行星盖亚，那里是地球浮在天上，与人类一起，狼族和猫族等兽人，甚至龙跋扈的异世界。在狼族的指引下，瞳和凡一同前往盖亚的小国法尼利亚王国，并在那里得知凡是法尼利亚王国的王位继承人。为了继承王位，结束了屠龙仪式的凡的加冕仪式，举国盛大地举行了，但是“看不见的敌人”突然来袭。破坏城市，让人们陷入恐惧。这和瞳在去往法尼利亚的路上看到的愿景是一样的。看不见的敌人的真实身份是扎伊巴赫帝国的阿尔塞德斯，盖梅列夫。前来迎击的法尼利亚的侍从大将们也相继被打倒。为了保卫祖国，凡使用龙耳胶启动了法尼利亚王国的守护神盖梅列夫·埃斯卡弗洛内。那个样子，就是瞳在地球上看到的愿景中出现的样子。凡借助能察觉“看不见的敌人”的眼睛的力量，击退了侵略者盖梅列夫。但是，那也只是暂时的，忠臣巴尔加斯战死，瞳和凡再次被出现的光柱吞噬，和埃斯卡弗洛内一起转移到某处…。

“敌人要进攻了”，看到瞳的这一愿景，堡垒里的人一片哗然。班的侍女梅尔被带到警戒心高涨的堡垒。梅尔从毁灭的法尼利亚王国伤痕累累地逃了出来。回忆起惨状感到恐惧的梅尔的心与瞳一致，瞳发高烧失去了知觉。为了防备敌人来袭而准备迎击体制的艾伦等人，以及堡垒的全体成员。另一方面，凡用药草调制的药治疗瞳和墨耳。意外的温柔让她的眼睛直盯着阿凡。这时，瞳再次看见了愿景，扎伊巴赫帝国的迪兰杜向堡垒发动了攻击。防御空虚，堡垒会被看不见的敌人的攻击攻陷。为了王国的复仇，凡打算出击，艾伦告诉他“武士的生命在于让人活下去”，并尝试乘坐浮船“克鲁泽德”逃离。但敌人却紧追不舍。看到艾伦顽强的战斗的凡，为了让瞳和艾伦他们逃走，决定自己做诱饵，然后把艾斯卡弗洛内变成飞龙形态飞向天空。

虽然是自己成为诱饵的凡，但是没能避开迪兰杜的追击，和埃斯卡弗洛内一起被扎伊巴赫帝国的浮空要塞维旺逮捕。在那里他再次遇到了意想不到的人物。此人正是十年前失踪的亲哥哥福尔肯。从法尼利亚王国的王位继承仪式的屠龙中消失，为什么会投靠扎巴赫帝国，凡质问福尔肯的真意，但福尔肯没有回答问题，邀请凡前往扎巴赫帝国。另一方面，策划营救凡的艾伦等人，由于瞳准确地占卜了凡的过去，相信了他的能力，通过dawzing，查明了凡被抓的维旺就在徘徊的大地=浮岩的聚集地。看。艾伦等人立即发动了对维旺的奇袭。再次看到不祥愿景的瞳，坐立不安，只身进入浮空要塞，用拼命的活跃救了凡的命。救出了凡的瞳等人，乘坐克鲁泽德浮船前往阿斯特里亚王国的首都帕拉斯。

和凡亚·艾伦一起来到阿斯特里亚王国首都帕拉斯的瞳，对仰慕艾伦的米拉娜公主的登场感到非常焦急。艾伦向阿斯顿国王呼吁保护扎伊巴赫的暴行和凡，扎伊巴赫的福尔肯等人已经抢先一步，要求阿斯顿国王交出埃斯卡弗洛内。另一方面，瞳在港口举行的义卖活动中发现了CD，确信了地球和盖亚之间隐秘的联系。这时，瞳看到了凡的危险迫近的远景。就在伊美被商品吸引的时候，福尔肯再次邀请她加入扎巴赫帝国，不要让她去港口。迪兰杜的盖梅莱夫瞄准了这一场面。流体金属爪向凡发射，但看到愿景的瞳及时赶到，千钧一发之际将凡从危机中解救出来。但是还没来得及冷静下来，凡就应阿斯顿国王的要求展示了埃斯卡弗洛内的技艺。

在斗技场上漂亮地瞬间打倒了三架盖梅列夫的范的埃斯卡弗洛内。艾伦对王卑劣的做法越来越不满。松了一口气的瞳在聚餐时从二公主艾丽丝那里得知妹妹米拉娜公主已经有了未婚夫，这才松了一口气。但是，米勒娜公主的婚约是国王决定的，米勒娜公主的真心是艾伦。那天深夜，瞳偶然在王宫的屋顶上看到了艾伦和米勒娜接吻的情景。受到打击，泪眼婆娑。紧接着瞳人被人贩子壁虎人拐走了。从目击证人梅尔那里了解到情况后，范用自动扶梯追了上去。由于拼命的追踪，平安救出了他，不过，这时迪兰杜驾驶着盖梅列夫再次发动了强攻。连累城市破坏的迪兰杜。这时艾伦的雪拉莎德插嘴进来。为了不让町上的人们受到更大的伤害，凡和瞳、梅尔一起用艾斯卡佛罗内的飞龙形态离开了帕拉斯。

与扎伊巴赫帝国结盟的阿斯特里亚王国的阿斯特里亚国王，以艾伦对抗扎伊巴赫为由将其投入监狱。米勒娜公主知道了驻扎在王国首都巴拉斯的扎伊巴赫舰队的目的是进攻弗雷德公国，让艾伦逃走了，艾伦为了向弗雷德公国传达危机，带着抛弃祖国的觉悟，让浮船克鲁泽德出航。另一方面，和瞳、梅尔一起继续旅行的凡，发现了扎伊巴赫帝国所有的艾纳吉斯特矿山。为了破坏可以说是国家财源的矿山而发动奇袭，但瞳被绑架为人质，凡也被逮捕。但是，多亏了突然响起的瞳孔的传呼机，摆脱了危机。但是，自动扶梯内部的能量胶和储藏库中的能量胶产生共鸣。引起了大爆炸。由于那个影响发生了的地裂眼睛落下！凡为了救她，展开了隐藏在背后的白色翅膀！那天晚上，瞳仁的传呼机再次响起。那是天野发来的信息。

知道了以前，用愿景看到的天使的真面目是梵的吃惊的瞳。然后，从凡的口中讲述了他的成长经历。凡的母亲瓦利埃是被称为龙神人的种族。据说龙神人毁灭了传说中的亚特兰蒂斯，因此被忌讳。凡的父亲法尼利亚前国王爱上了瓦利埃，并娶她为妃。然后，得到福肯和凡二人，不久病死。随着时间的推移，瓦利埃为了消灭恶龙而寻找失去消息的福尔肯的身影消失了。据说瓦利埃教导凡在时机到来之前不要随便露出翅膀。似乎是为了报答把一切都告诉自己的凡，瞳告诉他自己喜欢他的翅膀。迪兰杜再次攻击在森林中彷徨的瞳们。眼睛能准确地传达看不见的敌人的位置，不过，被迫苦战的凡。这时艾伦他们赶了过来。他们俘虏了迪兰杜的部下米格尔，但为了保护眼睛艾伦受了重伤。班达向路过的弗雷德公国的商船求助。碰巧那艘船上坐着追赶艾伦的米勒娜公主和鼹鼠男，精通医术的米勒娜公主开始为艾伦做手术。

米勒娜公主的手术成功了，艾伦保住了性命。瞳一行人到达了米拉娜已故的姐姐玛莲娜出嫁的弗雷德公国。玛琳的遗属，遇见了希德王子，艾伦告诉了扎伊巴赫帝国觊觎弗雷德公国的事情。为了调查事情的真伪和帝国的动向，高僧普拉克图立即开始审问俘虏龙击队队员米格尔。但是，普拉克图是扎伊巴赫派来的“骗子”宗基的假扮者。然后，根据宗基设下的圈套，俘虏米格尔做了假证，艾伦一行人被怀疑是叛逆者。利用城内的混乱，打算讨伐凡的米格尔，用隐形斗篷消失，发动攻击。但是根据能看穿正在绽放的看不见的敌人的能力，遭到了反击。总算从盖梅尔夫逃出的米格尔，为了封口被宗基的手抹杀了，瞳亚班，艾伦他们被希德王子，关押了起来！

来到弗雷德公国的凡等人被怀疑是叛逆者而被监禁。于是，假扮成高僧普罗克图的骗子宗基，为了问出来自幻之月，表现出不可思议能力的瞳的秘密，开始了对她的审问。但是，瞳在审问过程中，虽然处于催眠状态，但还是识破了普拉克图的真面目，而且还看到了宗起死亡的愿景。惊吓过度心脏停止跳动的瞳，被从牢里逃出来的凡等人施以心脏按摩，总算保住了性命。被知道身份的宗基从弗雷德公国逃亡，向迪兰杜报告了瞳的来历。凡和瞳为了证明自己的身份，在埃斯卡佛罗内追捕逃亡的宗基，但是迪兰杜在他们面前按照瞳的愿景杀死了宗基。迪兰杜袭击。虽然成功地补充了看不见的敌人，但凡觉得迪兰杜的目标是眼睛，便撤退了。而且，真正的高僧普拉克图的遗体在森林中被发现，这证明了凡达的清白。那个时候，公国的主弗雷德公王回到宫殿。

洗清了冤罪的瞳等人，在弗雷多的都城戈达西姆，见到了从领地巡查归来的弗雷多公王。无法返回阿斯特里亚王国的艾伦，被公王谴责为背叛主君的不忠者，但在米勒纳的斡旋下，他开始为公国效力。然后，公国立即对扎伊巴赫帝国进入临战状态。在这样的情况下，凡求瞳占卜一下敌人的战术，但因宗起的死亡愿景深深印在她的脑海里而无法离开的瞳拒绝了她的请求。另一方面，米勒娜在亡姐玛莲莲使用过的离宫里发现了玛莲莲的日记。知道纪德是玛莲和艾伦的孩子后，他愕然了。同时，瞳在sid的请求下占卜了他的命运，预感到了玛琳和艾伦的关系。就在这时，扎伊巴赫帝国的大舰队来袭，凡为了保卫弗雷德公国而出征。

在扎伊巴赫帝国军的大攻势下陷落的弗雷德王宫。由于辅佐官鲍里斯等人的牺牲，瞳和希德王子一行人逃出王宫，来到位于西方山间的佛特纳大寺院守城。佛特纳大寺院中封印着传说中的亚特兰蒂斯的力量。与以那个力量为目标的扎伊巴赫帝国军展开了一场大的攻防战，但是在惨烈的战斗中弗雷德公王战死了。凡和艾伦等人的奋战也是徒劳，弗雷德军的失败是必然的，福尔肯和希德王子开始了停战谈判。以瞳们的逃脱为交换条件决意投降的希德王子，苦涩地交出了释放亚特兰蒂斯力量的宝刀。瞳们在克鲁泽德号浮船上离开了弗雷德公国，但凡已身受濒死的重病。

受了重伤濒死的凡。瞳因艾斯卡佛罗内的损伤和凡士的伤口在同一处，意识到艾斯卡佛罗内和凡士有感应。对于凡的伤口，即使是懂得医疗的米拉娜公主也束手无策。就在这时，瞳等人在阿斯特里亚的商船上遇到了米勒娜的未婚妻德莱顿。德莱顿认为只要修理艾斯卡佛罗内，凡也会恢复，为了治好凡的伤，召唤出传说中的工匠伊斯帕一族。自动扶梯的修理完成的同时，vane也恢复了。这时，迪兰杜手下的龙击队再次发动袭击。瞳知道艾斯卡佛罗内受伤的话班也会受伤，想挽留班，但是班拒绝了，为了弗雷多公王们出击。歼灭了龙击队的凡，不过，在那个战斗，被打倒的敌人士兵的死感应，自动扶梯变成黑色。凡的心被带入了死者的世界！

为了找回被带入死者世界的凡，瞳拼了命前往死者世界。根据梅尔的呼唤从死者的世界生还并恢复了意识，不过，凡因深层意识中植入的恐惧，变得无法挥剑。艾伦对担心范的瞳说，只有锻炼范自己。对那样的艾伦说出自己的好意的瞳。德莱顿的空中漂浮商船继续航行，瞳和艾伦，米勒娜和德莱顿分别急速接近，恋爱的模样开始展开。没过多久，瞳就接到了米勒娜关于艾伦和德莱顿的恋爱咨询。就在这时，扎伊巴赫帝国的金银2尊盖梅列夫、特林发动了奇袭。凡用埃斯卡弗洛内迎击，但被对战斗的恐惧所困，陷入了困境。梅尔的殊死行动使敌人撤退，万恩摆脱了危机。德莱顿根据艾伦的父亲留下的手记，找到了解开至今为止发生的事情之谜的钥匙在被称为幻之谷的“亚特兰蒂斯之谷”。然后，瞳一行人终于到达了幻之谷。

为了解开伴随着一连串事件的谜题，瞳一行人循着艾伦父亲雷恩的手记，前往龙神人的故乡——幻之谷。在这个过程中，她们明白了里昂为什么要寻找幻之谷。里昂在年轻的时候，与一位少女相遇并坠入爱河。为了与少女再会，他舍弃了艾伦等家人和名誉，踏上了寻找沉睡着创造奇迹的亚特兰蒂斯力量的幻之谷之旅。那个少女，是令人意外的人，瞳的祖母。瞳禁不住受到命运的打击。而且，里昂在旅行途中，遇到了来自幻之月的老人艾萨克。据说艾萨克和里昂一样，正在寻找解开亚特兰蒂斯之谜的钥匙所在的幻之谷。艾伦和德莱顿一起追溯着雷恩的手记，心中无法原谅父亲抛弃家人的生活方式。扎伊巴赫帝国的金银定令再次对德莱顿的船发动攻击。各自对幻之谷的强烈感情，与艾斯卡佛罗内产生了共鸣。漂浮船被光柱包围，躲过了盖梅列夫的攻击。然后，瞳一行人终于到达了幻之谷。

所谓幻之谷，是一个与古代亚特兰蒂斯人的城镇有着相同光景的死者世界。瞳曾经看到的愿景是这个世界。在那里瞳等人，知道了亚特兰提斯的后裔龙神人的盖亚创世的秘密。那就是，曾经是幻之月的居民，甚至可以将自己的想法变成力量自由操纵命运的人们，从幻之月中逃脱出来，制造了行星盖亚，被称为龙神人。在幻之谷，一行人邂逅了已经死去的人们。瞳从凡的母亲瓦利埃和瞳的祖母那里得知，虽然不安的想法会让凡等人受到伤害，但与此相反，只要相信，人的想法就一定会实现。艾伦与父亲里昂重逢，并了解到他对家人的感情。然后，凡根据亡巴尔加斯的话和眼睛的想法，决定背负战斗的任务。凡等人击退了入侵幻之谷的扎伊巴赫帝国刺客金银帝令。与此同时，幻之谷也消失了，瞳他们回到了现实世界。

凡重新下定了推翻扎伊巴赫帝国皇帝多伦柯克的决心。从凡的母亲瓦利埃那里得到的艾纳吉斯特出现的光柱，包围了凡、瞳、艾伦以及埃斯卡弗洛内，使之转移到多伦柯克的城堡。在那里瞳等人与多伦柯克见面。多伦柯克就是里昂曾经遇见过的、来自梦幻之月的老人艾萨克。曾经是幻之月的科学家的多伦柯克，为了解开命运的全部而埋头于研究，在地球的死亡眼前，因为偶然的契机转移到了行星盖亚。多伦柯克遇到扎伊巴赫的人民，用地球科学来拯救他们，并倡导用自己的双手来开创自己的命运，得到了他们的支持，从而建立了帝国。后来知道了盖亚创造的历史，开始渴望能自由操纵命运的古代亚特兰蒂斯的力量。发明了命运改变装置的多伦柯克，为了启动装置，需要弗雷德公国存在的力量地点和埃斯卡佛罗内，请求瞳等人的协助。拒绝了这个要求的瞳等人被软禁了，不过，根据瞳唤醒的凡的心的力量远程操作自动扶梯，成功逃脱了。目睹了整个过程的多伦柯克确信，达成自己目的的关键在于眼睛。

皇帝多伦柯克知道，如果不分离瞳和凡的心，衰退埃斯卡弗洛内的力量，就无法实现自己的目的。军师福尔肯制订了改变命运的作战计划，将两人的关系拉开。另一方面，顺利回到阿斯特里亚王国的瞳等人，听说米勒娜公主和德莱顿订婚了。向米勒娜公主询问为什么选择德莱顿而不是艾伦时陷入自我厌恶的瞳。阿凡想安慰这样的眼神，但笨拙的语言却让两人之间产生了隔阂。就在这时，福尔肯和艾莉雅发动了改变命运的作战。一个人，徘徊在雨夜的小镇上的瞳，和艾伦在城外的桥上相遇了。迅速拉近彼此的心。然后，两人终于接吻了。凡目睹了这一幕。

受米勒娜公主之托，占卜她和德莱顿结婚的瞳。结果得到的答案是，这桩婚姻非常危险，而且米勒娜公主适合艾伦。占卜中突然出现的幸运卡。由此，深信只要有思想力就能改变命运的瞳，为了不想和艾伦的关系被破坏，向米勒娜公主传达了虚假的答案。相信瞳的话，与德莱顿结婚的米拉娜公主。然后，举国举行了盛大的婚礼。扎伊巴赫帝国的皇帝多伦柯克看准瞳和凡的心分开的时机，让幸运的强化兵娜莉娅和艾莉娅姐妹前往袭击。由于她们的幸运，凡和艾伦束手无策，婚礼会场被残忍地破坏了。假占卜导致了这一结果，瞳对此负有责任，她向米拉娜公主坦白了事实，并应敌人的要求主动报了名。

应扎伊巴赫帝国的幸运强化兵纳利亚、艾利亚姐妹的要求，主动提出申请的瞳。但是，谜一样的剧痛突然袭击了姐妹，娜莉亚的提林坠落，艾莉亚撤退到福尔肯手下，瞳等人脱离了困境。那也是短暂的，娜莉亚潜入了阿斯特里亚王宫。眼睛会被掳走。在被带走的路上，瞳知道了娜丽亚悲伤的过去和身体受到的伤害，说服她从战斗中抽身。但是娜莉亚完全不听。不久，瞳和娜莉亚到达了港口，为了回收两人，艾利亚的盖梅列夫飞来。此时，凡通过dawzing探测到浮空要塞维旺的位置，果断地发动了攻击。娜莉娅、亚莉丝姐妹为了帮助弗肯前往受到埃斯卡弗洛内攻击的维旺。但是在那之后，维旺被闪光包围崩溃了。虽然瞳孔被解放了，但是由于幸运强化的反作用，极度衰弱的娜莉娅和艾莉娅姐妹被福肯发现并咽下了呼吸。

以纳利亚、艾丽雅姐妹的死为契机，福尔肯开始对多伦柯克产生怀疑。凡和瞳，接受了福尔肯的召唤，在现在变成废墟的祖国法尼利亚王国对峙。这时，地龙突然出现了。面对袭击的地龙的凡。福尔肯劝这样的凡“放下剑”，并讲述了自己置身扎伊巴赫的经过。法尼利亚王国为了继承王位而消灭龙失败，负伤的福尔肯被多伦柯克所救。失去的一只手被机械之手取代后，福尔肯以建立一个没有纷争的和平世界为理想，为多伦柯克效力。但是，对于多伦柯克为了改变命运而不顾他人性命的手段，他已经无法忍受了。福尔肯展开隐藏在背后的黑色翅膀，扔掉剑，平息了正要袭击凡的地龙。然后，告诉了凡意外的话。一起打倒多伦柯克。

以福尔肯流亡为契机，阿斯特里亚王国与周边诸国缔结了压制扎伊巴赫帝国的军事同盟。在出征前的第二天晚上，艾伦向瞳求婚。瞳对突如其来的事情感到困惑。第二天，对抗扎伊巴赫帝国军队的同盟军船队开始在港口集结。但是这时，幸运的强化兵迪兰杜率领的扎伊巴赫帝国军进行了强攻。同盟军很快就陷入了毁灭性的境地。但是在梵和瞳的帮助下成功击退了迪兰杜。阿斯特里亚王国计划了进一步的追击作战。持续的战斗，被艾伦的话混乱的瞳，强烈地希望回到原来的世界。这时，从胸口的坠饰出现了光柱，包围了她的眼睛，使她转移到地球！

在光柱的作用下，瞳突然从盖亚行星返回了地球。而且，她回来是在向天野前辈告白的一天前。与突然出现的凡一起转移到盖亚，是那个命运之日的前一天。明天如果向天野告白的话，就会像那时一样再次去盖亚吧。但是，如果不告白的话，就能一直留在地球……。根据塔罗牌的指引，确信自己的想法就是凡的瞳，为了再次前往盖亚，决定向天野前辈告白，全力奔跑一百米。紧接着，与光柱一起乘坐扶梯的凡出现了。瞳仁被光柱包围，和凡一起飞向战乱的盖亚。另一方面，小时候分开的妹妹赛雷娜10年后回到了艾伦身边。但是喜悦是短暂的，突然痛苦起来的赛雷那变成了迪兰杜，艾伦看到这一幕非常惊愕。