Arata Miyako tritt seinen ersten Arbeitstag in der neuen Dienststelle an. Wie sich herausstellt, ist es aber eine geheime Spezialeinheit, die sich auf die Überwachung von okkulten Wesen in der Stadt spezialisiert hat. Artas neuer Arbeitskollege schmeißen den höchstverwirrten Neuling direkt ins kalte Wasser. Doch konnte niemand ahnen, dass er kann mit Anothers kommunizieren kann

Es stellt sich heraus, dass Arata ein direkter Nachkomme vom Meister Abe Seimei ist. Der Abteilungsleiter Senda beauftragt die Beamten, nähere Nachforschungen bei Artas Familie anzustellen, wobei sich Geist Yuki anschließt. Später häufen sich die Hinweise darauf, dass ein Dämon in der Stadt aufgetaucht ist und einem Plan nachgeht. Durch ein Missgeschick treffen Arta und Kyochi auf den Dämon.

In der unterirdischen Gruft gefangen, sehen sich Arata, Kyochi und Theo einer unaufhaltbaren Horde von Untoten gegenübergestellt. Die einzige Hoffnung scheint ein Rätsel des für die Geschehnisse der letzten Folge verantwortlichen Dämons zu sein: errät Arata den Namen, den Abe no Seimei ihm vor 1000 Jahren gegeben hat, werden alle gerettet.

Die alljährliche Hausbesuchs-Runde der Shinjuku-Abteilung steht an und Arata, Kyochi und Theo machen sich auf die Suche nach 6 Anothers. Einer dieser war seit einiger Zeit verschwunden, taucht jetzt aber wieder auf, entführt kurzerhand einen Polizisten und fordert die Ermittler zu einem Trinkwettbewerb heraus. Das Problem: der Another ist ein regionaler Gott. Wer kann gegen so jemanden gewinnen?

Im Verwaltungsgebäude häufen sich die Fälle von Menschen, die sich in Luft auflösen, sobald sie einen Aufzug betreten, dann plötzlich wieder im Foyer auftauchen und keine Erinnerung mehr an die Fahrt haben. Während der Tatort-Untersuchung werden Kyochi und Arata plötzlich in eine Parallelwelt transportiert und finden die Verantwortliche: Pandora hat auf der ganzen Welt Portale erschaffen...

Eines der Opfer aus dem Toyama-Park kommt wieder zu sich. Sie berichtet von einem dunklen Ort, schwarzem Sand und ihrer geraubten Stimme. Kyochi vermutet eine Verbindung zu einem Fall von 17 Jahren zuvor: seine Schwester wurde vor seinen Augen von einem Another entführt und gilt seitdem als vermisst. Er vertraut sich Arata an und bittet ihn, Kohaku nach dem Verbleib seiner Schwester zu fragen.

Die drei Freunde finden mit Kohakus Hilfe einen Eingang in das Höllenreich, wo sie vom ausgehungerten Kerberos gejagt werden. Nachdem Kohaku eingreifen muss, um Artas Leben zu retten, finden sie schließlich Azazel, der versucht seine Geliebte wiederzubeleben... Letztendlich werden alle befreit und Kyochi ist mit seiner Schwester wieder vereint.

Kohaku erinnert sich an den Ort, an dem er mit Abe no Seimei so gerne war, und entschließt sich, Arata und Yuki dorthin mitzunehmen. Auf dem Weg treffen sie Kuro, ein alter Diener von Seimei, der sie schließlich zum Garten seines Meisters führt. Kohaku und Arata haben einen freundschaftlichen Moment, bevor Ersterer einfach verschwindet und die anderen alleine nach Hause gehen lässt.

Arata wird als alleiniger Vertreter der „Abteilung für Nächtliche Nachbarschaftsbeziehungen" in die Präfektur-Zentrale geschickt. Gemeinsam mit Satoru Kanoichi, dem Geschäftsführer, soll er einem neuen Fall nachgehen. Arata geht dem ganzen auf die Spur und freundet sich mit dem verantwortliche, kleinen Geist an, den Satoru zuletzt tötet. Dadurch feindet er sich mit Arata an.

Nach der Auseinandersetzung mit Arata beauftragt Satoru ihn damit, einen schwierigen Fall im Nationalstadion zu lösen: menschenähnliche Insekten-Anothers haben dort ihr Nest aufgebaut. Wie sich herausstellt, handelt es sich dabei um eine Seidenraupenzucht für die Götter, denn diese wollen sich Gewänder für ein großes Fest herstellen. Satorus rücksichtslose Methoden verärgern den Another.

Die Situation im Nationalstadion Tokyos wird immer brenzlicher. Um diese zu besänftigen, verspricht Arata, die gesamte Seide rechtzeitig bis zum Sonnenaufgang für sie eingesammelt zu haben. Um diese schwere Aufgabe zu bewältigen, müssen alle zusammenarbeiten - zum Glück bekommt ARATA unerwartet Hilfe von alten Freunden.