教会历526年。在称为维尼亚斯王国的这个地方，教会在正义的名义下不断狩猎魔女。以伟大的魔女索蕾娜作为罪人被处刑为契机魔女们发起叛乱，而相对的国召集佣兵，开始讨伐魔女。这样的时代，存在着被人们蔑称为“堕兽人”的半人半兽佣兵。佣兵在前往王国召集的途中的森林里，受到名为零的美丽的魔女委托成为她的护卫。

一同寻找隐藏毁灭世界的可能性的魔法书，佣兵以堕兽人变回人类为条件承诺做零的护卫。两人从狩猎着变成魔术祭品的堕兽人之首的自称阿尔巴斯的魔术师那里，得知了把零寻找的魔法书当作圣典的“零之魔术师团”的存在。阿尔巴斯决定带着自称是魔法书的主人的零去往魔术师团的藏身处，但前往目的地的途中，有魔女袭击的村庄发生了骚动。

逃难的零他们，好不容易来到了在商业中心佛米加。因为有堕兽人在，投宿困难的佣兵他们在途中，遇到了带着少女奴隶的犬面堕兽人。那晚，在酒场偶然遇见零和佣兵的犬面，告诉他们少女们是魔女，正在躲避教会的制裁。看穿了少女们不是魔女的佣兵，为了让少女们逃走，在深夜潜入犬面的住处。

在佛米加享受短暂休息的零等人，朝着零之魔术师团的藏身处拉提特出发。前往目的地的旅途，对于不知不觉过起了故乡的森林洞穴生活的零来说，新鲜且充满光辉。在那个旅途中，零传达给阿尔巴斯，自己做出来的魔法的技术本质。一行人以轻快地步伐到达目的地，但临近拉提特的入口时，状况突然改变了。

在到达拉提特的零等人的面前一副残忍的光景正在蔓延。被当作魔术师的人包括村民全都被袭击，确认了横尸遍野的异样光景的零，断言道“这是魔女的袭击”。阿尔巴斯告知零和佣兵，被零之魔术师团驱逐，在农村和城镇不断掠夺的“离团的魔女”的存在。不仅如此，还说出了支持对国家宣誓忠诚的魔女狩猎，某个国家魔术师的存在。

因强制召唤零等人被传唤的地点为王都普拉斯塔的王城中。追踪《零之书》的十三号，已经得知魔法在王国传开来，并夺回书，为了恢复魔女的秩序而成为了国家魔术师。然后用巧妙的语言迫使反抗的阿尔巴斯，如果不合作的话只有施与火刑。另一方面，有着被伙伴背叛的过去的佣兵对于不想帮助阿尔巴斯的零，逐渐增加了猜疑心。

离开零的身边的佣兵在街上目睹了堕兽人的粗暴举止，和对此恐惧生活在这里的人们。心里清楚自己也不过是个堕兽人的佣兵独自离开王都，但由于在佛米加决斗过的犬面的策略，遭受到了魔女们的袭击。把其中一个魔女逼进绝境的佣兵，因为焦躁地藐视自己为怪物而忘我地向魔女袭击，但就在这是，脑海中浮现过零说的话。

因为魔女的背叛而负伤的犬面·霍尔德姆，意外地也说出索雷娜的名字。自己是索雷娜的下仆，寻找为了给因冤罪而被处刑的索雷娜报仇而离家出走的孙女。佣兵和霍尔德姆一同寻找《零之书》，并决定追逐成为线索的孙女，但此时，得知在王都进行着魔女的处刑。醒悟了阿尔巴斯拒绝给十三号协助的佣兵为了救出阿尔巴斯而前往处刑场。+

被佣兵和霍尔德姆从处刑场救出的阿尔巴斯，打到不分善恶地想要把魔女一扫而光的十三号，对抗着在无秩序中袭击人类的失散魔女们，并想出了某个作战计划。在那份计划中零的协助是不可或缺的，但据说零被十三号的攻击打到，并被带走了。通过找人的占卜锁定零的所在地，三人为了找到零身披的女袍，前往佛米加。

终于到达王城·晓之塔的最顶层的佣兵，面前出现了一副冰冷的表情的零。虽然零顽固地拒绝佣兵，但…。再会时间短暂，正当打算告诉她作战计划的佣兵说出“阿尔巴斯“的名字时，零和佣兵再次被强制召唤，来到了十三号的身旁。另一方面，被零的魔术师团拘束的阿尔巴斯和霍尔德姆，得知了“那个人”下达了“所有的魔法师去讨伐十三号”的指令。

零和十三号相互放出惊人的魔力。本以为力量会抗衡的时候，零的魔力开始压制十三号。佣兵注意到了以一副冷淡的表情把十三号逼向绝境的零，为了阻止零，突然跑到十三号的面前。另一方面，阿尔巴斯因为“那个人”的指令，尝试说服开始准备讨伐十三号的零之魔术师团，但阿尔巴斯的声音早已无法传达给在战争中胜利的道路突进的魔术师们。

解救了阿尔巴斯与霍尔德姆的危机的零把十三号的企图全部告诉给阿尔巴斯。阿尔巴斯无法原谅造成索蕾娜死去的十三号，但作战的成功又不可少了十三号的协助。作为咏月魔女索蕾娜的直系，阿尔巴斯下定某个决心。然后终于，由失散的魔女、骑士团、零的魔术师团的各自的意图发起的战争开始了。这时，进行封魔仪式的零等人面临着最大的危机。