Il reste peu de temps avant le début des vacances d'été. Mokoto, la présidente du fan club de Yuki, est déterminée à savoir qui va travailler avec lui au sein du bureau des élèves. Yuki fait la connaissance de Machi Kuragi, trésorière du BDE, et Kakeru Manabe, son vice président.

Les élèves du lycée doivent remplir une fiche d'orientation avant leur départ en vacance, ce qui les poussent à se poser des questions sur leur avenir.

À la suite d'une visite de son frère chez Shigure, Yuki accepte d'aller visiter sa boutique, accompagnée de Tohru. Pendant que cette dernière se fait relooker par Mine Kuramae, l'assistante d'Ayame, les deux frères ont une discussion.

Pendant que Kyo, Tohru, Hanajima et Uo préparent leurs sorties pour un voyage scolaire à venir, Momiji fait interruption. Hatsuharu a complètement saccagé sa salle de classe, pour une raison inconnue. Il finit par se confier à Yuki : il s'est fait quitter par Isuzu Sohma, surnommée Rin.

Les vacances d'été ont enfin commencées ! Pendant que Momiji traine Tohru, Yuki, Kyo et Haru au centre commercial pour tester une maison hanté, Uo fait une rencontre spéciale à son travail.

Momiji a décidé que Tohru et une partie de la famille Sohma devaient passer quelques jours dans une des résidences secondaires de la famille au bord de la plage. Lors de la première journée, tout se passe plutôt bien jusqu'à ce que Kisa et Hiro se disputent. Shigure manigance quelque chose depuis chez lui.

Le groupe se réjouit du fait que la mère de Hiro est enceinte. Shigure arrive et leur apprend la venue de Akito, qui est bien décidé à troubler leur séjour et éloigner Tohru des Soma, plus particulièrement de Yuki pour qu'il lui revienne enfin.

Alors que Kagura tente de la convaincre de rejoindre les autres Sohma à la résidence secondaire, Rin décide de quitter sa maison. La mère de Kagura refuse que sa fille y aille, du fait de la présence d'Akito. Ce dernier cherche à voir de plus en plus les Sohma, sauf Kyo, qui passe ses journées avec Tohru à la plage. Tohru finit par rencontrer un autre membre des douze par un parfait hasard.

Finalement convoqué par Akito, Kyo lui rendra visite comme ordonné la vieille par Shigure, laissant Tohru seule.

Ce sont les derniers jours à la résidence secondare des Sohma. Akito est contraint de rentrer avant les autres pour une raison inconnue et décide de rendre visite à Torhu pour lui annoncer de nombreuses choses…

Tohru et les Sohma sont rentrés de vacances. Kagura enmène Kyo en rendez-vous et celui-ci souhaite lui parler de leur relation.

Mayuko, la prof principale de la classe de Tohru, doit garder la librairie de ses parents pendant quelques jours. Une visite de Shigure lui fait se rememorer des souvenirs du passé, lorsque Kana, Hatori Shigure et elle étaient encore amis.

Alors que l'école reprend, Yuki, le nouveau président du BDE, fait la connaissance des autres membres : Kakeru, le très énergétique vice président ; la discrète Machi, trésorière ; les secrétaires Naohito, colérique, et Kimi, extrêmement souriante et malicieuse.

Le grand-père de Tohru est à l'hôpital. Pendant ce temps, Yuki part à la recherche d'Isuzu pour comprendre ce qui la motive.

À l'école a lieu la réunion parents-professeurs pour discuter de l'avenir des élèves. Yuki demande à sa mère de venir.

Tohru ayant réalisé que l'homme pour lequel Arisa a des sentiments pourraient être Kureno Sohma, elle décide de s'introduire dans la résidence principale pour lui parler. Elle y croise alors la petite soeur de Momiji, qui l'observe secrètement.

La classe de Tohru part en voyage scolaire dans la ville de Kyoto.

Après avoir fait un malaise, Isuzu passe la nuit dans la maison de Shigure, donnant la possibilité à Tohru de mieux la connaître.

Le festival du lycée approche. La classe de Tohru doit jouer une pièce de théâtre sur Cendrillon, mais Yuki refuse le rôle du Prince charmant car il est trop occupé avec le BDE. Kyo et Hanajima héritent des rôles principaux, tandis que Tohru, à la suite d'une manigance du fan-club de Yuki, doit jouer l'une des méchantes soeurs.

En parlant avec Kakeru, Yuki se rememore des douloureux souvenirs de son enfance, de ses premiers amis à l'extérieur de la résidence et de sa rencontre avec Tohru.

Yuki réalise la nature de ses sentiments envers Tohru. Pendant ce temps, les répétitions de la classe pour la pièce de Cendrillon sont chaotiques.

Le jour du festival est arrivé. La classe présente leur version de la pièce de Cendrillon, très loin de l'histoire originale.

La nouvelle année approche. Kyo et Tohru décident de passer le réveillon chez Kazuma, le maître de Kyo. Yuki, lui, a choisi d'aller passer un soir à la résidence. Il passe également un après-midi avec les membres du BDE et fait un peu plus connaissance de Machi.

Momiji a donné à Kureno le cadeau de Tohru. Il finit par le regarder et décide de lui avouer le secret que Akito lui a demandé de garder à tout prix : sa malédiction a été levée il y a plusieurs années. Il lui raconte également des souvenirs de son adolescence et la raison pour laquelle il est toujours lié à Akito.