De serie Motherland: Fort Salem speelt zich af in een alternatief, hedendaags Amerika waar heksen hun vervolging 300 jaar geleden beëindigden door een deal te sluiten met de ontluikende Amerikaanse regering om te vechten voor hun land. De serie volgt drie jonge vrouwen die een basisopleiding in gevechtsmagie hebben gevolgd. In de wonderlijke wereld die Motherland: Fort Salem toont worden de traditionele rollen van gender en macht omgedraaid, waarbij de meer dominante vrouwen aan de frontlinie vechten tegen dreigende terroristische aanslagen, maar dan met bovennatuurlijke tactieken en wapens.

De eenheid reist naar Salem Town voor een jaarlijkse heksenviering, maar een onverwachte storing brengt de procedure in chaos. Tally vraagt zich af of ze de juiste keuze heeft gemaakt om een militaire carrière te beginnen als heks haat en haar eigen moeder haar in de weg staan. Smartend van Alder's ontkenning van haar verzoek om van eenheid te wisselen, probeert Abigail de bijl te begraven met Raelle. Raelle groeit dichter bij Scylla, terwijl de eenheid indruk maakt op Anacostia in Windstrike-training.

Fort Salem begroet opgewonden mannelijke bezoekers aan de vooravond van Beltane, maar de ontluikende romance van Raelle en Scylla wordt onderbroken door de komst van een mysterieuze man uit Scylla's verleden. Eén van de mannelijke heksen springt in het oog van Tally, maar ze weet niet hoe ze verder moet. Ondertussen probeert Alder, een internationale militaire raad van heksen, te overtuigen haar strategie tegen de Spree te volgen en schrikt van het nieuws over een escalerende humanitaire crisis in het Tarim-bekken.

De basis rolt van een traumatische gebeurtenis, terwijl Raelle probeert haar rol in de tragedie te verwerken. Scylla probeert de steeds scherpere vragen van Raelle te omzeilen. Abigail werkt om indruk te maken op haar geduchte rivaal, Libba. En Tally's connectie met Gerit groeit tijdens Beltane, een heilige feestdag ter ere van vruchtbaarheidstradities.

De eenheid vertrekt van de basis voor de high society-bruiloft van Abigail's neef. Raelle stort zich in haar relatie met Scylla, die, zonder medeweten van Raelle, voor een onmogelijke keuze staat. Abigail raakt gedesillusioneerd over haar privilege terwijl ze zich in de opmerkelijke Bellweather-lijn bevindt. En Tally wordt geraakt met twee levensveranderende onthullingen die de structuur van de eenheid veranderen.

Abigail moet het hoofd bieden aan haar kwetsbaarheid in de nasleep van een gruwelijke gebeurtenis. Tally worstelt om ondersteunend te zijn en houdt ook een geheim voor haar eenheid. Raelle neemt extreme maatregelen om contact te krijgen met Scylla.

Abigail legt een band met Adil, een nieuwe bezoeker van het basiskamp, en duwt een verwoeste Raelle om hem te helpen een leven te redden. Tally gebruikt Gerit als een afleiding van haar steeds zwaardere geheimen. Anacostia onderzoekt het verleden van Scylla.

De training van de heksen culmineert in City Drop, hun laatste trainingsoefening. Verwoestende geheimen komen aan het licht, versplinteren de eenheid en dwingen Tally haar blinde vertrouwen in twijfel te trekken. Een dreigende Spree-bedreiging verandert het leven van de cadetten.

In de nasleep van Citydrop komt de eenheid dichter bij elkaar, terwijl hun wantrouwen tegenover Els groeit. Abigail wordt geconfronteerd met het loven van een gevallen soldaat, terwijl Tally iets nieuws leert over Gerit. Anacostia schenkt Scylla nog een laatste gunst.