ゴッサム・シティの名士であるトーマス・ウェインとその妻マーサが幼い息子の目の前で殺害された。ゴッサム市警の新米刑事ジェームズ・ゴードンと、パートナーのベテラン刑事ハービー・ブロックが現場に駆けつけると、そこには両親を失った12歳の少年が恐怖に震えていた。そして彼こそが、後に最も愛されるダークヒーローの一人となるブルース・ウェインだった。

ゴードンとブロックは、ゴッサム地区でホームレスの子供たちをターゲットにした児童人身売買組織の調査に乗り出す。組織は誘拐した子供たちを施設に送り込んでいるが、その中には、ある情報をゴードンに提供しようとするセリーナ・カイルがいた。一方、小さな村に姿を現したペンギンこと、オズワルド・コブルポットは、殺人を犯し犠牲者を置き去りにしたままゴッサム・シティを目指していた。

巨額詐欺の容疑者や悪徳警官が気象観測用の気球につながれ、そのまま空中に飛ばされるという事件が相次いで発生する。悪党を懲らしめるヒーローとして犯人を支持する市民が増える中、ゴードンとブロックは未使用の気球の在りかを突き止めようと奔走する。一方、オズワルドはゴッサムに舞い戻り、暗黒街のドンが経営するレストランで働き始めていた。

ゴッサム・シティの市議会で、アーカム地区の開発計画案を決議するための投票が行われようとしている。だが、２つの計画案の背後には２つのマフィアの勢力争いがあり、やがて市議会議員の殺害事件が起きると、街中が混乱と喧噪の渦に巻き込まれる。ゴードンとブロックは、議会と議員たちの命を守るために全力を尽くす。そんな中、ゴードンのもとに“古い友人”が訪れる。

ゴッサム・シティの路上で新しい謎の薬物が出回る。薬物依存症の多くがその薬物を摂取し、絶大なる多幸感とパワーを味わった後、突然死んでしまう。薬物の出所を必死に探すゴードンとブロックは、恐ろしい勢いで死んでいく人々を目の当たりにし、愕然とする。そんな中、オズワルドはマローニたちに取り入り、ムーニーはファルコンに対する陰謀を企んでいた。

ゴッサム・シティで富裕層の第一子が殺害されるという事件が起きる。犯行の手口といい、被害者の出自といい、それは過去にブロックが関わった殺人事件に酷似していた。事件は、ブロックにとってトラウマになるほど衝撃的で忌まわしい記憶だ。そんな中、裕福な家庭の娘が連れ去られる。一方ゴードンの前にも、彼の忌まわしい記憶を呼び覚ます人物が現れる。

ゴッサム・シティではマローニとファルコンによる勢力争いがますます激しくなり、彼らの暴力的な報復合戦もエスカレートし続けていた。そんな中でペンギンは、自分が持っている情報を小出しにし、巧みな策略を練りながら徐々にマフィアの内部へ入り込んでいく。そしてゴードンは“ペンギンを生かしておく”という過去に下した決断のため窮地に陥るのだった。

ひどく殴られた男の死体が発見される。死体の口の中からは噛み切られた親指が見つかる。現場に駆けつけたゴードンとブロックに、犯人の動機が一体何なのかという大きな疑問が湧き起こる。そして捜査を進めるうちに、思いもよらない犯人像と犯行現場が浮かび上がる。一方、長い間自宅に閉じこもっていたブルースは、やっと学校に通い始めるが、友達を作れず孤立していた。

ウェイン夫妻殺害事件に決着をつけようとする若き検事補のハービー・デント。ゴッサム・シティをめぐる犯罪の回路を断ち切ろうとしているデントは、犯人だと確信している人物を追い詰めようとしていた。そしてデントは、ゴッサム市長と組むことをゴードンに勧める。そんな中、ペンギンは、ムーニーが秘密兵器として育て上げたクラブ歌手のライザに接触していた。

ウェイン邸に身を隠しているセリーナのもとへ、突然殺し屋がやって来る。セリーナは、アルフレッドが殺し屋に対応している間にブルースと一緒に屋敷から抜け出すことに成功するが、そこから始まる逃走は２人を絶体絶命の危機に陥れる。一方、セリーナの居場所が漏れていたことを不審に思っていたゴードンは、ある過失のためにアーカム・アサイラムへ異動になる。

囚人たちはケンカし、守衛は殺害される…。降格され異動したばかりのゴードン刑事は、アーカム・アサイラムで波乱に満ちたスタートを切っていた。守衛の事件が発端となり、殺人犯を突き止めるために調査を始めたゴードンは、やがてドクターのレスリー・トンプキンスに行きつく。そんな中、オズワルド・コブルポットは、着々と狡猾な小悪党になりつつあった。

アーカム・アサイラムからジャック・グルーバーという男が脱走する。グルーバーは、精神こそ混乱しているが電気に関しては天才だ。一方ゴードンは、グルーバーを捕まえることを条件に元の仕事に復帰させてほしいと願い出る。そんな中、ファルコンは、自分が今いる権力の座にまた一歩近づいてくるムーニーを前に、“帝国”を保ち続けることの難しさを感じ始めていた。

殺人事件が起き、ゴードンは犯人像を描き出すため目撃者の協力を要請する。だが本部に来ていた目撃者は、何者かに殺されてしまう。ゴードンは内部の警察官の仕業だと確信し“旧友”から情報を得ようとする。そんな中、オズワルド・コブルポットは、フィッシュ・ムーニーにとって掛け替えのない大切なものを支配下に置くことで、彼女に報復しようとしていた。

フィッシュ・ムーニーが、とうとうオズワルド・コブルポットの秘密を暴こうとする。ムーニーはマローニに、オズワルドを旅に連れていき忠誠心を試すようにと促したのだ。一方、ゴードンとブロックは、重度の恐怖症を持つ人を狙った殺人犯を追跡し捕まえる。だがゴードンは、ウェイン夫妻殺害事件の解明が進展していないことをブルース・ウェインに厳しく指摘される。

ゴードンとブロックは、ジェラルド・クレインという生物の教師の犯行を阻止しようとする。彼は、人を殺し、その被害者から皮膚や粘膜など体の分泌腺を摘出していたのだ。一方ムーニーは、さらなる権力を得ようと策略を練る。そしてファルコンは、ペンギンの処し方についてマローニの計画を変えさせようとする。そんな中、ブルースが危険なハイキングに出かける。

ゴードンは、ドクターのレスリー・トンプキンスをサーカスに連れていく。だが、サーカスが何者かによって襲撃されたため状況は一変する。一方、ムーニーが他の仕事で忙しくしている間、ファルコンは、ナイトクラブでペンギンを手伝うよう、ブッチ・ギルジーンに要請する。そんな中、ブルース・ウェインは、ウェイン財団の理事会を開く計画を立てる。

ゴードンは、ローブ本部長との間で最近論争となっている問題に関して、できる限りの情報を集めようとしている。その頃ムーニーは、あるドクターに協力する目的で彼のもとを訪れたため、彼女と刑事被告人たちとの関係について疑いの声が上がっていた。そんな中、ウェイン邸の近所で襲撃事件が起こり、ブルースは事件後の対処をしなければならなくなる。

ゴードンとブロックは、迷宮入りしていたある事件の調査を開始する。かつてゴッサム・シティを震撼させたその事件には“オーガ”と呼ばれる連続殺人犯が絡んでいる。オーガは、常に若い女性だけを狙ってきた。そんな中、ムーニーは、ドールメーカーから逃れるために画策し、ブルースとセリーナは、レジーという人物に立ち向かう。

引き続き“オーガ”事件を捜査しているゴードンとブロック。“オーガ”はゴードンと近しい関係にある誰かに近づいていた。一方、ブルースとセリーナは協力して、買収されているウェイン・エンタープライズの社員を探し出そうとする。

オーガが、バーバラの感情を崩壊させ彼女をボロボロにしてしまう。ゴードンとブロックは、どんなことをしてでもオーガを捕らえようと懸命に追跡する。一方ペンギンは大虐殺を先導し、それが大きな戦争の始まりとなる。そんな中、ブルースはウェイン財団に関する驚きの事実を知り、ニグマは、最近起こした自分自身の行動に対処せざるを得なくなる。

ゴッサム・シティのギャングたちの戦いの激しさが頂点に達し、フィッシュ・ムーニーはついに、マローニとペンギンの２人と直接対決する。一方、バーバラ・キーンとレスリー・トンプキンスは、ある出来事をきっかけにますます親密になる。そんな中、ブルース・ウェインは、父が何かを残しているのではないかと調査を始める。シーズン・フィナーレ、善と悪の大激戦！