인리계속보장기관 칼데아. 인류 최후의 마스터 후지마루 리츠카와 그 서번트인 마슈 키리에라이트는 마술왕이 만든 '인리 소각'에 의한 소실된 미래를 되찾기 위해서 여섯 개의 시대와 지역을 여행해왔다. 그리고 지금, 최후의 특이점 수복을 위해 둘은 고대 메소포타미아에 발을 들여놓는다. 신들이 일상적으로 존재하는 그 땅에 도착하자마자 압도적인 수의 마수들에게 습격당하는 둘. 아차 싶은 순간 하늘로부터 나타난 것은 한 명의 아름다운 소녀였는데.

우루크까지 안내역을 자청한 청년 엘키두의 길 안내로 우루크를 향해가는 후지마루 일행. 하지만 깊은 숲속에서 목적지와는 다른 방향의 길로 안내하는 엘키두에게서 마슈는 불온한 분위기를 감지한다. 그런 일행의 앞에 갑자기 이 세상 사람이 아닌 것 같은 남자와 소녀가 나타난다. 그리고 남자의 한마디에 엘키두의 숨겨진 비밀이 밝혀지는데.

우루크를 통치하는 현왕 길가메시를 알현한 후지마루 일행. 후지마루는 길가메시에게 메소포타미아를 공황에 빠트리려는 '삼여신동맹'을 물리치는 것을 대가로 이 특이점을 발생시킨 성배를 넘겨받고 싶다고 제안한다. 하지만 칼데아의 힘은 빌리지 않겠다고 단호하게 거절하는 길가메시. 일촉즉발의 상황도 잠깐, 일행의 앞에 갑자기 우루크의 도시신 이슈타르가 난입하여, 전투가 벌어지는데.

예전에 여행했던 특이점의 광경을 떠올리는 후지마루. 마술왕의 손에 피해를 입어 지키지 못했던 사람이 있었다는 후회. 후지마루는 자신의 선택에 대해서 아직도 확신을 가지지 못하고 있었다 ──. 그런 그에게 우르를 조사하라는 길가메시의 왕명이 내려진다. 우르로 향하는 길, 아주 더운 밀림에서 누군가의 습격을 받는 일행. 그 언동과 전투로 혼란을 겪지만 일행은 어떻게든 우르에 도착한다. 예상과 다르게 평온한 생활을 하고 있는 사람들의 모습에 놀라는 후지마루 일행. 하지만, 그 평온함에는 비밀이 있었는데....... 그리고 후지마루는 어떤 한 가지 '선택'을 강요당하는데.

갑자기 칼데아 대사관에 찾아온 길가메시 때문에 당황하는 후지마루 일행. 그곳에서 직접 내려진 새로운 왕명은 페르시아 만을 조사하는 것이었다. 가는 길은 삼여신에게 습격 받지 않은 영역 세다가 멀린과 아나는 통행증이 없어서 참가하지 않았다. 즉 이번 여행은 오랜만에 찾아온 마슈와 둘만의 여정──일 터였는데. 하지만, 그곳에는 시를 한 수 읊고는 고개를 젓는 거만한 왕의 모습이…… 옛날이야기로 이야기꽃을 피우며 후지마루 일행의 여행은 점점 더 활기가 넘친다.

페르시아 만의 조사를 마친 후지마루 일행은 새로운 왕명을 받게 된다. 그것은 이전에 쿠타 시에서 길가메시가 잃어버린 점토판을 회수하는 것이었다. 쿠타 시는 삼여신이 나타난 뒤 아무런 전조도 없이 도시가 사라지고 주민들도 목숨을 잃은 도시였다. 죽은 듯이 조용한 그 마을에서 흩어져서 점토판을 찾는 일행. 그곳에서 후지마루는 갑자기 살풍경한 세계를 헤매게 된다. 그곳은 명계라 불리는 이승과는 격리된 공간이었는데.

무사히 길가메시의 점토판을 회수한 후지마루는 깊은 잠에 빠지고 꿈속에서 제4 특이점 런던에서 마술왕과 대치했던 것을 떠올리게 되고 최후의 성배의 필요성을 재인식하게 된다. 그러던 중 북벽의 마수들이 대규모의 공격을 감행하려 한다는 것을 감지한 멀린이 후지마루 일행을 북벽으로 데려간다. 그곳에서는 레오니다스 1세가 지휘하는 부대가 마수를 상태로 분투하고 있었다. 그 자리에서 우시와카마루로부터 북쪽에 있는 요새 도시 니푸르와의 연락이 끊어졌다는 소식을 들은 후지마루 일행은 니푸르를 향해서 출격하는데.

후지마루 일행은 연락이 끊어진 성채도시 니푸르에 남겨진 사람들을 구하기 위해 그곳에서 기다리고 있던 가짜 엘키두와 전투를 시작한다. 포우의 도움으로 어떻게든 균형을 유지하지만 전투중 드디어 마수의 여신이 출현한다. 그 강대한 힘에는 멀리 조차 대항할 수단이 없었다. 그러던 중 마수의 여신을 두려워하지 않고 맞서면서 대격투를 벌이는 우시와카마루와 레오니다스 1세. 상처를 입히는 게 불가능한 상황을 타개하기 위해 죽음을 각오하고 두 서번트는 보구를 발동하는데.

우시와카마루와 레오니다스 1세를 잃은 후지마루 일행. 지구라트로 돌아온 일행으로부터 보고를 들은 길가메시는 고르곤에 대항하기 위해서는 삼여신을 순서에 따라 공략할 필요가 있다고 말하며 우선은 이슈타르를 동료로 만들라고 후지마루에게 명령한다. 길가메시로부터 받은 '비장의 수단'을 가지고 후지마루 일행은 이슈타르의 신전으로 향하는데.

무사히 이슈타르를 동료로 맞이한 후지마루 일행은 길가메시로부터 고르곤 타도 계획에서 핵심이 되는 남쪽의 밀림 에리두에 보관되어 있는 '마르두크의 손도끼'의 정보를 얻게 된다. 그리고 이슈타르에게 에리두를 거점으로 삼은 밀림의 여신의 진짜 이름이 밝혀진 그때 그 여신이 우루크를 습격한다. 웃으며 차례차례로 인간들을 공격하는 밀림의 여신에 대처하기 위해 달려온 후지마루 일행은 전투를 각오하지만 여신은 '어떤 정보'를 말하기 시작하는데.

너무나 쉽게 재규어맨을 동료로 맞이한 후지마루 일행은 에리두에 도착하기 전에 죽었다고 생각했던 우루크의 병사들과 재회한다. 그들이 무사한 것을 알고 케찰코아틀 타도의 활로를 찾은 일행. 그리고 드디어 에리두 태양 신전에 도착해서 삼여신동맹의 한 기둥인 케찰코아틀에게 도전한다. 태양의 제단을 부수기 위해서 맹공을 펼치던 중 후지마루는 이슈타르의 힘을 빌려 단신으로 케찰코아틀과의 영혼의 진검승부에 도전하는데.

과로로 인해 영면에 빠진 길가메시. 이에 동요하는 후지마루 일행. 그런데 시두리에게서 길가메시 왕뿐 아니라 우루크 시민들의 쇠약사 하는 일이 증가하고 있다는 보고를 듣게 된다. 그것에서 삼여신동맹의 한 명인 '명부의 여주인'이 그 원흉일 것이라고 추측한 일행은 이슈타르와 함께 명계에 가서 여신을 쓰러트리고 길가메시의 영혼을 해방시키기로 하는데.

드디어 명계의 여신 에레쉬키갈과 대치하게 된 후지마루는 그녀에게 함께 우루크를 구하자고 말한다. 하지만 에레쉬키갈은 대답하지 않고 그들을 공격한다. 길가메시와 이슈타르의 힘을 빌려 에레쉬키갈의 마음에 계속해서 질문을 던지는 후지마루 였지만… 여신의 직무를 수행하려고 하는 그녀와의 격렬한 전투의 운명은 마슈의 보구 '로드 카멜롯'에 달려있었는데.

명계의 여신 에레쉬키갈과 화해하고 우루크로 돌아온 후지마루 일행은 명계에서 귀환한 길가메시에게 간다. 고르곤과의 최종 결전이 임박한 가운데 길가메시는 후지마루 일행에게 힘든 상황을 타파하기 위한 작전을 제안한다. 그것은 고르곤의 재침공보다 먼저 고르곤의 본거지인 선혈신전을 기습공격하는 것이었다. 우루크의 운명이 걸린 최후의 싸움을 앞에 두고 북벽으로 향하는 후지마루는 그곳에서 그동안 함께 싸워온 멀린, 아나와 마음을 나눈다.

마르두크의 손도끼로 고르곤의 신성을 저하시키는데 성공한 후지마루 일행은 선혈신전 가장 깊은 곳에 도착한다. 그곳에 나타난 고르곤은 복수를 위해 인류를 없애겠다고 말하지만 그런 그녀에게 지금까지 억눌러왔던 신성을 해방한 아나가 공격을 감행한다. 아나의 마안은 고르곤의 마안을 상쇄할 수 있었고 또한 그녀의 무기인 낫은 불사의 여신에게 대항할 유일한 수단인 것이었다. 어떤 공격을 받아도 재생하는 고르곤을 상대로 아나의 칼날은 닿을 것인가.

라흐무에게 공격당한 킨구의 몸 안에서 성배가 나타난다. 성배를 빼앗긴 킨구는 필사적으로 숲을 향해 도망치지만 라흐무에게 발견되고 분하지만 마지막을 각오한다. 그러나 그때 킨구는 믿지 못할 광경을 목격하게 된다. 같은 시간 성배를 가진 라흐무를 쫓던 후지마루 일행의 앞을 죽었다고 생각했던 그 서번트가 막아서는데.

결전을 앞둔 최후의 밤 후지마루와 마슈 일행은 여신들과 잠깐 동안 평온한 시간을 보낸다. 같은 시간 지구라트의 정상에 찾아온 킨구. 일어서는 것도 불가능할 정도로 상처 입은 그의 앞에 어떤 인물이 나타나는데…… 그리고 맞이한 아침 길가메시의 말을 가슴에 품고 후지마루 일행은 티아마트를 향해 공격을 시작한다.

케찰코아틀의 죽음을 각오한 공격도 소용없이 여전히 건재한 티아마트의 앞에 갑자기 고르곤이 나타난다. 티아마트의 날개를 부수기 위해 고르곤은 보구를 해방하지만 우루크로 진행하는 것은 막지 못한다. 후지마루 일행은 지구라트로 돌아와 길가메시와 함께 티아마트를 요격한다. 우루크에 설치된 길가메시의 보구 딘기르를 한꺼번에 조종해서 티아마트에게 대미지를 입히지만 한 순간 허를 찔려 길가메시가 저격을 당하는데.

명계로 유도된 티아마트는 인류악 '비스트Ⅱ'로 변하지만 현현한 산의 노인 하산 사바흐의 힘에 의해 불사성을 빼앗긴다. 비스트Ⅱ를 이곳에서 소멸시켜야 한다는 후지마루의 부름에 응답하는 영령들이었지만 비스트Ⅱ는 공격을 피하면서 명계의 벽을 타고 올라간다. 다시 지상으로 돌아가려는 비스트Ⅱ의 앞에 나타난 것은.

많은 희생을 치렀지만 비스트Ⅱ 격퇴에 성공한 후지마루 일행. 만신창이가 되어 깨어나 보니 눈앞에는 붕괴 직전까지 갔던 흔적이 고스란히 남은 우루크의 모습이 펼쳐져 있었다. 이 여행의 끝에서 그들은 무엇을 얻게 될 것인가.