En 1672, à Amsterdam, la Société Horticole de Haarlem organise un grand concours dont le vainqueur empochera la somme de cent mille florins. De très nombreuses personnes sont intéressées mais pour remporter le concours il faut réussir à créer une tulipe noire et jusqu’ici nul n’a réussi un tel prodige. Cornélius van Baerle, un jeune homme qui fait pousser certaines des plus belles tulipes du pays, est enthousiasmé par ce défi mais son vieux voisin, Isaac Boxtel, alchimiste à ses heures, se moque de lui et de son entreprise qu'il juge insensée.

Peu après, Isaac tombe par hasard sur un vieux grimoire et sur une formule qui lui donnera des pouvoirs illimités : parmi les ingrédients il lui fait une jeune vierge au cœur pur et une fleur aussi noire que la nuit. Il décide donc d’espionner Cornélius dans l’espoir que celui-ci réussisse à créer une tulipe noire.