La famille Stone rentre d’un séjour en Jamaïque. Suite à un surbooking, ils se retrouvent à bord de deux vols distincts. Le premier voyage se déroule sans encombre. Le second, le vol Montego Air 828, traverse une zone de fortes turbulences. A l'atterrissage, tous les passagers et l'équipage apprennent par la NSA que plus de cinq ans et demi se sont écoulés depuis leur décollage. Cinq ans et demi d’une vie passée sans eux, dans laquelle tout le monde les a crus morts.

Après l'explosion d'un avion sur le Tarmac, des passagers qui ont assisté à la scène sont confinés puis interrogés par les autorités. La National Security Agency (NSA) leur demande de ne parler de la situation à personne... De retour à son domicile, Ben entend une étrange musique. Au commissariat, Michaela croise Lourdes, venue lui rendre visite, mais refuse de lui parler.

Une passagère, ayant témoigné dans les médias sur l'explosion de l'avion, a été retrouvée morte à son domicile. Une enquête est ouverte. Ben décide d'accompagner Michaela sur la scène du crime pour tenter d'en savoir davantage. Peu avant, il avait reçu un appel de Saanvi qui avait fait une surprenante découverte en analysant le sang de Cal.

Dans les couloirs de l'hôpital, Saanvi est frappée par la vision d'une silhouette féminine grise laissant des traces de pas derrière elle. Elle décide alors de consulter le neurologue, lui montrant ses scanners cérébraux en les faisant passer pour ceux d'une autre patiente. Pendant ce temps, au commissariat, Michaela apprend qu'elle doit faire équipe avec Jared. Ben, quant à lui, a toujours du mal à renouer avec sa fille.

Ben est furieux lorsqu'il apprend que Grace et Bethany cachent Thomas, passager clandestin du vol 828, activement recherché par les autorités. Il prétend refuser d'être mêlé à cela, mais entend une voix qui lui dit : « Tout est connecté ». De retour chez lui pour passer la journée avec Cal, il perçoit à nouveau ce message...

Cal se réveille en pleine nuit, fiévreux et criant des mots en bulgare. Ses parents le transportent à l'hôpital, où le médecin ne parvient à déterminer l'origine de symptômes. Saanvi ne tarde pas à comprendre qu'il répète les mots prononcés dans le vol 828 par un homme qui demandait de l'aide aux autres passagers. Ben et Grace sont décidés à le retrouver.

Cal reprend conscience et confie à son père qu'il sent que quelque chose de grave va bientôt leur arriver à Marko et à lui. Le garçon est autorisé à retourner chez lui. Ben a trouvé un moyen de retrouver les hommes ayant enlevé des passagers du vol 828. Il a postulé pour être embauché par le cabinet d'expertise financière de la société Union Dynamic Systems, à qui appartient la ferme où les expériences ont été menées.

Ben s'inquiète pour Cal, qui a manifesté l'envie de retourner à l'école. Il craint de voir les expériences menées sur Marko reprendre et blesser son fils. De son côté, en arrivant au poste de police, Olive entend une voix lui murmurer «ne le perds pas». Elle est alors chargée d'intervenir auprès d'un ancien passager du vol 828 qui menace de se suicider en sautant du toit d'un bâtiment, espérant pouvoir l'en dissuader.

Malgré leurs récentes découvertes, Vance calme les ardeurs de Ben, préférant être patient avant de se rendre dans les locaux renfermant les passagers manquants du vol 828. Alors qu'il joue avec son fils devant chez lui, une femme qui semble très mal en point l'aborde. Elle était dans le même avion et dit avoir entendu une voix l'ayant menée jusqu'à lui. Elle faisait partie des sujets victimes d'expériences et a réussi à s'échapper.

Fiona et Saanvi remarquent que toutes les personnes qu'elles ont sauvées sont victimes de spasmes au même moment. Elles veulent faire venir d'autres passagers du vol 828 afin de voir si ces derniers vivent la même chose. Pendant ce temps, Ben se rend aux funérailles de Vance, où il est approché par un journaliste, Aaron Glover, qui prétend avoir des informations concernant l'explosion de l'avion.

Ben rejoint Grace en urgence, Cal ayant mystérieusement disparu de la maison. Sur place, la police l'interroge, le suspectant d'avoir enlevé son fils. Folle de rage, Michaela se rend chez Autumn, convaincue qu'elle a un rapport avec l'enlèvement du petit et lui disant avoir compris qu'elle mentait depuis longtemps. Elle rejoint son frère, avec qui elle explique la situation à Grace.

Michaela tente de comprendre ce qui est arrivé à Zeke. Ce dernier a vécu une expérience similaire aux passagers du vol 828. Zeke est parti en randonnée deux semaines plus tôt. Il a en fait disparu pendant presque deux ans. La jeune femme décide de rester avec lui dans la cabane pour l'interroger. Mais Ben ne lui fait pas confiance.

Michaela est de retour chez elle avec Zeke, qu'elle a décidé d'héberger, convaincue que leurs destins sont liés. En pleine nuit, Cal tombe de son lit et dit à ses parents : « Ca arrive »... Le lendemain, Saanvi reçoit la visite d'une femme, Alice Ciccone, qui a besoin de son traitement expérimental pour soigner son mari malade. Elle accepte de venir l'examiner pour déterminer s'il peut en bénéficier.

James Griffin a été retrouvé vivant à bord du camion pourtant tombé à l'eau il y a trois jours. Ben pense que lui aussi a fait un bond dans le temps, comme les passagers du vol 828 et Zeke. Il part avec ce dernier rejoindre Saanvi à l'hôpital où l'homme a été transporté. Alors qu'il est examiné, celui-ci hurle - comme en plein délire - alors qu'il dit apercevoir une explosion, de la fumée et des avions... Michaela est convaincue qu'il s'agit d'une vision.

En colère, Cal casse les jouets de sa chambre. Il refuse de s'expliquer, prétendant ne pouvoir parler qu'à Zeke. Après avoir relevé les empreintes de ce dernier sur un gobelet, Jared a obtenu son dossier judiciaire, qu'il transmet à Michaela. Celle-ci ainsi que Ben, Saanvi et Zeke entendent la même voix au même moment leur demandant d'arrêter Griffin.