Επιστήμονες ανακαλύπτουν πού βρίσκεται η χαμένη πόλη της Ατλαντίδας, μόνο που δεν είναι στη Γη όπως πίστευαν, αλλά σε έναν μακρινό πλανήτη στον γαλαξία του Πήγασου. Μια ομάδα που αποτελείται από επιστήμονες και στρατιωτικούς στέλνεται μέσω της Αστροπύλης στην Ατλαντίδα, προκειμένου να ερευνήσουν τον πολιτισμό και την τεχνολογία που χρησιμοποιούσαν κάποτε οι κάτοικοι της πόλης. Το ταξίδι είναι επικίνδυνο, καθώς γνωρίζουν ότι δεν υπάρχει τρόπος επιστροφής στη Γη, παρά μόνο αν βρουν την κατάλληλη τεχνολογία στην Ατλαντίδα.

Όταν η αποστολή φτάνει στην Ατλαντίδα, θα διαπιστώσουν ότι είναι εγκαταλελειμμένη εδώ και δεκάδες χιλιάδες χρόνια, αλλά έχει παραμείνει σε πολύ καλή κατάσταση. Το βασικό όμως πρόβλημα που αντιμετωπίζουν εκεί είναι η έλλειψη ενέργειας, και μάλιστα σε τέτοια ποσότητα που να μπορεί να τους δημιουργήσει τις προϋποθέσεις για να επιστρέψουν στη Γη. Έτσι αρχίζουν σιγά σιγά να μαθαίνουν την τεχνολογία της πόλης, ενώ κάνουν ταξίδια σε άλλους πλανήτες προκειμένου να βρουν τα μέσα που χρειάζονται για την επιστροφή τους στη Γη, αλλά και για να ερευνήσουν νέους κόσμους.

Στη διάρκεια του πρώτου τους ταξιδιού μέσω της Αστροπύλης, ξυπνούν κατά λάθος μια σατανική φυλή εξωγήινων που παρέμενε σε νάρκη εδώ και χρόνια. Οι Wraith (Ρέιθ) τρέφονται με ανθρώπους, και ήταν ο μεγαλύτερος και ισχυρότερος αντίπαλος των κατοίκων της Ατλαντίδας, και ίσως και ο λόγος της εξαφάνισής τους. Τώρα σε κάθε της ταξίδι, η ομάδα δεν πρέπει να ασχολείται μόνο με την έρευνα, αλλά να έχει και συνεχώς το νου της στους Ρέιθ.

Η αρχηγός της αποστολής και της ομάδας είναι η Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson), ενώ του στρατού ηγείται ο ταγματάρχης John Seppard (Joe Flanigan). Επιστημονικό "μυαλό" της ομάδας είναι ο Dr. Rodney McKay (David Hewlett). Μαζί τους και η Τeyla Emmagan (Rachel Luttrell), μια όμορφη δυναμική γυναίκα που συνάντησαν στο πρώτο τους ταξίδι με την Αστροπύλη.