呼唤，领着众人来到地下的秘密工厂。在那里，扎卡大公和铁巨人罗克萨斯（コロッサス）正等着他们。扎卡大公似乎失去了理智，连自己的徒弟伊欧也都认不出来。充满血色的眼睛凝视着露莉亚，扎卡大公想要得到让罗克萨斯作为星晶兽觉醒的那份力量，逼近露莉亚。而且，艾尔斯提帝国最高顾问黑骑士和某神秘少女正注视着这一切……

　　在一个四处都是石壁的阴暗遗迹，藏宝猎人玛丽和卡尔巴（マリー&カルバ，CV：长谷川明子&木村珠莉）为寻找宝物而探索着。同样在这个时候，为了前往奥古斯都列岛而在某个岛屿补给物资的格兰等人，接受万事屋谢洛卡特的调查委托，前往森林深处的遗迹。然而，脚下的石板突然崩塌，他们掉进了遗迹的地下。他们分成两组掉进了两个洞口，在四处都是魔物和陷阱的遗迹内部分散了。格兰、拉卡姆和伊欧，露莉亚、卡塔莉娜和碧，为了向对方汇合而开始在遗迹探索起来。在前方，格兰他们遇到了正与魔物交战中的玛丽和卡尔巴。

　　骑空艇·格兰赛法号在新目的地奥古斯都列岛（アウギュステ列岛）降落。以富有独特美丽水资源著称的天空岛屿，在那登陆后的格兰等人在海岸上看到胶状污泥般的块状物。一行人认为是这些发出恶臭的东西导致观光地不见人烟，这时一名雇佣兵男子欧根向他们打招呼，他是拉卡姆的旧相识。他说，最近艾尔斯提帝国在奥古斯都的海上进行某种实验，给岛屿带来一种恶臭。结果是艾尔斯提帝国和奥古斯都之间爆发了战争。欧根所属的佣兵部队被赶跑，岛上漂浮着一股不稳的空气。 在这种情况下，露莉亚隐约地听到了星晶兽的声音……？

　　露莉亚被艾尔斯提帝国的人捉走了，格兰在奥古斯都的街道上穷追不舍。同样这个时候，帝国军对骑空艇的出发场所进行镇压，伯梅伦打算带着露莉亚离开奥古斯都。帝国军的暴行让街上的人到受伤害，露莉亚，被伯伦梅称她为“为破坏而生的工具”，露莉亚更是悲痛万分。就在伯梅伦准备带露莉亚上帝国军军舰的那一刻，格兰及时赶到，与帝国军战斗起来。在这混乱的奥古斯都的大海上，巨大的水柱伴随着轰鸣声升起。岛屿的水之守护神，星晶兽利维坦（リヴァイアサン）出现在大家面前。这条突然现身的巨龙，不仅摧毁了帝国军军舰，还开始破坏城市。

　　露莉亚封闭了自己的心扉，陷入沉睡。格兰他们为了让她苏醒，在神秘女子萝塞塔的引导下到访新的岛屿露马希群岛（ルーマシー群岛）。在这个被称为“被世界遗忘的岛屿”的露马希，有着每踏一步都是长着巨木的茂盛原生林。在这片让人失去方向感的森林中，萝塞塔不加思索地往前走着。然后一行人来到了森林的最深处，那里耸立着一棵非常巨大的树。在那里，掌管森林之恩惠的星晶兽尤克特拉希尔（ユグドラシル）出现在格兰他们面前。格兰借助萝塞塔和尤克特拉希尔的力量，进入了生命与之相互连接的露莉亚的意识之中。

　　奥古斯都列岛的首都ミザレア。在那里，欧根等人对抗着持续暴走的利维坦。带着苏醒的露莉亚，格拉等人返回奥古斯都，看到城市的惨状感到愕然。欧根说，他们准备从这座岛屿撤离，不过格兰想挽留他们。露莉亚感受到，利维坦为了净化被污染的大海而耗尽力量，为了维持自己的生命就必须吸收人类的生命这个事实。看到抱着“我想拯救利维坦”那份决心的露莉亚，欧根决定助他们一臂之力。并且同时，以玛丽和卡尔巴为代表的骑空士们为了守护奥古斯都纷纷行动起来！