明朝天启末年，大太监魏忠贤发现天启帝的腿已浮肿，并正在尿血。经查，天启帝的肾、脾严重衰竭，生命危在旦夕。魏公公认为掌控大明的时机到了，速劝说皇妃娘娘假冒怀上了皇上的龙子，目的是不让皇上的弟弟朱由检继承皇位。天启帝病情恶化，急诏信王朱由检，魏忠贤却想尽办法百般阻扰他们兄弟见面。

奉命监视信王29年的太监王承恩，在关键时刻倒戈信王，并道出了自己一辈子是“奸贼”和“忠仆”的双重身份。天启帝的大限将至，却一没立太子，二没立遗书。魏公公更是加紧了“制造皇子”的计划，一面将一姓陈的怀着男孩的孕妇弄进了宫里待产，一面派人深夜到信王府去捉拿信王朱由检。

为了保护信王，王公公护着信王进宫，却被魏忠贤挡在了门外。魏忠贤实际已将天启帝软禁起来，又将信王扣押在后宫。王公公见势不妙，深夜四处求救，与兵部侍郎洪承畴共同策划闯宫，救出皇上和信王。与此同时，陈氏孕妇生下的并不是男孩，而是女孩，魏忠贤“立小皇子”计划流产，他甚是绝望。皇上传位于弟弟朱由检后驾崩了，临终前他希望弟弟放魏忠贤一条生路。

魏忠贤被发配边关，负责押送他的王公公为避“后患”，将其暗杀。崇祯元年，朱由检登基，他决心振兴大明。周皇后向崇祯皇帝进言要杀掉王承恩，因他知道的太多，更因他为“阉党”监视了朱家多年。皇帝想改造“阉党”为己所用，便不杀王承恩，反倒封他为大内总管太监，并将魏忠贤的大宅子赏给他。皇上下令捉捕为魏忠贤生皇子的陈氏母女。与此同时，陈氏母女躲到了南方的一个小地方，母亲以卖淫为生。为振兴大明，崇祯皇帝召集大臣们献计献策，兵部侍郎洪承畴的一番“治乱治心”的理论很得皇上的赏识。

陈圆圆的母亲死了，死前对女儿留下两个心愿：第一不许入娼门，第二不许进皇宫。而圆圆却被人卖到了扬州妓院当歌妓，不得不违背了母亲的第一个心愿。十年后的陈圆圆已美若天仙，位居“扬州八艳”之首。皇后将自己的隐痛悄悄告诉了王公公，即皇上登基以来厌倦女色。为了让皇上放松安逸，她让王公公去苏杭一带为皇上选美女。王公公来到扬州，一眼看中了陈圆圆。

陈圆圆为遵守对母亲的最后一个承诺，执意不去皇宫。王公公用重金买了一把唐朝李后主留下的“天目琵琶”，用它弹唱了“碧云天”，陈圆圆惊叹。王公公道出了自己如何当上太监的实情。圆圆的心离王公公近了许多。大明南忧北患并起，宁远军将吴三桂闯宫夜报：宁远官兵因拿不到军饷而造反，已割下宁远巡抚毕大人的一只耳朵。

皇上决心用重兵前去镇压乱军，而吴三桂却极力阻止镇压，说只要皇上给他10万两银子做官兵的军饷，他就能帮皇上平定乱军。皇上最终只给了吴三桂5万两银子，但同时也派了御林军，准备恩威并重，平定乱军。辽东已无主帅，吴三桂、王公公力荐忠勇善战的兵部废员袁崇焕，皇上采纳。皇后娘娘将“废宫”眠月阁赏给了新进宫的陈圆圆。王公公把“废宫”里的“密事”讲给圆圆听，圆圆从中得知这眠月阁便是母亲生她的地方，并知道皇室一直要追杀她们母女。吴三桂劝说造反官兵只要缴械投降，保证免罪。御林军的宋军台却说皇上有密旨，要全部杀掉叛军。

吴三桂决定让乱军互相残杀，留下最勇猛善战的53个士兵免死……“宁远兵变”平定了，吴三桂用这53人组建了自己的军队。宋军台回京见皇上，将平定宁远乱军的功劳巧妙地归于自己，并在皇上面前说了很多吴三桂和大臣们的坏话。王公公明察秋毫，抓住宋军台贪功诿过，借机收买宋军台，利用他了解近日频频向皇上进言要弹劾自己的人是谁。皇上诏袁崇焕进京，准备委以重任。不料袁崇焕称病抗诏。王公公给皇上支招——用“恩御”和两棵老山参表达诚意，将袁崇焕诏进京。袁进京后第一个去王府拜见王公公，王公公真诚地表示要做袁崇焕在宫内的“后台”。

户部尚书周延儒冒死向皇上进言，认为王承恩的权利过大，是另一个危险的魏忠贤。为对付八旗军的皇太极（他已自称大清皇帝），皇上请袁崇焕献策。袁崇焕夸下海口——五年平定辽东。皇上大喜，命袁崇焕为蓟辽总督，并授予他“临机专断、先斩后奏”之大权，并亲自从皇银里拨出30万两银子给袁做军饷。一时间，袁崇焕成为“天下第二人”。王公公通过宋军台查出监视并想弹劾他的人就是户部尚书周延儒，从此恨在心里。罪将吴襄被多尔衮的清军围困，血战黑虎崖。

吴襄之子吴三桂为救父，只率53名自己的标骑冲出辽远城与清军决一死战。皇太极与吴三桂“别打边聊”，皇太极最终打败了吴三桂，但仍觉吴三桂是个汉子，愿与他交个朋友，并劝他归顺大清，“何时想来都可以，来了再走也可以”，还让他带话给袁崇焕，贬低大明和袁本人，霸气十足……其实皇太极很看重袁崇焕，认为袁崇焕是崇祯皇帝的胆，发誓要除掉这个胆。皇太极有一个美丽、聪明的庄妃，庄妃娘娘的老师却是个汉人范仁宽。范仁宽的大智颇得皇太极的赏识。

皇太极和庄妃决定微服南下，摸清大明底细。袁崇焕对吴三桂的战功大大渲染一番，并故意派吴三桂押送其父亲吴襄进京接受处置，为的是以吴三桂的战功减轻吴襄的罪责。吴三桂向父亲表明爱上一个“宫女”（此时他还不知道这个“宫女”叫陈圆圆），父亲说那个“宫女”一定是皇上的女人！袁崇焕为了说服皇上“以战求和”，写了一封信让吴三桂进京交给皇上身边的王承恩。王承恩在老家青龙镇为老父扫墓，正巧皇太极的左右臂范仁宽也回老家青龙镇看望父母，得知父亲已被清军打死，去父坟扫墓，正遇在墓边等候多时的王承恩。王公公劝范仁宽归顺大明朝廷，未果，转而又希望范仁宽能在“关键时刻”劝说皇太极与大明讲和。

皇太极和庄妃假扮汉民上了“山海关”，摸清了对手的兵力布局，又用银子将“山海关”脚下的“十里香”小酒馆的名字改成“太极十里香”，目的是让崇祯皇帝知道他已来过此地。范母突然接到太监们代表朝廷送来的重礼，引起她的疑虑，范仁宽只好向母亲讲出了他一直为清军效劳的实情，并告诉母亲他之所以这样做，是为了和平的理想。范母不理解，悲愤地悬梁自尽了。王公公已发现了皇太极来过“山海关”的事。乐安公主偷偷带陈圆圆上街玩，听见民间传唱“英雄吴三桂”的曲子，圆圆很是好奇。

皇后借皇上高兴之机，将精心为皇上准备的“美味”（陈圆圆）献上，皇上甚是喜欢……不料陈圆圆故意说自己已不是女儿身。皇上暴跳如雷！陈圆圆因“亵渎圣上”被捕。周延儒乘机在皇上面前揭发：陈圆圆是王承恩为皇上找来的，皇上盛怒，他虽然深知王承恩是忠心能干的人，但不能容忍王承恩替主子做主，要弹劾王承恩，他忍痛让熟知法律的王承恩自己判自己刑——当廷受杖，直到打残。

吴三桂深夜秘密拜见王公公，将袁崇焕“以战求和”的信交给了他。王公公没有看信，猜出了信的内容，将信撕掉，并告戒吴三桂——全当从来未有过什么“密信”。王公公善意地理解了皇上“打是亲，骂是爱”，认为皇上真正的用意是让“阉权”的流言不攻自破。　　王公公让圆圆唱小曲给他听。一旁的吴三桂听着小曲，动情地向圆圆表达爱意。为了圆圆，他不惜要杀皇上。圆圆用歌声回答了吴三桂的情意。圆圆还是被赦免了，皇后要她今后好好地侍奉皇上。

皇上念吴襄“生了个好儿子”，让他归乡养老，命吴三桂继任父职，并让陈圆圆向大英雄吴三桂敬酒，又让她为吴三桂唱曲，圆圆唱得情真意切。皇上问吴三桂与皇太极交战时，皇太极都说了些什么。吴三桂谎说是“明、清应和平”。吴三桂求皇上把陈圆圆赐给他，并发誓他能将大明的敌人皇太极的头砍下来献给皇上。皇上含糊地答应：如果吴三桂再立战功，便将陈圆圆赐给他。圆圆对王公公说，吴三桂是惟一真爱她的男人，希望王公公替她去求皇上。此时的王公公更受到皇上的信任，因他对皇上最理解且深明大义，使皇上欣慰。

皇太极利用崇祯多疑心重的心性，决心先斩断崇祯对得力干将袁崇焕的信任——写一封“议和书”，让袁崇焕转交给皇上。袁崇焕知道皇太极并非真心讲和，便一面积极备战，一面将“和书”上交皇上。皇上果真起了疑心，命王公公派鲁四去监视袁崇焕的一举一动，并召集众臣商议“和书”，以试探每个人的态度。王承恩再次受到重用后，府上又是宾客满堂了。大臣们纷纷送来重礼，洪承畴也不例外，王公公故意不收他的银子，提出了交换条件。

崇祯认为周延儒通敌，将周革职，交刑部审问。周延儒一夜之间白了头。在狱中，洪大人奉皇命前来，以请周大人喝酒的方式审案。周延儒认为让他喝的是毒酒，但还是一饮而尽。周延儒喝下酒后并没有死，很是感激洪大人。洪大人借酒劲让周讲真话，并说其实他完全赞成周大人的“南剿北和”之策。周大人发现洪大人是个两面派，洪大人笑周大人：“在观人这一点上，你又输给了王承恩。”

朝廷众臣弹劾袁崇焕，而皇上在王承恩的影响下，按住对袁的恼怒，反倒嘉奖袁。皇上命袁崇焕驰援西部的圣旨已到，但马匹和时间都不够。但皇命不可违抗。袁崇焕只好亲自带兵赴西部。可当袁崇焕到达西部，皇太极已经离开，并且速向京城进攻。袁崇焕又火速掉头向京城追赶。皇上动员京城全民皆兵，这是崇祯皇帝一生中最勇敢和辉煌的时刻。明清两个皇帝将在此决一死战！为保卫京城，皇上急将已启程的援助陈奇瑜围歼流寇的八万军队立刻又调回北上，投入京城保卫战。

陈奇瑜已得知援兵被调走的消息，担心十万闯军突围。而此时李自成代表所有义军前来受抚。陈奇瑜布下天罗地网，想在义军放下武器徒步走出虎口时，将义军斩尽杀绝。但义军早有准备，当两军靠近时，用石头及暗藏的短刀反将明军全歼。陈奇瑜剖腹自杀。京城的青壮年不肯出来助战，杨嗣昌求王公公劝皇上拿出银子来。王公公不肯“出面干政”，却让杨大人去求皇后。

皇太极已率清军兵临城下，让军队在城边休息，养足精神，等袁崇焕的兵马一到，趁袁军人困马乏之机，一举歼灭袁崇焕的部队。袁崇焕派吴三桂率三千骑兵先行去“骚扰”皇太极，一是为了安抚皇上的心，二是暂时拖住皇太极。多尔衮等人劝皇太极趁大明援兵未赶到，快速攻城，而汉臣范仁宽则劝皇太极不攻城———因为时机不成熟，否则将腹背受敌。皇上见到范仁宽，说“议和”之事要与大臣们商议三天。而范仁宽说皇太极有严命：必在当天答复。

皇太极盛怒之下决心攻城。而范仁宽的一封遗书让皇太极和众臣们大为感动，也冷静了许多。最终决定班师离城，待做好“坐天下的准备”时再来攻打大明。皇上认为此次“胜利”全是自己领导的好，故原承诺赏给全城百姓的银子也不拿出来了。皇太极故意让被清军俘虏的鲁四“偷听”到袁崇焕派人给清军送密信的事，并故意让鲁四“逃走”。

京城的百姓纷纷传言说袁崇焕想与清军议和，令皇上恼怒。此时袁崇焕、吴三桂进城见驾，皇上故意冷落二人。王公公巧妙地向他们点明了原因。皇上“设宴”请袁、吴二人，又叫陈圆圆来唱曲，目的是要敲山震虎。鲁四逃回皇宫，带来了皇太极故意让他带的“万急消息”———袁崇焕通敌。皇上果然中计。

皇上将陈圆圆赏给吴三桂。王公公单独会见了吴三桂，宣读了皇上让他抓捕袁崇焕的圣旨，并把圆圆的“定情之物”和“圣旨”一起交给了他。吴三桂去见袁崇焕，袁崇焕为避免军中大乱，建议吴三桂连夜将他带走赴京。众臣纷纷对袁崇焕获罪表示不理解，皇上派王公公骗取了袁崇焕的“乞罪折”……

庄妃请来亲信小姐妹寒玉去宁远将一封“招降信”送到祖太寿将军手中。祖将军因对袁大帅被治罪而不满，带着两万兵马降清去了。皇上派吴三桂去追捕祖将军，吴三桂行前先去狱中请袁崇焕给将军写一封劝其回心转意的亲笔信……

庄妃暗示皇太极立其子福临为太子，皇太极说他还小，不必想的太多。多尔衮捡到庄妃掉在地上的手帕，对嫂子心存不轨，被庄妃看破。吴三桂与陈圆圆成婚，无一人前来贺喜，吴家陷入孤立。皇后亲自代表皇上前来吴府贺喜，当众宣布陈圆圆是已故太子太保陈公义的外孙女，并授予陈圆圆“一品诰命夫人”。皇后又当着王公公和吴三桂的面，将18年前圆圆是“伪太子”的事公布，转而皇后又说皇上已下圣旨：圆圆无罪。皇上把大批兵马交给吴三桂，同时婚后的陈圆圆必须留在京城做人质。

南忧北患，旱灾已百日，皇上病倒了。与此同时，传来恶报：义军攻陷中都凤阳，掘了先太祖爷的棺材，断了大明朝的龙脉。皇上向天下人宣布：引罪自惩，避居武英殿，减膳撤乐、罢免经宴，不食荤腥……

皇上与众臣御前议政，商量“征剿大计”。所有人都不敢说话，只有洪承畴站出来讲了真话——他认为皇上的“征缴方略”有三误，其一就是大明的心腹之患不是皇太极，而是高迎祥、李自成中原之敌。朝廷应征剿先于抗清。并献上了考虑多年的“征剿方略”。皇上正在考虑要用杨嗣昌出任“五省总督”，这时有人将杨、洪等大臣在百花楼寻乐的事密报给皇上。

王公公借端午节将洪大人请到府上吃粽子，要查出那个写匿名信的人———就是洪承畴本人，其目的就是要灭掉杨嗣昌，而自己当五省总督。洪大人向王公公要证据，王公公拿出了在洪府搜出的半张底稿，洪承畴向王公公跪下。此时，杨嗣昌从里屋走了出来，他告诉洪大人，他已在皇上面前力保洪大人为五省总督，而自己可与洪大人联手剿贼。

洪承畴活捉了闯王高迎祥，把“押送闯王”回京报功的美差交给了杨嗣昌，实现了对洪承畴的报恩诺言，而自己又带着五万精兵去打李自成。高迎祥被杀了，张献忠降了。李自成只剩下七人逃走，大明打了胜仗，但已伤元气。皇太极认为大清攻打大明的时机已经到了。

皇上焦虑万分，让大臣们拿出御敌妙策。洪承畴认为皇太极将要与大明决战，所以要先打皇太极，并要强力加征军饷。杨嗣昌反对征重税。洪承畴说“征重税虽痛苦，但可免大明灭亡。”皇上立刻下令加收三十万两税银，杨嗣昌建议军饷只能从王公贵族处征收。

国丈周仁要将自己拥有的上千万两银子偷偷转移到南京。皇后大义灭亲，将此事告诉了皇上。皇上命人截住了周仁。王公公向皇上交出自己家里私藏的一千三百两银子，并说自己也是个“贪官”。皇上收到喜报，龙颜大悦。杨嗣昌乘机劝皇上向皇太极“赐和”，以换取时间，富国强兵。

皇太极像迎接朋友一样将洪承畴迎进盛京，庄妃将自己的寝宫让给他住。他们认为洪承畴是个人才，要不惜代价收服洪承畴。李自成已攻打汉南，势头很猛，皇太极预感到将来与他大清争天下的是李自成。皇太极和李自成分别给崇祯发来一份诏书———前者让他归顺大清；后者让他归顺大顺。

吴三桂雄心勃勃说：“大英雄出自乱世，袁崇焕、洪承畴失败之时，就是我吴三桂建功之日！”王公公看着吴三桂，若有所思。李自成已攻陷了居庸关，京城风沙百年不遇。王公公劝皇上与大清讲和，皇上不纳；又劝皇上迁都，皇上也不纳。认为王公公是贪生怕死，将其赶走。皇上令皇后带着公主、皇子们回南方老家。皇后不肯，“要与皇上生死与共”。

皇宫里大乱，大臣们有的劝皇上与义军讲和，有的劝皇上迁都。皇上气愤，非要“与京城共存亡”。他叫手下召集兵勇和百姓上城助阵，但百姓们还记得以前皇上不信守“赏银”诺言的事，均不愿上城助阵了。皇太极万事俱备，天下唾手可得，就在出兵前夕的关键时刻，皇太极发脑中风，抱憾而亡，死前没立任何遗嘱。

万急时刻，聪明的庄妃向降臣洪承畴讨主意。洪承畴对庄妃说：“越是危难之时，就是机遇来临之际。”他让庄妃给多尔衮写一封密信。庄妃趁势将小皇子福临推上了皇位，是为顺治帝。而多尔衮成为摄政王。大清复归稳定。李自成为闯王后，义军如燎原烈火席卷全国，并在皇太极病亡时，抢先进兵，迅速逼近京城。

皇上让王公公杀自己，王公公下不了手，这时义军已打进皇宫。崇祯逃到煤山，在一棵歪脖子树上自缢了。大难中，陈圆圆冒险救下小皇子回到了自己的家吴府，正遇义军的将领刘宗敏在她家中。浑身是血的王公公被俘。刘宗敏叫人把他砍了。北京失陷，证明了义军现在的实力。多尔衮向洪承畴讨主意，洪承畴建议他要尽快招降吴三桂，并亲自给吴三桂写信。

黄玉到了山海关，力劝吴三桂归降。吴三桂终于决定率军归降李自成。但同时也给洪承畴写了一封密信，表示愿意归清。他是为给自己留条后路。多尔衮请皇太后给吴三桂写一封“劝降书”，洪承畴又让皇太后将“降”字改为“顺”字，以保留吴三桂的尊严。

吴三桂要借清兵剿灭大顺军，光复大明。多尔衮为利用吴三桂，封其为平西王。二人在皇太后的主持下结盟。吴三桂献出了山海关。京郊，清军与吴三桂的铁骑合击大顺军。李自成兵败，只好匆匆退出北京，而刘宗敏舍不得陈圆圆，强行带走了她。吴三桂飞马追赶刘宗敏，不顾圆圆的劝阻，杀了刘宗敏。

吴三桂与陈圆圆破镜重圆了，以为从此幸福终生，不料更大的悲剧刚刚开始。多尔衮在全国范围内搜杀“朱三太子”，而这个小皇子正依偎在陈圆圆的怀抱中，互相已亲如姐弟。最令吴三桂痛苦的是，陈圆圆突然怀孕了，他搞不清她肚里的孩子是自己的？还是崇祯的？还是刘宗敏的？甚至连陈圆圆也搞不清！吴三桂为避免灾难缠身，决定交出了小皇子。