大战结束9年。玛丽亚·诺埃尔在违法交易妖精的拍卖中与青梅竹马的维罗尼卡·索恩再会。但是，她却沦为对烧毁了两人故乡的男人的复仇者。与潜入搜查的非法妖精取缔机关『多洛恐怖』的弗里·underber作战的veronica，玛丽雅打算停止──

在战斗中，玛丽亚被妖精“亚希克拉德”附着于特异体质，但凭借自由的机智加入了多罗地亚。立刻，被派遣到首次任务,不过，出现了的黑手党，作为自由的原战友妖精兵ufuran·rou。

收到veronica等人瞄准的“黑色妖精书”被发现的消息，自由和玛丽亚访问了塔之都的妖精学者、凯恩和达米安。在那里出现了的神秘的美女，Suwity。被那个登场人物玩弄的二人──

亲爱的还针对一本黑色的童话书。

操纵仙女“ Scriker”并试图剥夺黑色仙女的书，但成功地抵消了玛丽亚的空袭。

但是，当她吃饭返回总部时，她遭到送给她的真空吸尘器的袭击，处于濒临灭绝的状态。

出现在被逼得走投无路的玛丽亚面前的是维罗尼卡。操纵妖精“布拉德特”战斗的她。玛丽雅因为无法投入激烈的战斗，只能咬紧自己的无力感，但是当这份悔恨达到了最高潮时，却出现了“亚希克拉德”而暴走。狂风大作，周围被火焰包围。另一方面，自由也与强有力的刺客对峙着。

迎接皇帝，首相，二人的大公，盛大被进行的终战纪念仪式迫近的当口，试验配备的军队的新型人工妖精的暴走事故发生。负责调查的恐怖分子们。负责妖精的保全和行政的妖精省、管辖军队的军部省也开始重视事态的发展。再加上有关黑妖精书“黑之四”的新情报，玛丽亚和同事克拉拉一起追踪能成为线索的男人。

再一次发生了新型人工妖精的暴走事故，查明没前进，怀疑内部犯罪的上层们的对立也激化着。自由职业者通过情报屋独自进行调查，但是没有找到决定性的证据。另外，虽然玛丽亚等人得到了“黑之四”中标的幕后黑幕，但男人是和政府也有很大关系的权力者，不容易出手。仿佛看透了这一点，瑞士茶出现了，提出了某个协助。

担心克拉拉的塞尔日和自由人会合，玛丽亚们的奇袭作战很成功，得到了“黑色四厘米”。另一方面，新型的人工妖精的暴走事故，以送别在仪式的配备这样的形式结束了。仪式当天，站在天坛上的首相戈尔本。然后，大公修瓦兹·迪泽和雷·顿两人。蕾是烧光玛丽亚和维罗尼卡的故乡的罪魁祸首。目光锐利地捉住那样的rai，veronika。在群众的声援高涨中，发生了事件。

暗杀首相未遂而终，阻止暗杀的Hybrants公dize作为奖赏被世间只有七个“妖精武器”的所有者所认可。与作为国宝的妖精武器“flantail”一起被命令护送柴油的自由、玛丽亚、奥兹、莉莉等人乘坐专用列车。在那里出现了袭击者

袭击者的真实身份是拥有妖精武器“GADFAX”的传说中的妖精兵——比维·里斯卡。在统一战争中活跃的代表性妖精兵“七骑士”之一的莉斯卡面前，恐怖主义被压倒了。同伴被杀，弗拉塔尼尔被夺走，松鼠消失了。因为自己大家都不幸。重新迷失了自己的玛丽亚，访问以前代替父母培育了的义侠团的首领·jinguru。

突然，狄塞宣布独立于统一的宙斯基亚举兵。乌尔夫兰的暗中活动，人工妖精的暴走，首相暗杀未遂，由于松鼠的列车袭击。全部都是为了达到这里而画的绘图，是为了独立战争的准备。统一军也随即向公都哈布施塔特派遣镇压部队。多洛特局长“七骑士”之一的内欧拉也加入镇压部队。另一方面，玛丽亚，自由职业者们跑回了首都罗达基亚。

公都哈普修塔特一战是佯攻作战，狄塞的真正目标，是皇帝和首相哥鲁邦所在的首都，隆达奇亚。利斯卡亲率手下佣兵集团奇袭隆达奇亚，统一军受到了毁灭性的打击。玛利亚、塞尔吉、克拉拉，以及手握妖精武器“贝洛苏蒂尔”的菲力，追着利斯卡，冲进了宫殿。

狄塞带着别动队与沃尔夫兰一同进入隐藏信道，终于到达皇帝面前。此时雷.道恩出现，阻止了狄塞的野心。这位“救国英雄”心中，一直隐藏着十二年前，烧毁玛利亚与维罗妮卡的故乡苏娜的痛苦记忆——

拯救了皇帝的雷·道恩回到了领地。德洛蒂亚被任命护卫雷·道恩，但玛丽却难掩心中复杂的感情。维罗妮卡也在护送途中跟踪雷·道恩，准备伺机报仇。在途中，大桥被爆破，一行人被迫停下，在古城留宿一夜。沃尔夫兰和维罗妮卡分别逐渐接近雷·道恩。玛利亚和菲力，再度与二人对峙。

在狄塞叛乱的背后，一直有沃尔夫兰的参与。但他却最终将这一切颠覆，反叛了，这个男人究竟有什么目的？在事后处理中，每日不断搜查检举反叛者的德洛蒂亚众人。玛利亚虽抱有自责，但依然要坚持履行职务。就在这时，菲力探出曾被疑私通狄塞的原王族克里斯托弗·拉恩的存在。

在国内的唯一贸易点贝伦的船岛上发现了大量违禁品，和黑色妖精书“黑九”。玛利亚等人前往搜查。另一边妖精学者达米安与维罗妮卡，以及Sweetie和帕特莉西娅两人也来到了船岛。加上三大黑手党之一“古因·加林”的干部伊杰，三方的战斗开始了。

包括“黑九”在内的黑色妖精书三部到了古因.加林处，其余六部在妖精省的管理之下。九部集齐之时，会发生什么？玛利亚激动地质问了解维罗妮卡过去的达米安，而达米安则暗示有更加危险的势力存在。菲力从Sweetie的认罪协商中获得了嫌疑人名单，准备开始正式引出古因·加林将其摧毁，然而，组织的黑手已经曼延至政府内部。

在德洛蒂亚的活跃下，“黑三”“黑六”转到妖精省门下。剩下的只有古因·加林四大干部最后一人伊杰所持的“黑九”。前往潜伏地的菲力、玛利亚等人，充满斗志。然而伊杰竟在独自研究下开发出了“培养妖精兵”。

沃尔夫兰夺走了“黑九”，黑色妖精书终于集齐。德洛蒂亚发现在其背后操纵的正是马可.贝尔伍德及其左右手格利夫.马萨，于是为了检举妖精省，德洛蒂亚开始行动。他们所追求的“理想之世”究竟是……

艾因茨教团、“黑色妖精书”记载的“神兽”的复活、在搜查过程中造访苏娜的玛利亚曾被称为“灾难之子”而孤立的过去、被称为“幸运之子”备受宠爱的维罗妮卡的真相、以及神兽复活必须的素材究竟是什么，这些秘密，即将揭晓。

被暗杀的首相的国葬列车，载着各人的不同想法前进。执意要完成葬礼的雷·道恩、率领妖精兵来袭的沃尔夫兰、负责警卫的德洛蒂亚、暗中潜藏的维罗妮卡、和寻找她的玛利亚、以及被战斗的气息吸引——比维·利斯卡出现了。

帕纳姆山被打出大洞，神兽苏醒了。无差别的彻底净化向人类袭来。教团和利斯卡队被逐渐消灭，各自的战斗也即将迎来终结，但依旧找不到阻止神兽的手段。

只要有妖精武器，就能防下净化之光。若神兽也是妖精成体，就能用“布拉德多塔”的力量将其“妖精器官”破坏。玛利亚与维罗妮卡前往阻止神兽，但是……最后，玛利亚与赶来的菲力等人一同，投入最后的战斗。