在与异形的战争中人类败下并消失，哥雷姆和人类的孩子索玛丽在这样的世界里踏上了寻找人类的旅途。在旅途中，街上过往的人们对本来没法出森林的哥雷姆感到惊奇。另一方面，好奇心旺盛的索玛丽迷上了新的城镇，与哥雷姆走散了。

索玛丽在玩耍时不小心受伤了，因而结识了路过的小鬼族药师静野与他的助手八柱。哥雷姆决定向静野学习制药的技术，而同时揭开了哥雷姆寿命的秘密与这趟旅途的意义。

索玛丽父女来到了蚁穴街，为了筹措旅费哥雷姆到一间餐厅工作。在这里索玛丽认识了第一个朋友奇奇拉，哥雷姆工作的期间索玛丽一直与奇奇拉玩耍，他们为了寻找能实现愿望的夜醒花而擅自跑到蚁穴街的地下。

在槌蛇组成员穆斯里卡的陪伴下，索玛丽与奇奇拉顺利取得夜醒花归来，然而索玛丽擅自跑到地下一事令哥雷姆无法接受，父女两人难得地冷战了，明明索玛丽只是想实现一个不可能实现的愿望——与爸爸永远在一起而已。

与奇奇拉道别后，索玛丽父女在酒杯村结识了一样在旅行中的乌佐依与海德拉，双方便决定一同横渡沙漠。旅行的途中受到乌佐依与海德拉不少的帮助，然而海德拉却隐藏了一个秘密。

海德拉诉说起他与乌佐依相遇的回忆，这是段建立在谎言之上的感情，为了向乌佐依赎罪海德拉决定献上自己的性命，而乌佐依的答案是……

离开沙漠后，索玛丽父女前往聚集着全世界智慧的魔女之村，村里的魔女印图书馆有非常大量的藏书。在管理员梅泽尔的带领下他们找到了一本可能写有人类纪录的书《哈莱索的传记》，此时却突然遭遇食书鱼欧托托鱼的袭击。

《哈莱索的传记》的作者，也就是魔女印图书馆的馆长依索妲说起了代代口耳相传的故事。魔女菲欧多拉在一次意外中造访了人类的村庄哈莱索村，在哈莱索村他认识到人类这个种族的各种面貌。

索玛丽父女为了躲雨而借住了啄木行在收获时使用的小屋，此时巧遇静野与八柱。随后一行人来到了治安不好的亚希基镇，索玛丽的牙齿隐隐作痛。

哥雷姆聊起了自己与索玛丽相遇的回忆，那一天那个瞬间，长年守护着森林的哥雷姆终于有了不同的存在意义。虽然眼看着剩馀的时间可能不多了，这样的时光还是想继续下去。

猎人者紧逼而来，哥雷姆带着索玛丽等人逃到矿坑中。此时泄漏情报的罗莎阿姨唱起了那首流传甚广的童谣，人类与异形终究无法和平共处吗？