主人公藤木游作是个有着出色观察力的高中生。他为了打倒企图让Link vrains崩溃的汉诺骑士，变身为自己的虚拟形象Playmaker在无人知晓的情况下展开决斗。那种时候，他收到情报称SOL技术公司正在拼命寻找神秘Ai。游作意识到汉诺骑士也在追那神秘的Ai，于是在网络上布下陷阱并计划好捕获作战，可是……

游作把黑客集团汉诺骑士追寻的神秘生命体弄到手后，为了打倒汉诺骑士而以Playmaker的身份登录VR空间Link vrains。他以神秘生命体为人质向对方提出决斗。神秘Ai计算到靠游作的卡组赢不了，便在Link vrains用大量数据产生出数据风暴(Data Storm)。那里进行的决斗，是连Playmaker也不曾体验的未知决斗高速决斗……

游作对隐藏于神秘Ai身上的情报开始了调查。另一方面在与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击后，Playmaker作为救了Link vrains的英雄成为一大话题。随后SOL技术公司制定计划想要抢夺Playmaker身边的神秘生命体。SOL技术公司的安全部长财前晃为了打倒Playmaker而和Link vrains的人气决斗领袖Go鬼冢接触。

VR空间Link vrains出现了汉诺骑士。其真正身份是盯上Playmaker的决斗领袖Go鬼冢！他有着在儿童养护设施长大这段过去，为了回报那份恩情和带给设施里孩子们笑容而靠决斗赚取着奖金。然而自从新英雄Playmaker登场，孩子们就变得眼里只有Playmaker了。Go鬼冢为了打倒Playmaker再次抓住孩子们的心，向Playmaker挑战决斗

Go鬼冢简直像职业摔角一样大胆地上演惊险危机，把决斗作为一种娱乐来展现出其魅力。尽管知道这和自己冷静的操作风格很不同，但Playmaker却意识到自己对Go鬼冢的决斗开始产生兴趣。Playmaker似乎也接受了Go鬼冢的决斗，虽然承受大伤害但是召唤出了王牌怪兽解码语者。紧接着，两者的王牌怪兽终于展开激战！

财前葵作为决斗领袖Blue Angel活跃在Link vrains中。她为了得到自己哥哥财前晃的认同，就在Link vrains众人面前对“Playmaker”提出决斗。可是并没收到“Playmaker”的答复，出现在她面前的是冒充粉丝的汉诺骑士成员之一的Spectre

游作从Blue angel背后感觉到汉诺骑士的气息，为查明真意而接受决斗。Blue angel自如运用效果伤害的战术慢慢逼得Playmaker走投无路。想被哥哥财前晃认同的这份强烈决心，把蓝Blue angel的决斗推向了无法回头的境地……

财前葵因为汉诺骑士设下的程序影响而陷入昏睡状态。游作觉得自己有责任而开始调查原因，但在那时，城市的屏幕上却出现了Blue angel，向Playmaker提出再次对战。

召唤Playmaker和Revolver以能除去侵蚀葵病毒的程序和被人称为伊格尼斯的Ai当赌注进行决斗。面对Revolver出的破解龙，Playmaker使用至今为止的决斗所得的连接怪兽将其迅速击破。正以为这样一进一退的决斗将会继续的那时，左轮发动了冲击性的技能！

左轮发动了强力技能，Playmaker在对方获得压倒性力量的猛攻面前陷入守势。就在以为靠Storm access起死回生拿到逆转卡的那时，俩人的决斗由于Revolver所采取的作战计划而转移舞台来到Date Storm的内部。

Playmaker在听Revolver说出真相后不知所措，受到Revolver的王牌怪兽装弹枪管龙的强烈一击而倒了下来。正当Playmaker逐渐失去意识之际，他因脑海中传来的神秘声音而醒过来，并重新站起来。他那眼神中有着不可动摇的斗志。

Playmaker操纵的防火墙龙竭尽最后的力量与Revolver的装弹枪管龙对抗。Playmaker誓要报过去所发生事件的仇，而Revolver则企图消灭伊格尼斯。2个意志和对峙的2只龙，现在激烈冲突！

游作结束与左轮之间的激斗后，和草薙一起分析关于火灵的情报。另一方面在Link vrains，目击到Playmaker的神秘决斗者Ghost Girl接受了采访。她讲出有关至今发生的汉诺骑士袭击还有Playmaker战斗的事。

游作收到了草薙叫他紧急集合的消息。草薙表示在黑客论坛上看到了Ghost Girl发给他的消息，要求Playmaker与她进行赌上Ai的决斗，如果Playmaker胜利就能得到入侵SOL科技公司数据库的漏洞。为了得到十年前事件的线索，Playmaker便接受了Ghost Girl的挑战。

Ghost Girl运用变幻无常的战术，展开令人预料不到走向的决斗。Playmaker则也是一边冷静分析Ghost Girl的举动一边等待Storm access的机会到来。俩人互相解读对方背后意图的敏锐心理战，获得胜利的究竟会是哪一边呢？

Blue angel赶到正遭受AI程序们妨碍的Playmaker的身边。Playmaker在她的活跃下逃出困境，向主电脑的深层赶去。然而，到达目标数据库的Playmaker面前，却有某个人物挡住他的去路……

Playmaker入侵SOL技术公司数据库，等待他的人是财前晃。晃想制止燃起复仇心的Playmaker，但当事人却根本听不进他所说的话。随后Playmaker要求晃用决斗来了断。背对着藏有事件真相的数据库，在这里揭开了战斗的序幕。

财前晃操纵廷达魔三角卡组，施展出了巧妙的战术。Playmaker也紧跟着用电子界卡组进行对抗。就在数据库内激烈的攻防中，晃开始讲起了关于10年前发生事件的事。与此同时，游作壮烈的过去也终于真相大白……！！

财前晃用尽所有手段，要把Playmaker逼到走投无路。然而Playmaker仍竭尽全力使出最后力量，想靠连续进行连接召唤达到一招逆转。晃的王牌怪兽廷达魔三角 锐角地狱犬和Playmaker的防火墙龙展开激烈冲突！

游作在和草薙一起对SOL技术公司的数据进行分析。此后俩人将得知有关10年前事件的新真相。另一方面，就在游作的家里，Ai和AI程序机器比的秘密阴谋正在准备进行中。

Den City不断发生着神秘现象往生者事件。那是使人无法从Link vrains中退出登录，就此在现实世界丧失意识的可怕现象。游作他们对其原因展开调查，从收集数据中成功锁定下个可能被盯上的人物。为了防止继续有人受害，他们开始了行动。

Go鬼冢为了救往生者事件的受害少年，与自称正是犯人的基因组博士对峙。为了少年而不许战败的Go鬼冢舍弃了以往的娱乐风格，展现出为求胜利不择手段的反派风格决斗。

基因组博士操作的地狱螺戦鬼战术反利用了刚鬼的强势攻击。那个战术使Go鬼冢陷入了穷途末路的危机。另一方面，除Go鬼冢他们的战斗外，还有汉诺骑士集团出现在Link vrains，开始对城市人们发动了无差别攻击……

葵得知了汉诺骑士和Playmaker他们展开死斗的事，心里在想变成Blue angel出去战斗的这个念头以及跟哥哥晃说好不会再进Link vrains的那个约定之间纠结着。可是惠麻就在那时出现在了她那里。与惠麻的相遇让葵得出了怎样的答案！？

淘气仙星战术遭到全面封杀的Blue angel，在病毒所拥有的暗黑木乃伊攻击下受到巨大伤害。已经没有退路的她虽然知道带有巨大风险，但还是赌在了仅剩的最后机会上……

对现实世界也造成影响的往生者事件搞得人心惶惶，Link vrains仍处于戒备状态。就在那种状况下，比他人更向往Link vrains的岛直树因为某个契机而下定决心要去对抗汉诺骑士！

往生者事件的主谋浮士德捉了岛做人质，把Playmaker叫了过来。他操纵着称为电动虫的怪兽，用前所未见的奇怪战术封住了Playmaker的连接召唤。为了突破浮士德的精巧陷阱，Playmaker闯入了头顶刮起的数据风暴。利用Storm access打算逆转局面！

汉诺骑士魔掌不仅伸向Link vrains，更是延伸到了现实世界中。步步逼近的威胁让草薙产生危机感，他开始为汉诺骑士和Lost事件的关系以及Den City所发生异身事件的真相留下记录……

游作对于往生者事件中Revolver没有现身这一点抱有疑问。游作为了解开那个疑问而进去Link vrains开始调查，那边遇见同样进行调查的Ghost Girl。随后俩人在内部发现了存在异变的地方，可是……

对Link vrains的地下展开调查的Ghost Girl与现身于她面前的Revolver之间的决斗开始了。Ghost Girl击退拥有强力效果的拓扑逻辑轰炸龙，把作为王牌的幻变骚灵连接召唤出来。虽然对左轮施放了致命一击，可是……

Link vrains发生了突然出现令人毛骨悚然的塔不断把决斗者们数据化的事件。Playmaker得知此事而根据Ghost Girl交给他的情报前往Link vrains，碰见了同样察觉到危机的Go鬼冢和Blue angel。随后他们共享了那份情报，各自出发去寻找左轮。再接着，Spectre出现并要阻拦Blue angel的去路……

Spectre的圣天树每次成长都正在把Blue angel逼向走投无路的处境。Blue angel在慢慢被封锁行动的艰苦决斗中想出攻略Spectre铁壁布阵的奇策。一直防守到底的Blue angel现在连接召唤的新淘气仙星究竟是……！？

Spectre的圣天树每次成长都正在把Blue angel逼向走投无路的处境。Blue angel在慢慢被封锁行动的艰苦决斗中想出攻略Spectre铁壁布阵的奇策。一直防守到底的Blue angel现在连接召唤的新淘气仙星究竟是……！？

Playmaker为了防止Link vrains崩溃而前往汉诺塔于是Spectre来到他的面前阻挡去路。Playmaker想用电子界它们造成巨大伤害，结果被圣天树的连环技给防住了。随后Playmaker在决斗中得知Spectre的冲击性过去……

圣天树的凶恶连环技面对各种伤害都是回复LP而且不断唤出圣蔓，Playmaker对此依然决不放缓攻势。随后他终于发现圣天树的弱点，开始转向反击。然而就在这时，Spectre却向Playmaker亮出某张“王牌”。

Playmaker靠王牌怪兽余码语者承受圣天树的猛攻，圣天树为了打倒他而成长到最终阶段。Spectre对穷途末路的Playmaker发出致命一击……

当汉诺塔正每时每刻向着Link vrains扩大其威胁时，Revolver则在迄今为止的战斗之中更加坚定了自己的决心。然后他为了继承鸿上博士的意志完成整个作战而开始行动。

汉诺塔不断吞噬Link vrains中的一切东西，正在接近完成。就在时限逼近时，以塔为目标的Go鬼冢终于和Revolver见面。紧接着他对企图让Link vrains崩溃的Revolver挑起决斗。

Go鬼冢被Revolver的战略不断破坏掉怪兽。然而他靠着不屈的斗志又站起来，越过穷途末路的绝境并唤出最强的王牌怪兽刚鬼 巨人食人魔！

眼看即将完成的汉诺塔前，Playmaker终于与宿命之敌Revolver见面。俩人赌上网络崩溃逼近的世界命运以及Lost事件的真相现在开始了最终决战……

Playmaker熬过Revolver所操纵连接怪兽的强袭，他感觉到汉诺塔中心部有怪兽的气息。随后他冲向内部，赌上胜败而挑战这次决死的抽卡！

Playmaker在决斗之中注意到了Revolver的真正身份。然而，他受到数据风暴内突然发生的冲击影响被强制退出登录。回到Den City后的游作为了阻止汉诺塔完成而前往现实世界中他认为Revolver就在那里的地方……

Playmaker在知道伊格尼斯身上隐藏的事实和Lost事件真相后试图说服Revolver停止完成汉诺塔。然而，他的想法Revolver根本听不进去。被逼入绝境的Playmaker对新的王牌怪兽托付最后的期望！

在Revolver的连续猛攻中，Playmaker用上众多码语者的力量来整顿反击体制。然而左轮以王牌怪兽装弹枪管龙对其展开迎击。他做出了超越人类智慧的终极布阵，将Playmaker逼到绝望深渊。

Playmaker和Ai即使以所剩无几的LP坚持下来，也终于陷入了无路可退的局面。然而，俩人还没有放弃。为了跨越Revolver所完成的完美战术，Playmaker把全部都赌在最后的抽卡上。汉诺塔终于即将完成，到底能否在与Revolver的战斗中取胜并阻止计划呢！？

连接境智网在Playmaker的活跃之下虽然恢复安定，但因为汉诺骑士的计划而受到毁灭性的损害。SOL技术公司在此重建「LLink vrains」后开放新生Link vrains。脱胎换骨的决斗世界中人们发出欢呼，再次充满了活力。然而，就在那新生Link vrains里，理应是救过网络的Playmaker反而遭到悬赏通缉……

Playmaker追上袭击草薙弟弟仁的神秘人物并挑战决斗。然而，神秘人物使用的未知的卡迫使他陷入苦战。寻找胜利突破口的Playmaker使用由Ai交给自己的新卡就此转守为攻！

Playmaker跟在夺走仁的意识并自称鲍曼的决斗者后面追赶。然而，他被自己面前新出现的2名决斗者挡住去路。就在那时，神秘决斗者Soulburner赶到，代替Playmaker接受决斗。那位Soulburner的决斗盘上，居然有伊格尼斯！？

转学到和游作相同学校的穗村尊的真正身份就是出手帮过Playmaker的Soulburner。成为游作同学之后的他跟自己拥有的伊格尼斯一起开始向游作讲述有关电子界世界崩坏以及新敌人存在的事。

成为SOL技术公司赏金猎人的Go鬼冢找到通缉中的Playmaker和Ai并强行要求决斗。但在那时，Go鬼冢的面前却有Soulburner出来阻挡并为了保护Playmaker而挑起决斗。

Go鬼冢操纵恐龙摔跤手卡组发动猛攻，Soulburner靠着转生炎兽的效果熬过去。面对为了证明自己最强紧逼而来的Go鬼冢，有着输不得理由的Soulburner给自己的拳头附上了逆转的火焰！

赏金猎人Blood Shepherd强迫悬赏的通缉犯Playmaker进入决斗。他预测了Playmaker的布阵，以无人机卡组的协作连环技来彻底封锁Playmaker的战略。

Blood Shepherd彻底调查过Playmaker的卡组。在他的无人机卡组面前，Playmaker束手无策。被步步逼近的无人机追击给逼到极限的Playmaker为了攻破Blood Shepherd的作战计划，在此实行了某个秘策。

Playmaker和Soulburner来到狂风怒号的悬崖上，依靠不可思议的力量终于到达遗迹并且开始对其展开调查。在遗迹的深处迎接那俩人的是意想不到的人物。

Soulburner接受了来自风之伊格尼斯的委托，跟入侵到风之区域的Blue Girl开始了决斗。Soulburner虽然受了淘气仙星的伤害但呼唤出转生炎兽 炽热多头狮发动攻势。然而，Blue Girl把炽热多头狮的攻击放在眼里，还用克服弱点的淘气仙星新战术逼得Soulburner走投无路。

Playmaker终于找到了鲍曼的住处，并为拿回遭人夺取的草薙仁意识而挑战决斗。Playmaker在过去与鲍曼的决斗中胜利过，于是他一边预测对手的战术一边进行决斗，但面对鲍曼得到比以前决斗更大幅度强化之后的决斗，他反被逼得走投无路……。随后，鲍曼开始讲述自己的过去。究竟鲍曼的真正身份是……

Playmaker由于改变面貌的鲍曼发起的猛攻而受到巨大伤害。即便如此他仍为了胜利而激起斗志，去突破那凶恶的高驱动龙的布阵。然而就在这时，鲍曼采取了令人吃惊的行动。

过去发生让Den city市陷入恐慌的往生者事件。自此之后，汉诺三骑士的病毒（泷响子）作为主谋之一被监禁在收容所。就在她处于严格监视下的时候，某名男子在其面前现身……

调查关于Playmaker真正身份一事的别所惠麻和财前葵盯上了夸口自称Playmaker挚友的岛直树。随后，惠麻变身为Ghost Girl找到身为岛所用虚拟形象的BraveMax，对其提出决斗。

Playmaker和Soulburner收到草薙的联络之后前往新出现的大门。可是，Soulburner被Blood Shepherd设在那里的陷阱给捉住。随后Blood Shepherd开始探查Soulburner被隐藏的记忆……

Playmaker为了救出被囚禁的Soulburner而向赏金猎人剑持和铠坂发起挑战。另一方面，Soulburner因为Blood Shepherd的陷阱被挖出隐藏的过去记忆！在被看穿弱点的不利状况中，Soulburner和Blood Shepherd的决斗开始了……

Blood Shepherd探查Soulburner的记忆从而看穿他的弱点，通过无人机怪兽的凶恶连环Combo建立了压倒性的优势。Soulburner陷入令人绝望的状况之中被逐步逼向走投无路的境地。他能否克服弱点赢得决斗的胜利呢……！？

某日，游作和尊打算去草薙那里，岛出现在面前叫住了游作。尊只好一个人过去，还向草薙问了关于与游作相会的事。草薙讲述的那段内容是……

被记述为都市传说的Link vrains沉睡的神秘迷宫，布满机关的种种陷阱。以及，在那前方等待着的东西是……。从草薙口中讲述的Playmaker诞生秘史在此终于真相大白！？

Ai对网上写的情报进行调查，有一次，它发现了有关伊格尼斯的可疑文章。Playmaker和Ai为了确认那段文章的真伪而前往Link vrains，想不到等待他们的是地之伊格尼斯……

地之伊格尼斯从水之伊格尼斯那里知道了电子界世界的危机。为了看清人类的想法，决定向Playmaker挑战。Playmaker受到G石人攻击而陷入危机。

Ai从决斗盘中突然失踪。查到此事原因出在其他伊格尼斯身上，Playmaker为了搜索Ai而前往Link vrains遇到光之伊格尼斯。在此Playmaker得知了光之伊格尼斯的目的以及电子界族世界崩溃一事背后隐藏的真相！

Revolver为了歼灭伊格尼斯而袭击了Windy它们的住处。Playmaker尝试说服Revolver停止人类和伊格尼斯的斗争，但他讲的话Revolver轮听不进去，与此同时开始与Windy的决斗……

Revolver逐渐被Windy巧妙的决斗逼得无路可走。并且在战斗中，Windy显露出了自己隐藏的凶恶一面。得知伊格尼斯真意的Revolver为了达成父亲鸿上博士的目的，以新的战术决战Windy！

Playmaker以人类与伊格尼斯彼此的共存为目标却白费心机，光之伊格尼斯由于Revolver的袭击而坚定了对立的意志并对人类宣战，为了将人们置于伊格尼斯的支配下而展开行动。与此同时和光之伊格尼斯共同作战的鲍曼也现身，他为了完成伊格尼斯的使命向Playmaker发起挑战。

完成惊人进化的鲍曼展现新的高驱动龙战术。相对的Playmaker按至今与鲍曼的战斗来预测战术，听从Ai的意见发起进攻。在互相解读意图的敏锐较量中，两人的战斗逐步激烈化！

激烈的攻防持续中，鲍曼发动技能Storm access得到新的高驱动龙怪兽。Playmaker受了毁灭性的伤害。但在那时，Ai对Playmaker坦白了事前准备的秘策。

Earth救出了不知被谁幽禁的Aqua，得知电子界族世界崩溃的真相。就在那时，Go鬼冢收到命令来确保伊格尼斯而现身，向着Earth和Aqua袭击过来。Earth为了守护Aqua要与Go鬼冢开始决斗！

Playmaker赶到Earth他们决斗之处，注意到Go鬼冢不同以往的显著变化。Go鬼冢掌握了比以前更强力的战术，使用“恐龙摔跤手”压倒Earth。虽然彼此展现一场毫不退让的较量，但Go鬼冢却使出远超预料令人惊愕的战法！

葵对SOL技术公司的做法抱有疑念，她去搜索下落不明的Aqua。另一方面，Blood Shepherd掌握到Aqua的住所，为了抹杀伊格尼斯而向Aqua发起攻击。不过，那时他的面前却出现了Ghost girl，拦住去路……

Ghost girl为了保护Aqua挡在Blood Shepherd的面前。但是，Blood Shepherd在追击伊格尼斯一事受到妨碍后大发雷霆，向幽灵少女提出一旦落败就会失去帐号的决斗。另一方面，Aqua对Blue girl坦白了有关自己搭档的真相。

Blood Shepherd知道了SOL技术公司背后隐藏的冲击性计划，离开财前那里开始独自搜索伊格尼斯。Revolver看上了那Blood Shepherd凡的网络入侵能力，于是来到他那边，并为歼灭伊格尼斯的事提出双方一起作战，可是……

Lightning对暗地里Revolver的行动有所警戒，于是向搜索伊格尼斯的Blood Shepherd挑战决斗。以歼灭AI为目标的Blood Shepherd使出新战术将Lightning压倒。

Blood Shepherd压制了Lingting的战术处于优势，然而莱Lingting不断唤出怪兽来迎击“无人机”。俩人势均力敌的战斗很快会到达谁都无法预测的境地。Blood Shepherd究竟能不能制止敌视人类的Lingting呢！？

Playmaker他们调查了Lingting的动向后，在Link vrains内找到了被SOL技术公司捉过的Earth的痕迹。Playmaker等人前往现场，那里却是和AI一体化的Go鬼冢在等候。Go鬼冢燃起扭曲的求胜心向Playmaker发起袭击，将令人惊愕的怪兽连接召唤……

面目全非的Go鬼冢发动猛袭，Playmaker想方设法熬过并发动技能前往逆转之路。可是，Go鬼冢的反技能却无效他的技能。陷入危机穷途末路的Playmaker是否还留有手段可用呢！？

Playmaker收到Revolver联络得知有事想谈，招集同伴们前往指定地点。就在那里，Revolver向Playmaker他们提出双方共同作战。然而Soulburner由于10年前实行的「汉诺计划」留下很深的内心创伤而对Revolver表示反对。

Revolver对Playmaker和Soulburner等人提出了双方共同作战。可是，Soulburner怒不可遏地反对此事，还和Revolver开始了决斗。Soulburner爆发了对Revolver的怨恨以转生炎兽施加怒涛般的攻势，另一方面Revolver倒采取了让人意外的行动。

Playmaker他们闯入MirrorLink vrains，冲向Lighting那里。另一方面，哈尔受到Lighting指示去挡在Blue Maiden的面前，开始了新的决斗。

Lighting选上Specter作为下个目标，利用「天装骑兵」和「裁决之矢」做出的额外连接把Specter逼到走投无路。Specter虽然陷入让人绝望的状况，但展示出专门为突破Lighting战术而准备的惊人秘术！

Specter将计就计，利用Lighting的裁决之矢漂亮地打破了额外连接，逆转了战况。受到圣天树覆盖的战场上，Specter向着歼灭伊格尼斯这一目的奋勇前进，攻向Lighting。

复活的Windy在和Revolver做个了断之前，为完成Lighting的作战计划而袭向Soulburner。面对眼前已对人类加深恨意的温迪所发动的激烈攻击，Soulburner要怎样进行对抗呢！？

Windy的岚斗机不断发动袭击，Soulburner被逼入穷途末路的危机中。但是，在Soulburner心中的火焰并没有消失。知道Windy对自身搭档狠下毒手的理由之后，愤怒的Soulburner跟不灵梦一起采取了让人意外的行动……

Blue Maiden的面前，以成为次世代伊格尼斯为目标的鲍曼出现并阻挡去路。Aqua很抗拒鲍曼的思想，Blue Maiden为了拿回美优的意识而发起挑战。鲍曼虽然失去哈尔却还是保持了那冷静到可怕的决斗，而Blue Maiden则与Aqua一起毫不畏惧地冲向敌人。

以迄今为止的战斗数据为基础，鲍曼掌握了更为强力的战术，用进化的高驱动怪兽在一瞬之间就将Blue Maiden逼得走投无路。可是她没有选择放弃，始终站在鲍曼的面前。Blue Maiden抱着决不屈服的信念所采用的战术是……！？

突然在Playmaker面前作为敌人出现的人，就是他一直以来同甘共苦的同伴草薙。被Lighting拿弟弟做人质，因此不得不战的草薙向Playmaker挑起决斗。Playmaker对与挚友的决斗产生动摇……

草薙翔一对Playmaker的卡组了如指掌，为了保护弟弟·仁，他毫不留情地发动攻击。另一方面，以搭档为对手一直没法攻击的Playmaker只剩下很少的LP。就在那时，草薙突然提起了过去俩人立下约定的事。

Playmaker受到和草薙战斗的影响陷入昏迷，Soulburner为了保护他而开始和鲍曼决斗。面对因Lighting的残忍做法而爆发怒火的Soulburner，鲍曼的脸上浮现出了让人毛骨悚然的笑容……！？

鲍曼获得超越人类智慧的力量，夸口说自己连运气都操纵自如。另一方面，Soulburner和不灵梦则以炽热的牵绊作为武器，用「转生炎兽」把鲍曼逐步逼向无路可走的境地。就在那时，不灵梦的身上突然发生了异变。

Revolver故意使Lightning来到自己这边，他揭露了Lightning犯下的罪和创造鲍曼的真正理由。向来冷静的Lightning在此刻显露出愤怒，对其挑起决斗。

Revolver道出了对有关各伊格尼斯和人类将走到哪种未来一事进行模拟演算，只有Lighting的结果是人类和伊格尼斯一起走向破灭未来的这一实情。他在决斗中也处于优势，还呼唤出了新的“装弹枪管”。就在准备要做了断时，Lighting动用了残忍的手段。

Lighting拿草薙仁当人质，以此引起Revolver的动摇。可是，鲍曼对那行为很失望于是制止了Lighting。Lighting在自己的作战计划失败之后，向着遍体鳞伤的Revolver揭露了有关鸿上博士的冲击性真相……。俩人壮烈的决斗终于迎来了断！！

Playmaker背负了同伴们的意志于一身，和吸收了伊格尼斯的鲍曼展开对峙。然而，另一方面被关在Link vrains里面的虚拟形象那边开始发生不断有人倒下的神秘现象。随后，鲍曼突然掀起了强大的“数据风暴”，召唤出令人惊愕的连接怪兽！

鲍曼利用在Link vrains里的人们意识来制造数据风暴，召唤出强力的「高驱动怪兽」，Playmaker处于对此无计可施的状态。汉诺三骑士他们见到那种情况，于是为了解决状况而开始行动。

鲍曼为了制造出数据风暴而利用人类意识来启动「神经元连接(ニューロンリンク)」。在汉诺三骑士和晃以及Ghost Girl的拼死协助之下，这神经元连接终于遭到破坏。然而，眼前的鲍曼却马上开始了神经元连接的复原，使Playmaker陷入到充满绝望的状况之中……

Ai破坏掉“神经元连接”的一部分，侵入到鲍曼的程序内，在里面发现已遭完全吸收的5只伊格尼斯们。带着那些伊格尼斯们留下的最后希望，Ai从程序内逃脱出来，将其托付给Playmaker。紧接着这场与鲍曼之间的战斗终于进入最终局面。到底人类和AI的未来将会……

Playmaker结束了与鲍曼赌上世界命运的激战，被夺走的同伴们意识得到解放让他放下心来。然而，经历战斗用尽力量的Ai以及被鲍曼吸收的伊格尼斯们并没有回来……

Playmaker等人活跃之下Den city迎来平静。另一方面，Ai带上机器哔一起潜入SOL技术公司的船里，尝试与Queen进行接触。Ai的目的究竟是？

Ai对SOL技术公司最高执行者·Queen进行袭击之后，为了夺到侵入SOL公司系统内部所需要的代码钥还向财前发出犯罪预告。迄今为止一起参加激战的Ai现在开始袭击人类的这一事实，令Playmaker感到心情复杂。另一方面，Revolver导入反伊格尼斯用AI「潘多儡(パンドール)」，面对与Ai之间的决战。

Playmaker下定决心要和Ai进行战斗，搜索着已经盯上财前的Ai。然而，找到的却是被制造出来用于争取时间的复制Ai。其他同伴们也在和眼前出现的复制Ai展开战斗的时候，Blood Shepherd和Ghost Girl 则遇上寻找对战对手的机器哔，并且开始了组队决斗。

机器哔以Ghost Girl和Blood Shepherd为对手并用诡计多端的战术把俩人逼进困境。处于困境的Ghost Girl和Blood Shepherd合作下呼唤出新王牌，做好反击准备。另一方面，Go鬼冢发现原版的Ai，并且开始决斗。

为了守护在设施的孩子们而复活过来的Go鬼冢，面对Ai这个对手使用「刚鬼」决斗风格的怒涛攻击展开奋斗。然而，Ai却呼唤出强力怪兽将Go鬼冢击倒。即使如此仍燃起不屈斗志的Go鬼冢无数次站起来，持续向Ai挑战。Ai在见到Go鬼冢那样子之后，开口讲起失去同伴后的想法。

Ai为了完成自己的计划而接连袭击了Playmaker的同伴们，如今终于查明了财前正在避难的地点。Revolver察觉到了那一Ai的动向，他为了保住财前而在Ai的前方安排了潘多儡出击。

Ai在网络空间发现了财前和Blue Maiden，为了掌握SOL技术公司的系统，向他们挑起了决斗。面对Ai的猛攻，财前和Blue Maiden互相保护并同时还应付攻势，将彼此各自心意合而为一发起反击！

财前晃和Blue Maiden运用彼此战术来突破Ai的布阵，但Ai却呼唤出了新的王牌再次把俩人逐渐逼到走投无路。即使遭受Ai越发激烈的猛击也仍不死心对抗到底的这份兄妹的强烈牵绊，最终成为了一股唤醒新王牌怪兽的力量！

本该被关闭的LINK VRAINS突然对外开放，Den city市的人们纷纷开始登录。另一方面，为了找出夺取SOL技术公司后的Ai留下的线索，Soulburner开始对LINK VRAINS内展开调查。随后他发现了没见过的孤岛，并在那里建立的家电王国中遇上机器比。

Soulburner为了找出Ai的住处而要跟机器哔决斗，并劝机器比应该去寻找与人类共同前进的道路。然而，机器比却浮现出令人毛骨悚然的笑容，公然说出致使Ai沉浸于痛苦中的原因就在没保护好不灵梦的Soulburner身上。

机器哔通过和Soulburner的决斗逐渐进化，以变幻自如的战术对Soulburner穷追猛打。顶住机块卡组激烈攻击的Soulburner也不甘示弱出招反击。势均力敌之战的持续中，机器比身上发生某种异变……

Revolver出现在已收到记述有关Ai的情报这份数据的Soulburner那里。他为了自己亲手结束与伊格尼斯之间的恩怨，打算夺取Ai的数据。赌上Ai的情报，至今没在决斗中做了断的Soulburner和Revolver开始了第2次对决。

正当俩人相争的战斗处于激化之中，Revolver意识到Soulburner抱有的内心迷茫并表示失望。面对如此一幕的Soulburner激昂起来，斩断了Lost事件受到的心灵创伤，斩断了失去不灵梦带来的悲伤，他斩断了自己所有的迷茫给右手附上了猛烈的劫火！

游作得知了Ai的住处，孤身一人前往位于Den city市郊外的小岛。另一方面，Ai在那座岛上已经使用SOL技术公司所开发技术SOLtiS开始制作自身的复制品，还说出了自己袭击人们的目的以及心里藏着的想法。其后，游作和Ai开始了赌上世界未来的这场最初也是最后的战斗。

Playmaker好不容易才躲过眼前不断展开的攻击，趁着Ai的战术上有机可乘发起攻击。然而，已经对Playmaker了如指掌的Ai的眼里，所有的行动都是在预料之中的事。随后，Ai将伊格尼斯们的心意汇集起来，使究极的「电子界」在此降临。

Playmaker知道了Ai的悲伤，想说服Ai停止战斗。可是，心意已决的Ai并没有起心境变化。随后，Ai向Playmaker提议某件事。

作为人拥有的彼此联系一事的宝贵性以及作为「AI」追求的具有绝对性的事物。对彼此的意志有了重新认识的Playmaker和Ai，向着战斗的终局解放了自身残存的力量。究竟俩人的决斗会到达一个什么样的未来……