Mientras entrena con su enamorado Amano Susumu, una niña de 15 años llamada Hitomi Kanzaki se encuentra con un niño que está tratando de matar a un dragón, pero al hacerlo ha sido teletransportado a la Tierra. Después de que el niño, Van Fanel, mata al dragón y toma su corazón, él y Hitomi son transportados de regreso a Gea, un mundo donde la Tierra y la Luna cuelgan del cielo.

Hitomi y Van van al Reino de Fanelia, del cual Van es Príncipe. Poco después de su llegada, Van es coronado Rey por derrotar al dragón. Hitomi se encuentra con una chica-gato llamada Merle, que es muy cercana a Van y no le gusta Hitomi. El mentor de Van, Balgus, promete ayudar a encontrar la manera de devolver a Hitomi a casa después de la coronación. Durante la coronación de Van, el reino es atacado por Guymelefs encapuchados. En un esfuerzo por salvar el reino, Van hace un pacto de sangre con un poderoso Guymelef llamado Escaflowne, y lo usa para luchar contra los Guymelefs enemigos. Es demasiado tarde, el reino es destruido y su gente se dispersa. Van y Hitomi luego escapan en una extraña columna de luz.

Van y Hitomi terminan cerca de la tierra de Asturias, pero se han separado. Hitomi es atacada pero aparece un caballero y la salva. El hombre es Allen, el comandante del castillo en las afueras de Asturias. Se parece mucho a Amano, y Hitomi se enamora de él.

Merle, enferma y herida, es llevada al castillo; ella revela que Fanelia ha sido completamente destruida. El castillo es atacado por Guymelefs invisibles y reducido a cenizas. Hitomi, Van, Allen y su tripulación intentan escapar en el barco de Allen, The Crusade, pero resulta que los Guymelefs enemigos pueden volar. Para que los demás escapen, Van usa Escaflowne, que se convierte en un dragón, para alejar al enemigo.

Van es capturado por los Guymelef y hecho prisionero por Zaibach. Hitomi convence a Allen para que la deje localizar a Van y van a rescatarlo. Van conoce a Folken, su hermano mayor perdido hace mucho tiempo.

El grupo se dirige a la capital de Asturias y al llegar se encuentran con la princesa Millerna. En una reunión con el Rey, Allen se entera de que el Rey está bajo el control de Zaibach. Van se sorprende al encontrar a Folken en Asturias y, al enfrentarse a él, su hermano le cuenta cómo llegó a servir a Dornkirk, el rey de Zaibach. Dilandau intenta matar a Van en venganza por su enfrentamiento en el episodio anterior, pero Hitomi lo salva justo a tiempo. El Rey decide poner a prueba a Van haciéndolo luchar contra tres oponentes.

Van derrota a sus oponentes. Allen intenta fingir no darse cuenta del enamoramiento de Millerna por él. Hitomi ve a Millerna besar a Allen y se le rompe el corazón. Hitomi es secuestrada y Van va a rescatarla, pero después de que él la salva, Dilandau ataca.

Van, Hitomi y Merle escapan al bosque. Mientras tanto, Allen es hecho prisionero pero escapa con la ayuda de Millerna. Van, Hitomi y Merle pasan por un cementerio de dragones donde Zaibach está recolectando energistas drag. Van decide intentar destruir la casa de la tienda, pero se rinde cuando Hitomi es tomada como rehén. Debido a que Merle causa una distracción accidental, Van se libera y salva a Hitomi y procede a destruir la casa de la tienda. La explosión resultante destroza el suelo y Hitomi cae en un cráter. Van salta para salvarla y le brotan alas, revelándose como el 'ángel' en las visiones de Hitomi.

El grupo llega a Freid donde conocen al príncipe Chid, el sobrino de Millerna. Plactu, un poderoso monje, llega a Freid para interrogar a Miguel, un Dragonslayer capturado durante la pelea, pero Zongi, un doppelgänger que es leal a Folken, mata a Plactu y toma su forma. Zongi luego hace que Miguel afirme que Allen y los demás son traidores que desean apoderarse de Asturias. Miguel escapa, pero su Guymelef es destruido por Van, y luego Zongi lo mata. Van es capturado y encarcelado con los demás después de la pelea.

Hitomi es traída para ser interrogada por "Plactu", quien de hecho es Zongi disfrazado. Ella ve la verdad sobre él y tiene una visión de ambos muriendo. El corazón de Hitomi se detiene, pero Van le da RCP y la salva. Chid deja que Van y Hitomi vayan a buscar al doppelgänger, que se dirige a encontrarse con Dilandau en un templo cercano. Dilandau mata a Zongi en represalia por la muerte de Miguel, luego ataca a Van y Hitomi cuando llegan. Pueden escapar y regresar a Freid, donde son absueltos de los cargos.

Duke Freid llega al castillo y decide dejar que Allen y los demás ayuden a proteger a Freid. Esa noche, Van le pide a Hitomi que prediga desde dónde atacará Zaibach, pero ella se niega a ayudar, diciendo que no quiere que la utilicen a su conveniencia. Ella sale molesta, pero habla con el Príncipe Chid y decide darle una Lectura de Tarot. Mientras tanto, Millerna descubre un diario escrito por su difunta hermana que revela que ella y Allen tenían una relación, y que Allen es el verdadero padre de Chid. Al día siguiente, llega Zaibach y Freid se prepara para la guerra.

Las fuerzas de Freid que defienden la capital se sacrifican para que el duque y los demás puedan escapar. Se dirigen al Templo de Fortuna, donde el Duque Freid les dice a todos cómo Freid posee el poder de la Atlántida, que terminó causando la destrucción de esa nación un sinnúmero de años antes. Hitomi encuentra a Van jugando con Escaflowne y él le dice que se convertirá en uno con él. La batalla culmina en el templo y el Duque Freid muere después de decidir entregar el poder a Zaibach. Cuando Chid le entrega el poder a Folken, la Cruzada se va volando. Sin embargo, algo anda mal con Escaflowne.

Van sale de Escaflowne, gravemente herido. Hitomi se da cuenta de que las heridas de Van coinciden con el daño de Escaflowne. Van y conocen al prometido de Millerna, Dryden, quien convoca a los Ispanos para arreglar Escaflowne, curando a Van. Dilandau y los Matadragones se acercan a la Cruzada. Van se dirige a luchar contra los Dragonslayers y logra matar a cada uno de ellos. Sin embargo, después de ver a sus fantasmas, Van colapsa junto con Escaflowne, que se vuelve negro.

Al aferrarse a Escaflowne, Hitomi intenta rescatar a Van del mundo de los muertos y logra convencerlo de que regrese al mundo de los vivos. Hitomi habla con Allen y accidentalmente admite que está enamorada de él. Molesta, se escapa, pero Millerna le pide consejo sobre "una amiga", quien no está segura de si debe perseguir a Allen o seguir con su compromiso con Dryden. Esa noche, dos mujeres leopardo atacan la Cruzada en Zaibach guymelefs y casi logran matar a Van, pero lo perdonan después de que interviene Merle. Dryden cree que ha descubierto un camino al Valle Místico, y la Cruzada se dirige allí.

Las mujeres leopardo, Naria y Eriya, informan a Folken mientras los hechiceros llevan a Dilandau a Zaibach. Dryden conduce la Cruzada al Valle Místico mientras lee un diario del padre de Allen. Cuenta sobre su viaje al Valle Místico y cómo conoció a la abuela de Hitomi años antes. La Cruzada llega al Valle Místico, pero las Fuerzas Zaibach están justo detrás.

En Mystic Valley, Van ve imágenes de Balgus y sus mentores de Fanelia, Allen descubre la verdad sobre lo que le sucedió a su padre y se enfrenta a él, mientras que Hitomi se entera de la madre de Van que es su culpa que hayan pasado cosas malas. Con el poder de su mente amplificado por su adivinación, Hitomi ha hecho que el destino empeore. De repente, Naria y Eriya llegan al Valle Místico, sin embargo Escaflowne transporta a todos.

La madre de Van le da una nueva energía antes de desaparecer. De repente, Allen, Hitomi y Van son transportados a Zaibach donde se encuentran con Dornkirk. Dornkirk les cuenta cómo llegó a convertirse en el hombre que conocen hoy y luego los coloca en jaulas. Cuando los hechiceros intentan desmantelar Escaflowne, Van casi muere de dolor. Sin embargo, usa sus habilidades para que Escaflowne escape y los transporte fuera de Zaibach.

Para tratar de mantener su "futuro ideal", el emperador trata de separar a Hitomi y Van utilizando su "máquina de alteración del destino" para crear el amor entre Hitomi y Allen. Hitomi se resiste al principio, insistiendo a Allen en que Millerna lo ama, pero al final ambos quedan atrapados y se besan. Van, que salió a buscar a Hitomi, los ve juntos. Inmediatamente se va.

Naria y Eriya se someten a un procedimiento que las transforma en "Luck Warriors" casi invencibles. Millerna le pide a Hitomi que lea una carta del tarot sobre su próximo matrimonio. Hitomi acepta, y ve que el matrimonio será horrible y que Millerna y Allen, a quienes Hitomi ama, terminarán como amantes secretos. En un intento por cambiar el destino, Hitomi le miente a Millerna y le dice que el matrimonio será muy afortunado. Hitomi se da cuenta de su error después de tener una visión, pero no a tiempo para evitar que el matrimonio siga adelante. Cuando Naria y Eriya atacan justo después de la boda, Hitomi se da cuenta de que fue su intento de cambiar el destino con la carta del tarot de la suerte lo que las hizo imbatibles. Para tratar de hacer las paces, se entrega a Naria y Eriya.

Las dos mujeres leopardo con mayor suerte comienzan a tener una reacción negativa a la suerte implantada y se ven obligadas a retirarse y dejar atrás a Hitomi. Eriya se las arregla para regresar a Folken, pero Naria aterriza. De vuelta en el castillo, Hitomi es secuestrada por Naria y Van y todos los soldados comienzan a buscarla. A pesar de que Naria está extremadamente enferma y débil, Hitomi no huye, sino que la ayuda a vendar su herida. Van decide atacar a Folken ya que no puede luchar contra los guerreros de mayor suerte, pero las mujeres gato abandonan a Hitomi e intervienen. Ambos terminan muriendo en los brazos de Folken por las secuelas de la operación de la suerte. Folken finalmente comienza a volverse contra el emperador.

Hitomi va con Van a encontrarse con Folken en las ruinas de Fanelia. Cuando llegan, los dragones terrestres atacan y Van intenta luchar contra ellos. Folken salva a Hitomi de un dragón, luego confiesa sus motivaciones para desertar de Fanelia a Zaibach. Folken evita que los dragones ataquen a Van y le muestra sus alas, que han cambiado de blanco a negro, diciendo que quiere crear un mundo sin guerras ni conflictos, pero de una manera diferente al emperador Dornkirk.

Folken regresa a Asturias con Van y Hitomi. Él le dice al consejo lo que realmente ha estado sucediendo y ayuda a los militares a desarrollar un plan de contraataque. Allen le cuenta a Hitomi cómo ha tenido un hijo ilegítimo y luego le propone matrimonio. El imperio ataca antes de que Hitomi pueda dar su respuesta, y ella experimenta la batalla a través de Van. Ella está horrorizada de que su voluntad de protegerla le dé sed de sangre, y reza para que la envíen a casa. Inmediatamente, aparece una columna de luz alrededor de Hitomi y ella es teletransportada de regreso a casa.

Hitomi ahora está en casa en la Tierra, pero el tiempo parece haberse rebobinado un día. De vuelta en Gea, Allen descubre a su hermana perdida hace mucho tiempo, que fue secuestrada hace años cuando era niña. Ella no tiene memoria de la última década, y Allen decide que solo pensaba que amaba a Hitomi porque ella le recordaba a su hermana. De repente, la hermana de Allen grita, se convierte en Dilandau y es arrastrada por un Guymelef encapuchado. De vuelta en la Tierra, Hitomi finalmente se da cuenta de que quien ama y extraña es Van, y regresa a Gea con él, solo para encontrar una tierra devastada por la guerra.

Van envía a Hitomi de regreso a Asturias, mientras él y Allen se van para luchar contra las crecientes fuerzas del imperio. Hitomi va a ver a Folken y ambos son teletransportados en un pilar de luz a Dornkirk. Folken mata a Dornkirk, pero debido a la amplificación del destino, su espada se rompe y se aloja en su propio pecho. Folken cae al suelo y muere. La angustia de Hitomi hace que su colgante de piedra brille y la máquina del destino reacciona con él. Al regresar como un fantasma, Dornkirk le dice a Hitomi que se siente y observe cómo el mundo renace, ahora que todo ha ido según el plan. Mientras tanto, en el conflicto, Van siente la muerte de su hermano y, afligido por la tristeza, grita por él.

La guerra se intensifica y los aliados comienzan a volverse unos contra otros. Van lucha contra Dilandau e intenta acabar con él, pero es interrumpido por el soldado de Dilandau, Jajuka, cuyas últimas palabras hacen que Dilandau vuelva a su forma original de la hermana de Allen, Celena. Van se prepara para matar a Celena, pero Allen lo interrumpe diciendo que protegerá a su hermana. Hitomi logra contactar a Van telepáticamente y termina la batalla entre los dos. Van vuela hacia donde está Hitomi con sus propias alas. Las plumas que caen de sus alas hacen que los soldados recuperen la compostura, poniendo fin a la guerra. Dornkirk, al ver el amor entre Van y Hitomi destrozar su máquina, acepta el hecho de que el destino puede cambiar y abandona su plan, desapareciendo para siempre. Mientras Gea comienza a reconstruirse después de la guerra, Van envía a Hitomi de regreso a su mundo, diciéndole que siempre estarán juntos a través de sus mentes.