In Konoha ist in den letzten zweieinhalb Jahren offenbar alles seinen geregelten Gang gegangen – was sich nun vermutlich ändern wird, denn Naruto kehrt zusammen mit Jiraiya von ihrer Trainingsreise zurück. Überrascht stellt er fest, dass Konohamaru sich in der Zeit ganz schön weiter entwickelt hat, denn der Kleine beherrscht inzwischen das Sexy Jutsu …

Tsunade teilt Naruto mit, dass er und Sakura sich einer Art Test-Kampf stellen sollen, damit sie sehen kann, wie die beiden sich entwickelt haben. Danach will sie über deren weitere Laufbahn entscheiden. Naruto glaubt erst, sein Gegner sei Shikamaru, doch es stellt sich heraus, dass es Kakashi ist, der gegen ihn und Sakura gleichzeitig antritt.

Tsunade lässt Sakura und Naruto in einem Trainingskampf gegeneinander antreten und es wird tatsächlich spannend, denn die Beiden sind inzwischen sehr gut geworden und Kakashi muss sich richtig anstrengen. Derweil versucht Deidara mittels eines riesigen Vogels in das Sand-Dorf einzudringen. Plötzlich steht er direkt Gaara gegenüber …

Der Trainingskampf zwischen Sakura und Naruto auf der einen und Kakashi auf der anderen Seite geht weiter. Kakashi ist klar im Vorteil und fragt sich, ob er die Fortschritte seiner Schüler vielleicht zu früh gelobt hat. Naruto erinnert sich daran, dass Kakashi ihnen beigebracht, dass man die Schwachpunkte des Gegners herausfinden muss, doch Kakashi scheint keinen zu haben …

Gaara wird von den Dorfbewohnern von Suna-Gakure inzwischen anerkannt. Ja, man sieht ihn dort mittlerweile sogar als große Stütze, nicht mehr als Sonderling. Seine Auseinandersetzungen mit Deidara verlaufen allerdings nicht immer gleich erfolgreich, auch wenn er mit seinem speziellen Sand, seiner „Absoluten Verteidigung," gewisse Vorteile zu haben scheint.

Naruto kommt nach langer Zeit wieder in Ichirakus Nudelsuppenrestaurant um seine so geliebte Nudelsuppe zu essen. Er wird dort herzlich begrüßt und trifft Iraku wieder. Erinnerungen an früher werden wach. Tsunade macht sich Gedanken, auf welche Mission sie das neu gebildete Team Kakashi zuerst schicken soll, und der Kampf zwischen Gaara und Deidara wird dramatisch.

Das Dorf Suna-Gakure ist in Aufregung, weil Kazekage Gaara offensichtlich entführt wurde. Damit hatte keiner gerechnet. Kankuro möchte auf eigene Faust versuchen, Gaara zu befreien, aber Baki schickt ihm Verstärkung hinterher. An einem Ort, an dem Deidara gelandet war, findet man mehrere leblose Körper. Was mag wohl dahinter stecken?

Kankuro hat seinen vermeintlichen Gegner Deidara gestellt, muss aber erkennen, dass in Wirklichkeit der geheimnisvolle Sasori sein Widersacher ist. Das Spiel mit den Marionetten nimmt dramatische Züge an. Egal, was Kankuro auch unternimmt, seine Angriffe werden von Sasori abgeblockt. Ist dieser Kampf um Gaara überhaupt zu gewinnen?

In Suna-Gakure wird nach weiteren Fallen der Feinde gesucht. Man macht sich ernsthafte Gedanken um die Sicherheit im Dorf, und ob man nicht einen neuen Kazekage ernennen muss. Das stößt auf Widerstand von Baki und Kankuro, der sich nach der Giftattacke einigermaßen erholt hat. Das Team Kakashi ist noch unterwegs zum Unruheherd und trifft auf Temari.

In den Kampf um das Leben Kankuros hat sich das Geschwisterpaar Chiyo und Ebizo eingeschaltet. Vor allem die Schwester erweckt Hoffnung, dass sie ein Gegengift entwickeln kann, aber dem ist nicht so. Nun geschieht das Schlimmste, was ihr passieren kann, sie muss Tsunade in Konoha um Hilfe bitten. Die zeigt sich gönnerhaft und schickt sofort das Team Guy los …

Kankuro ist bei einem Kampf schwer verletzt worden und Sakura hat alle Hände voll zu tun, ihn zu retten. Sie stellt fest, dass er vergiftet worden ist und es gelingt ihr, ein Gegenmittel anzufertigen, das Kankuro rettet. Kakashi bittet Pakkun mit seinen Hunden die Verfolgung der beiden Angreifer von Kankuro aufzunehmen. Sobald sie wissen, wo die stecken, will er mit einem Team aufbrechen.

Pakkun entdeckt das Versteck der Akatsuki Organisation, in dem Gaara vermutlich festgehalten wird. Es befindet sich im Land der Flüsse und die Konoha Ninjas machen sich auf den Weg dorthin. Die Suna-Nins haben Befehl, das Dorf zu sichern, doch sie wollen bei einer Versammlung dagegen votieren und so schnell wie möglich nachkommen.

Guys Team, das Kakashi zu Hilfe kommen sollte, wird von Kisame aufgehalten. Er hat von der Akatsuki Organisation den Auftrag, Guy zu bekämpfen, was er gern tut, denn mit ihm hat er noch eine alte Rechnung zu begleichen. Guy hat einen schweren Stand, denn Kisame kann mit seinem Chakra unglaubliche Mengen an Wasser entstehen lassen und bewegen …

Kisame ist es gelungen, Neji, Lee und TenTen in ein Wassergefängnis zu sperren, so dass er nun allein gegen Guy antreten kann und der hat einen schweren Stand gegen ihn. Naruto ist in einem Gen-Jutsu von Itachi gefangen, doch er begreift das gerade noch rechtzeitig, bevor er hilflos in die Welt der Illusionen abtaucht, und erinnert sich daran, was Jiraiya ihm beigebracht.

Kakashis Team kämpft weiter gegen Itachi, der ein Meister der Illusionskunst ist. Es gelingt ihm, Naruto in ein Gen-Jutsu einzusperren, dass ihm grausige Illusionen vorgaukelt, doch er kommt nicht allein aus dieser Illusion heraus. Erst als Kakashi und Sakura es bemerken, können sie ihm helfen. Derweil kämft Guys Team immer noch gegen Kisame …

In Suna-Gakure wird es immer dramatischer. Während Team Kakashi und Team Guy immer noch nicht am Ziel sind, treffen sich einige finstere Gestalten heimlich mit ihrem Anführer. Es sind die Entführer von Gaara, sowie zwei alte Bekannte, die schon viel Unruhe verbreitet haben: Itachi und Kisame.

Gaara ist immer noch in der Hand seiner Entführer, und keiner weiß so recht, was mit ihm gerade geschieht. Die Teams aus Konoha, die ihm zu Hilfe kommen wollen, haben laufend mit neuen Schwierigkeiten zu kämpfen. Chiyo, die Dorfälteste aus Suna-Gakure könnte mit ihrer Erfahrung jetzt sehr wichtig werden …

Kakashis und Guys Team sind nun beide vor der Höhle angekommen, in der sich nach Aussage von Pakkun Gaara befinden soll. Doch prompt stehen sie vor der nächsten Hürde, denn sie kommen nicht hinein. Die Tür ist mit einer fünffachen Barrikade versiegelt, die nur unter bestimmten Bedingungen beseitigt werden kann.

Guys und Kakashis Team ist es gemeinsam gelungen, die Siegel und damit die Barriere vor der Höhle zu beseitigen, doch Guys Team ist dabei in eine Falle getappt: Jedes entfernte Siegel wird zu einem Doppelgänger desjenigen, der es entfernt hat. Der sieht gleich aus und hat auch die gleiche Stärke. Guy, Neji, Lee und TenTen kämpfen buchstäblich gegen ihre Spiegelbilder …

Während Naruto und Kakashi aus der Höhle gerannt sind, um Deidara zu verfolgen, der mit Gaara auf der Flucht ist, müssen sich drinnen Sakura und Chiyo dem Kampf gegen Sasori stellen. Chiyo eröffnet Sakura, dass sie ihn kennt und erzählt ihr seinen Werdegang vom genialen Marionettenbauer bis heute, wo Sasori „Menschenmarionetten" sammelt.

Bei dem Kampf gegen Sasori ist es Sakura und Chiyo gelungen, ihn zu zwingen aus seiner Marionette herauszukommen. Für Chiyo ein Schock. Sie hat ihn seit 20 Jahren nicht mehr gesehen, aber er ist um keinen Tag gealtert. Vor ihnen steht ein junger Mann, der ihnen im Kampf allerdings die Hölle heiß macht und alle Register zieht.

Während Naruto und Kakashi immer noch Deidara verfolgen und Guy und sein Team immer noch gegen sich selbst kämpfen, versuchen Chiyo und Sakura in der Höhle Sasori in Schach zu halten. Das ist nicht so leicht, weil er als Marionette den dritten Kazekage von Suna-Gakure hat und der galt als der stärkste Kazekage überhaupt.

Der Kampf von Chiyo und Sakura mit Sasori geht weiter und die beiden Frauen sind ziemlich ratlos. Chiyo setzt zwar ebenfalls Marionetten ein, aber die versagen, weil Sasori mit eisernem Sand kämpft, der sich in die Gelenke setzt und die Puppen damit unbrauchbar macht. Chiyo versucht es mit einem letzten Mittel, indem sie einen ihrer Arme in einen Marionettenarm verwandelt …

Guys Team kämpft immer noch gegen sich selbst, Naruto und Kakashi verfolgen immer noch Deidara, Sakura und Chiyo kämpfen immer noch gegen Sasura und bei der Überlegung, welche Strategie man gegen ihn anwenden kann, erinnert sich Sakura daran, was Tsunade ihr beigebracht hat.

Sakura kann Oma Chiyos Hand heilen, obwohl sie selber in Schwierigkeiten steckt, denn das Gegengift, das sie sich verabreicht hat, wirkt nur drei Minuten, also ist Eile geboten. Sasori beobachtet die beiden Damen und wartet auf den entscheidenden Moment. Kakashi und Naruto haben es dagegen mit Deidara zu tun, der zwar mit allen Wassern gewaschen ist, aber trotzdem Probleme hat, sich durchzusetzen.

Oma Chiyo und Sakura wissen, dass das Gegengift nur noch drei Minuten wirkt, also müssen sie schnell eine Entscheidung fällen, wie sie gegen Sasori vorgehen. Der wiederum ist sich seiner Sache sehr sicher, zumal er ein spezielles Jutsu anwenden kann, mit dem seine Gegnerinnen wohl nicht rechnen. Aber auch Oma Chiyo hat mit ihrem „Zehn-Finger" - Jutsu noch einen Trumpf in der Hand …

Im Kampf zwischen Sasori, Chiyo und Sakura scheint Sasori die Oberhand gewonnen zu haben. Sakura und Chiyo sind verwundet, doch mit letzter Kraft gelingt es Chiyo, Sakura zu heilen und den ultimativen Schlag gegen Sasori auszuführen. Bevor er stirbt, verrät er Sakura noch, dass er sich mit seinem Spitzel, den er bei Orochimaru eingeschleust hat, in zehn Tagen treffen will.

Sakura und Chiyo ist es endlich gelungen, Sasori zu besiegen. Nun müsste sich eigentlich auch die Falle auflösen, in der Guy und sein Team stecken, indem sie gegen ihre gleich starken Doppelgänger kämpfen müssen, doch es tut sich nichts. Das Jutsu bleibt bestehen und das Team wird immer schwächer, weil der Kampf kräftezehrend ist, während die Doppelgänger nichts an Energie einbüßen …

Nachdem Lee herausgefunden hat, dass sie stärker sein müssen, als ihre Doppelgänger, gibt das Team von Guy noch mal alles und es gelingt ihnen, die Doppelgänger zu besiegen. Kakashi und Naruto verfolgen nach wie vor Deidara, und Kakashi ist entschlossen, sein neues Sharingan einzusetzen, obwohl er es noch nicht vollkommen im Griff hat.

Naruto begreift endlich, dass Gaara tot ist und ist so wütend darüber, dass das Chakra des Fuchsgeistes für kurze Zeit die Kontrolle übernehmen kann. Glücklicherweise erinnert Kakashi sich an den Rat, den Jiraiya ihm gegeben hat, wie man den Fuchsgeist wieder in seine Schranken weisen kann. Inzwischen sind auch Guy und sein Team angekommen …

Großmutter Chiyo versucht mittels ihres Reinkarnationsjutsus, Gaara wieder ins Leben zurück zu holen, doch ihr Chakra genügt nicht dafür. Naruto hilft und so wird Gaara wiedererweckt und Chiyo stirbt. Wie aus dem Nichts sind plötzlich alle Ninjas aus Suna-Gakure da und bejubeln ihren neuen alten Kazekage.

Obwohl es Kakashi mit seinem neuen Sharingan gelungen ist, Deidara mitsamt seiner Explosion in eine andere Dimension zu beamen, tritt der wieder in Erscheinung. Er sucht nach seinem rechten Arm und dem Ring, der ihn als Akatsuki Mitglied ausweist. Dabei trifft er auf Zetsu und den vertrottelten Tobi, der auch gern bei der Organisation wäre. Prompt kriegen die beiden sich in die Wolle.

Guy und sein Team kommen endlich wieder in Konoha an und Kakashi muss erstmal eine Woche im Krankenaus bleiben, weil die Benutzung seines neuen Sharingan ihn so mitgenommen hat. Sakura erzählt Tsunade derweil, dass Sasori ihr von dem geheimen Treffpunkt an der Brücke von Himmel und Erde berichtet hat, wo sie vielleicht neues über den Verbleib von Sasuke herausfinden können.

Da Sakura von Sasori die Info erhalten hat, dass es in wenigen Tagen an der Brücke zwischen Himmel und Erde ein Treffen geben soll, bei dem sie möglicherweise etwas über Sasuke erfahren kann, soll nun ein Team gebildet werden, dass diese Mission übernimmt. Kakashi fällt aus, weil er sich erstmal ausruhen muss, aber wer soll dann mit Naruto und Sakura gehen?

Während Naruto noch hofft, sich das fehlende Teammitglied selbst aussuchen zu dürfen, sieht Tsunade sich einer Intrige gegenüber, denn einer ihrer Widersacher, Danzo, hat längst entschieden, wer Teammitglied anstelle von Sasuke werden soll: Sai, der Junge, der Naruto vor kurzem angegriffen hat. Tsunade kann das nicht verhindern …

Naruto muss in den sauren Apfel beißen, dass Sai nun tatsächlich das neue Mitglied im „Team Kakashi" ist, das von Yamato angeführt wird, da Kakashi noch im Krankenhaus liegt. Naruto kann Sai nicht leiden, denn erstens scheint er ihm überlegen zu sein und zweitens, setzt er oft so ein gekünsteltes Lächeln auf. Das merkt auch Sakura und haut Sai dafür prompt erstmal eine rein.

Naruto, Sakura, Sai und Yamato haben sich auf den Weg zur Brücke gemacht, um den Spion dort abzufangen, doch wie nicht anders zu erwarten, gibt es eine Menge Spannungen zwischen Sai und Naruto, der den Neuen nicht ausstehen kann. Zu allem Überfluss bewundert Sakura auch noch Sais künstlerische Ader, denn er kann toll zeichnen.

Die Spannungen zwischen Naruto und Sai sind nach wie vor vorhanden und darum entschließt Yamato sich, eine Simulationsübung zu machen, um zu sehen, ob das Zusammenspiel zwischen den Beiden klappt – was es natürlich nicht tut. Sai schneidet wesentlich besser ab, als Naruto und der ist entsprechend sauer.

Yamato und sein Team sind an der Brücke zwischen Himmel und Erde angekommen. Ihr Plan ist, dass Yamato sich als Sasori verkleidet und sich mit dem Spion trifft, damit sie ihn gefangen nehmen können. Alle sind gespannt, um wen es sich handelt – zu Recht, denn es ist Kabuto. Die Täuschung scheint zu klappen, bis zu dem Moment, in dem Orochimaru auftaucht.

Auf der Brücke zwischen Himmel und Erde steht Naruto nun seinem schlimmsten Feind, nämlich Orochimaru gegenüber und der reizt ihn so, dass das „Gewand des Fuchsgeistes" wieder zum Vorschein kommt. Dieses unheilvolle Chakra ist nur zu kontrollieren bis der dritte Schwanz des Fuchses sich bildet, ab dem vierten wird Naruto außer Kontrolle sein.

Naruto steht Orochimaru gegenüber und verwandelt sich immer mehr in den Neunschwänzigen Fuchs. Er denkt an seine letzte Begegnung mit Sasuke zurück und fühlt sich schlecht, weil er zu schwach war, Sasuke davon abzuhalten, zu Orochimaru überzulaufen. Doch er beschließt, nicht aufzugeben und um Sasuke zu kämpfen und so gewinnt der Fuchsgeist immer mehr die Oberhand …

Naruto steht Orochimaru im Kampf gegenüber und inzwischen hat sich der vierte Schwanz des Fuchsgeistes herausgebildet. Naruto ist nun lt. Jiraiya nicht mehr zu kontrollieren und bildet Unmengen an Chakra – was wiederum den Nachteil hat, dass es seine Bewegungsfähigkeit einschränkt.

Naruto ist nicht mehr zu kontrollieren, er scheint sich vollends in den Fuchsgeist zu verwandeln, was auch Orochimaru beunruhigt feststellt, denn sein Schwert, das sonst alles durchdringt, prallt an Naruto in seiner derzeitigen Gestalt völlig ab. Er verletzt sogar Sakura schwer, die versucht, ihn zu erreichen, und ausgerechnet Kabuto hilft ihr mit seinen medizinischen Fähigkeiten.

Naruto ist aus dem Kampf mit Orochimaru schwer verletzt hervorgegangen und Sakure heilt ihn nun. Währenddessen ist es Sai gelungen, mit Orochimaru zu sprechen und ihm von seinem Vorgesetzten Danzo etwas auszurichten. Kurz darauf verlässt er mit Orochimaru und Kabuto den Ort des Geschehens – von Yamatos Holzdoppelgänger beobachtet, so dass dieser im Wesentlichen über Vorgänge informiert ist.

Yamato und sein Team kommen langsam dahinter, warum Sai verschwunden ist. Sie nehmen an, dass er von Danzo in das Team geschmuggelt wurde, um an Orochimaru heranzukommen, den der sich zum Verbündeten machen will. Er will vermutlich Konoha zerstören, so dass sich der Unmut der Bevölkerung gegen Tsunade richtet und sie somit aus dem Amt stürzen.

Naruto Uzumaki soll aufgrund der Ermordung zweier Jonin aus Kumogakure, dreier Jonin aus Iwagakure und aufgrund des Hinterhaltangriffes auf den Raikage A ins Houzukijou, einem Hochsicherheitsgefängnis, als Krimineller eingesperrt werden, bis seine Unschuld bewiesen ist. Dort trifft er auf den Shinobi Ryuuzetsu, welcher als Anbu in das Gefängnis geschickt wurde um den Direktor des Houzukijou, Mui, zu beschatten und dessen Pläne zu durchkreuzen, in denen auch Naruto eine unfreiwillige Rolle spielen soll...

Yamato versucht, Naruto klar zu machen, dass er nicht die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses benutzen darf, nur um schneller an sein Ziel, nämlich Sasuke zu finden, zu gelangen. Yamato erzählt ihm, dass er, Naruto, Sakura die Verletzung am Arm zugefügt hat und dass er mit allen Mitteln versuchen muss, den Fuchsgeist in sich zu unterdrücken …

Orochimaru und Kabuto haben Sai mit in ihr Versteck genommen, wo er Sasuke kennenlernt, der sich nicht die Bohne für ihn interessiert. Auch als Sai Naruto erwähnt, reagiert Sasuke nicht groß darauf, sondern behauptet, sich kaum noch an den erinnern zu können. Derweil versuchen Yamato, Sakura und Naruto in das Versteck zu gelangen …

Yamato und seinem Team ist es gelungen, in Orochimarus Versteck einzudringen und Sai ausfindig zu machen, der ihnen ihre schlimmsten Befürchtungen bestätigt: Tatsächlich will Danzo Orochimaru als Verbündeten haben, um Konoha zu übernehmen. Sakura spricht Sai auf das Bilderbuch an und es stellt sich heraus, dass Sai doch nicht so gefühllos ist, wie er es immer dargestellt hat …

Yamato und sein Team haben Sai aus Orochimarus Versteck geholt und ihn gefangen genommen, da kommt ihnen Kabuto in die Quere. Der jedoch hat allein gegen die Drei keine Chance und so befreit er Sai von dessen Fesseln, in der Hoffnung, dass er sich auf seine Seite schlägt, doch Sai reagiert anders: Er stellt sich auf die Seite des Teams und so gelingt es ihnen, Kabuto festzusetzen.

Yamato und sein Team suchen im geheimen Berg von Orochimaru nach Sasuke, doch es gibt so viele verwinkelte Wege und Zimmer, dass es fast aussichtslos scheint, ihn zu finden. Naruto bricht zusammen, weil ihm das Chakra des Fuchsgeistes immer noch zu schaffen macht und so bietet Sai an, allein weiter nach Sasuke zu suchen und Naruto, der glaubt, Sai stünde auf ihrer Seite, lässt es zu.

Yamato und sein Team finden heraus, dass Sai von Danzo nicht nur den Auftrag hatte, einen Kontakt zu Orochimaru herzustellen, sondern Sasuke zu eliminieren, denn Sasuke soll Orochimaru ja als nächster Körper dienen. Wenn es den nicht mehr gibt, verschwindet Orochimaru von der Bildfläche und niemand würde Danzo die Herrschaft über Konoha dann noch streitig machen können.

Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Auf jeden Fall hat er kein Problem damit, sie alle gleichzeitig außer Gefecht zu setzen. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke.

Nachdem Naruto, Sai, Sakura und Yamato Sasuke gefunden haben, begreift Naruto immer noch nicht, dass er sich mit Orochimaru zusammengetan hat. Naruto versucht Sasuke klar zu machen, dass Orochimaru nur seinen Körper will, um weiterleben zu können, aber Sasuke weiß das längst und es ist ihm egal. Wenn er dafür die Stärke erreicht, sich endlich an seinem Bruder Itachi rächen zu können.

Nachdem Naruto und das Team wieder nach Konoha zurückgekehrt sind, beschäftigt sich Sai intensiv damit, seine zwischenmenschlichen Beziehungen zu verbessern. Er liest Bücher über Kommunikation und lernt, dass es Nähe schafft, wenn man einem Menschen einen Spitznamen gibt, der zu dessen Eigenschaften oder seinem Charakter passt.

Tsunade entlässt Kakashi aus dem Krankenhaus. Zum Einen, weil er wieder gesund ist, aber zum Anderen auch, weil Naruto sich als nerviger Dauergast im Nebenbett einquartiert hat, um bloß nicht zu verpassen, wann Kakashi geht, denn mit dem will er unbedingt trainieren. Es geht darum, dass er lernen soll, die Form und die Eigenschaft seines Chakras zu verändern.

Naruto trainiert wie ein Besessener, um die Form und die Eigenschaften seines Chakras verändern zu können. Er erfährt, dass Asumas Chakra auch zum Windelement gehört und erhofft sich wertvolle Tipps von ihm – die er auch bekommt, aber nur unter der Bedingung, dass er das nächsten Essen im Grillhaus für Asumas Team bezahlt.

Truppführer Yamato und seine Assistenten Sakura, Naruto und Sai sind auf dem Weg zum Feuertempel. Sie wollen sich an einem bestimmten Wegzeichen mit Mönchen treffen, von denen sie um Hilfe gebeten wurden. Denn in letzter Zeit wurden immer wieder geheime Gräber ausgeraubt, in denen verdiente Shinobi ihre letzte Ruhe fanden.

Das Team Yamato erreicht den Feuertempel, und Naruto muss feststellen, dass Soras Verhalten ihm gegenüber immer provozierender wird. Nun ist Naruto kein Kind von Traurigkeit und will beweisen, dass auch er in der Lage ist, „auszuteilen." Es kommt zu verschiedenen Auseinandersetzungen, in denen es ihm gelingt, sich Respekt zu verschaffen.

Yamato und sein Team sind zusammen mit Chiriku und Sora vom Feuertempel den Grabräubern auf der Spur. Und tatsächlich finden sie sie. Erstaunlich ist, dass die Särge mit den Leichnamen offen zur Schau gestellt werden. Ist das vielleicht eine Falle? Die Gruppe teilt sich auf. Sai und Sakura, sowie Sora und Naruto bleiben zusammen und gehen in unterschiedliche Richtungen.

Das Team Kakashi ist ja inzwischen getrennt auf der Suche nach den Grabräubern, das heißt, noch sind Sakura und Sora Sakura zusammen, aber das ändert sich schnell, denn Sora macht sich plötzlich aus dem Staub. Für die „Einzelgänger" Sakura, Naruto und Sai gilt es nun, die verschiedensten Hindernisse zu überwinden, und das ist sehr schwierig, weil es sich um Fallen handelt …

Sora begegnet einem Fremden, mit dem er kämpft, der ihm allerdings haushoch überlegen ist – und ihn auch noch zu kennen scheint, was Sora beunruhigt. Der Fremde weiß, dass Sora über große Kräfte verfügt, größer, als Sora selbst es ahnt. Derweil kämpft Naruto weiterhin gegen Fuka und hat keine Chance gegen sie. Erst als Sakura, Sai und Yamato auftauchen, wendet sich das Blatt.

Tsunade erinnert sich daran, dass Asuma früher auch mal einer der zwölf Tempelwächter gewesen ist, so, wie Sora heute und sie erzählt die Geschichte, wie der Frieden damals zerbrach. Derweil warten Naruto, Sakura und Sora draußen vor ihrem Büro und Sakura schärft Sora ein, Tsunade respektvoll zu begegnen. Der hat aber gar keine Lust, sich zu verstellen und nennt sie eine alte Fregatte …

Sora ersetzt erstmal Sai, der verletzt ist, und wird so Mitglied des „Teams Kakashi". Das bedeutet, dass Yamato mit einigen grundlegenden Trainingseinheiten neu anfangen will, weil Sora die ja nicht kennen kann, aber Asuma rät ihm ab.

Danzo, der kurzzeitig verschwunden war, ist von den ANBU gefunden und zurück ins Dorf gebracht worden. Tsunade verhört ihn, weil sie Informationen von ihm haben möchte, doch er verhöhnt sie nur. Außerdem scheint er Koharu und Homura hinter sich zu haben, die Tsunades gemäßigte Politik offenbar auch nicht gutheißen.

Es ist soweit, Konoha wird von Furido und seinen Schergen angeriffen, indem sie erst einmal eine Verteidigungsbarriere um das Dorf ziehen, so dass die Bewachungstruppen von Konoha, die von Tsunade an den Toren stationiert worden waren, vom Dorf abgeschnitten sind. Ebisu versucht im Dorf derweil die Bewohner zu evakuieren und Sakura hat als Medizin-Ninja alle Hände voll zu tun …

Asuma begreift langsam, dass die vier Leichen von Kitane, Seito, Too und Nauma gestohlen wurden, um sie mit dem Jutsu der Wiedererweckung zurück zu holen, damit sie den vor Jahren gescheiterten Putsch nun endlich zum Erfolg führen können. Die Vier hören nur auf die Befehle desjenigen, der sie „erweckt" hat, doch bisher weiß niemand, um wen es sich handelt.

Izumo, Kotetsu und ihre Leute kämpfen nach wie vor gegen eine Übermacht von Zombies. Naruto hat es mal wieder mit Fuka zu tun und da sie viele Elemente beherrscht, sieht es nicht gut für ihn aus. Sora begreift endlich, dass Furidos Ziel, das Dorf zu vernichten, falsch ist und Shikamaru hat es satt in Tsunades Büro rumzuhängen und Strategien zu besprechen.

Die Zombies sind plötzlich verschwunden, aber Genma und seine Leute haben keine Ahnung, warum. Sie sind allerdings überzeugt davon, dass die Zombies nur ein Ablenkungsmanöver waren, aber über die tatsächlichen Pläne des Feindes wissen sie auch nichts. Genma und Co. beschließen, sich auf die Suche nach Sakura, Yamato und Asuma zu machen, von denen sie länger nichts gehört haben.

In Konoha scheinen die Bedrohungen weniger zu werden. Die Zombies und die Verteidigungsbarriere sind verschwunden, auch, wenn sich niemand so recht erklären kann, warum. Auch das Limelight Jutsu konnte vom Feind nicht umgesetzt werden. Derweil provoziert Furido Sora so dermaßen, dass der sich immer mehr in ein Monster verwandelt – und das bildet Schwänze.

Asuma kämpft verbissen mit Furido. Nachdem er festgestellt hat, dass Furido tatsächlich Kazuma und somit Soras Vater ist, ist er noch empörter darüber, dass der seinem Sohn so etwas antun konnte. Er hat einen Teil des Fuchsgeist-Chakras in Sora versiegelt und es nun freigelassen, damit Sora Konoha vernichtet.

Naruto versucht nach wie vor verzweifelt, Soras Bewusstsein zu erreichen, doch der Fuchsgeist scheint inzwischen endgültig die Oberhand gewonnen zu haben, denn Naruto dringt nicht zu Sora durch. Asuma hingegen kämpft erfolgreich gegen Furido, der tatsächlich Kazuma ist. Letztendlich setzt der Fuchsgeist sich durch und das hat den Vorteil, dass er aus Soras Körper verschwindet.

Tsunade bekommt mal wieder Dampf von Homura und Koharu, dass sie bei der letzten Krise nicht entschlussfreudig genug war. Naruto und Sai liegen im Krankenhaus und müssen sich ausruhen, was Naruto ziemlich nervt, weil er endlich wieder trainieren will, aber Kakashi verordnet ihm Ruhe. Asuma möchte mit Kakashi etwas besprechen, rückt aber mit der Sprache nicht raus.

Akatsuki ist offenbar wieder in Aktion getreten, und zwar in Gestalt von Kakuzu und Hidan, der einen ziemlichen religiösen Knall hat. Die Beiden brechen in den Feuer-Tempel ein und ermorden Chiriku, bevor sie weiterziehen … Derweil trainiert Naruto wie verrückt die Chakra-Manipulation, denn er will sie so schnell wie möglich draufhaben, um sie in einem realen Kampf anwenden zu können.

Sakura ist beflügelt von der Idee, Naruto mit ein paar Nahrungspillen beim Training zu unterstützen und so stellt sie welche her. Unterwegs trifft sie Iruka, mit dem sie ein bisschen über alte Zeiten spricht und als er andeutet, dass er die Klassenclowns immer am niedlichsten fand, ist sie ein bisschen beleidigt. Derweil trainiert Naruto wie ein Verrückter die Chakra-Manipulation …

Tsunade hat Teams ausgeschickt, die die beiden feindlichen Akatsuki-Leute aufspüren sollen, doch bisher gibt es keine Erfolgsmeldungen. Niemand hat sie gesehen und sie scheinen wie vom Erdboden verschluckt zu sein. Als Asuma, Shikamaru und Co zum Feuertempel kommen, begegnen ihnen dort nur noch wenige Mönche, denn alle Anderen wurden von den beiden Fremden umgebracht.

Naruto erhält von Kakashi die niederschmetternde Information, dass dieser nicht sicher ist, ob Naruto den nächsten Schritt der Chakra-Manipulation überhaupt schaffen wird, denn sogar der Hokage der vierten Generation ist daran gescheitert. Das spornt Naruto aber natürlich noch mehr an.

Asuma, Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben die beiden Akatsuki-Leute vor dem Schwarzmarkt gestellt. Kakuzu hält sich aus dem Kampf heraus und schickt Hidan vor, denn der gilt immerhin als unsterblich – was Asuma und Shikamaru vor nicht unerhebliche Probleme stellt.

Hidan ist es gelungen, einen Fluch auszusprechen, so dass Asuma sich nicht mehr gegen ihn wehren kann. Shikamaru versucht Zeit zu schinden, indem er sein Jutsu der Schattenlähmung anwendet, um Hidan an weiterem Vorgehen zu hindern. Währenddessen denkt er fieberhaft darüber nach, wie er Hidans Jutsu analysieren und es somit außer Kraft setzen kann …

Asuma, Shikamaru, Kotetsu und Izumo stehen sich immer noch im Kampf mit Hidan und Kakuzu, den beiden Akatsuki-Mitgliedern, gegenüber und ihre Chancen sind denkbar schlecht. Shikamaru erinnert sich immer wieder daran, was Asuma ihm gesagt und beigebracht hat und versucht, so schnell wie möglich die Fähigkeiten der Gegner zu analysieren und entsprechend zu handeln.

Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben keine Chance gegen die beiden Akatsuki-Leute, zumal Asuma von Hidan schwer verletzt wurde – und er unterliegt diesen Verletzungen und stirbt. Obwohl kurz darauf die Verstärkung durch Aoba und Raido eintrifft, können sie für Asuma nichts mehr tun und jeder Einzelne erinnert sich an Situationen mit ihm.

Naruto hat noch immer nicht herausgefunden, wie er gleichzeitig das Rasengan und die Chakra-Manipulation hinbekommt und Sakura macht sich ernsthafte Sorgen, ob das überhaupt noch etwas wird, denn schließlich weiß sie ja, dass Naruto nicht immer der Hellste ist.

Das Team Asuma hat schwer an Asumas Tod zu knabbern, aber alle sind sich einig, dass die Mission, bei der er ums Leben gekommen ist, noch zu Ende gebracht werden muss. Shikamaru ist vor Trauer wie gelähmt, doch nach einem Gespräch mit seinem Vater berappelt er sich wieder und plötzlich hat er eine Idee, mit welcher Strategie sie den Feind schlagen können.

Kakashi ist mit Team 10, also Asumas Team, unterwegs, um die die Beiden von Akatsuki aufzuspüren. Tsunade würde ihnen gern Verstärkung nachschicken, doch sie weiß nicht wen. Eigentlich würde es sich anbieten, Naruto zu schicken, doch der hat die Chakra-Manipulation immer noch nicht drauf. Tsunade entscheidet, ihm noch 24 Stunden zu geben …

Shikamaru und Choji haben es wieder mit Hidan und Kakuzu zu tun. Eigentlich stehen sie in diesem Kampf gut da, aber dann stellt sich heraus, dass Kakuzu mit einem Jutsu seine Körperteile hart wie Stahl machen kann. Ein Direktangriff scheint also keine Lösung zu sein. Doch dann kommt Kakashi ihnen zu Hilfe – was jedoch auch nicht viel nützt bei den Fähigkeiten, die die Akatsuki-Leute haben.

Kakashi, Shikamaru und Co. kommen in ihrem Kampf gegen Kakuzu und Hidan nicht weiter, geschweige denn, dass sie siegen würden. Shikamaru ahnt, dass sie gegen die Beiden zusammen überhaupt keine Chance haben und kommt auf die Idee, den Einen vom Anderen zu trennen. Er schlägt vor, dass er selbst Hidan mit seinem Schatten fesselt und ihn dann vom Kampfgeschehen wegführt …

Nach wie vor tobt der Kampf zwischen Kakashi und Co. und den beiden Akatsuki-Leuten. Kakuzu hält immer wieder neue Überraschungen bereit. Nicht nur die, dass er offenbar über mehrere Leben verfügt. Dem ist so, weil er verschiedenen Shinobi, die er im Kampf besiegt hat, das Herz genommen und einem seiner eigenartigen Maskenwesen eingepflanzt hat, die für ihn kämpfen.

Kakashi und Co sind froh, dass Naruto, Yamato, Sai und Sakura endlich als Verstärkung auftauchen, denn sie haben schlechte Karten gegen Kakuzu. Das scheint Shikamaru ebenso zu gehen, der in einem Teil des Feuer-Reich-Waldes Hidan gegenübersteht, der sich zunehmend mehr bewegen kann, trotz Shikamarus Schattenfessel. Doch Shikamaru wird nicht umsonst als hervorragender Stratege geschätzt.

Naruto ist als Verstärkung für Kakashi und Co auf dem Kampfplatz geblieben, während Pakkun mit Sai und Sakura die Spur von Shikamaru aufnimmt, um ihn im Kampf gegen Hidan zu unterstützen. Doch sie kommen zu spät. Shikamaru hat Hidan, den Mörder von Asuma, besiegt. Naruto bittet Kakashi, Kakuzu allein angreifen zu dürfen, obwohl Choji seine Hilfe anbietet und Kakashi stimmt widerstrebend zu.

Naruto hat es tatsächlich geschafft, Kakuzu zu besiegen. Er ist erschöpft, aber glücklich, doch als er und das Team wieder in Konoha ankommen, macht Tsunade eine seltsame Entdeckung: Sie lässt die Leiche von Kakuzu untersuchen und stellt fest, dass sämtliche Chakrazellen Schädigungen haben. Die sind auf das neue Jutsu von Naruto zurückzuführen.

Tsunade erhält die Nachricht, dass ein ANBU vermutlich das Versteck von Orochimaru entdeckt hat. Er konnte ihr noch kurz vor seinem Tod eine Karte mit einer ungefähren Ortsangabe schicken und so entschließt Tsunade sich, ein Such-Team zusammenzustellen, das das Versteck lokalisieren soll. Da sich dort vermutlich auch Sasuke aufhält, will Kakashi diese Mission vor Naruto geheimhalten …

Naruto ist mit Jiraiya wieder auf Reisen, in der Hoffnung, dass der mit ihm trainiert, aber zum Einen scheint es so zu laufen, wie früher, nämlich dass Jiraiya sich nur für hübsche Mädchen interessiert, und zum Anderen ist Narutos Arm immer noch nicht verheilt, was ein intensives Training verhindert.

Während Orochimaru weiter seine finsteren Pläne verfolgt, versucht Jiraiya Naruto beizubringen, dass er mit seinem vertrauten Geist praktisch „synchron" sein muss, indem er dessen Gefühle nachvollzieht und so mit ihm im Gleichklang ist. Jiraiya ruft die Kröte Gamariki herbei, die Naruto mit der „Liebespeitsche" zum Training bringen will, doch die Beiden haben sich nur in der Wolle.

Naruto trainiert unter Anleitung von Jiraiya mit Gamatatsu den Gleichklang, den er mit seinem vertrauten Geist haben sollte. Das geht schon damit los, dass er die Bewegungen von Gamatatsu synchron ausführen sollte und um das zu üben, singen die Beiden ein Lied, was Naruto ziemlich nervt, aber wenn es der Sache dient …

Guren ist sauer, weil sie von Orochimaru den Auftrag erhält „Babysitter" für Yukimaru zu spielen. Sie soll den Kleinen an den See bringen, um dort den nächsten Schritt für Orochimarus Reinkarnation einzuleiten. Naruto hat inzwischen herausgefunden, dass weder Gamakichi noch Gamatatsu das „Wasserversteck" beherrschen …

Naruto versucht immer noch, ein Kombinationsjutsu hinzubekommen, indem er sein Wind-Chakra mit Gamatatsus Wasser mischen will. Der Knackpunkt ist allerdings, dass sie dafür synchron agieren müssen und mit der Synchronität hapert es. Wenn Gamatatsu Wasser spuckt, ist Naruto mit seiner Chakra-Zugabe unkonzentriert oder andersherum.

Naruto versucht nach wie vor, gemeinsam mit Gamatatsu, sein neues Jutsu drauf zu bekommen, aber sie kriegen die Synchronität nicht hin, die dafür nötig wäre. Dennoch darf er zusammen mit Sakura und Yamato auf die Mission gehen, Kakashi und Co. zu unterstützen. Die wiederum haben endlich die Spur von Rinji und seinen Leuten aufgenommen und stehen ihnen nun im Kampf gegenüber.

Tsunade lässt das Insekt, das Kakashi ihr per Boten geschickt hat, im Labor untersuchen. Es ist in einen Kristall eingeschlossen und ihre schlimmsten Befürchtungen scheinen sich zu bewahrheiten. Sie hat immer mal wieder Gerüchte gehört, dass es jemanden gibt, der ein Nin-Jutsu beherrscht, mit dem er alles in seiner Umgebung in Kristall verwandeln kann.

Naruto ist es gelungen, die Kristallbarriere zu zerstören und so können er, Yamato und Sakura nun Kakashi und Co zu Hilfe kommen. Guren hat Hinata in ein Kristallgefängnis gesperrt und die Freunde befürchten, dass Hinata bei der geringsten Erschütterung genauso zersplittert, wie der Kristall. Doch was sollen sie tun?

Deidara und Tobi, zwei von Akatsuki, sind unterwegs, um den Bijuu-Geist Sanbi, den Dreischwänzigen zu finden. Tobi scheint einen ziemlichen Knall zu haben, womit er Deidara auf die Nerven geht. Dem Bijuu-Geist sind Guren und Gozu schon um Längen näher, denn mit Hilfe der außergewöhnlichen Fähigkeiten von Yukimaru wollen sie ihn hervorrufen.

Guren hat den Kampf gegen die Riesenschildkröte, die der Dreischwänzige Bijuu-Geist ist, verloren und ist von der großen Welle an Land gespült worden. Gozu macht sich auf die Suche nach ihr und auch Naruto, der das Geschehen aus einiger Entfernung beobachtet hat, scheint von dem mächtigen Chakra des Bijuu-Geistes etwas abbekommen zu haben.

Lee, Ino, Shizune und TenTen werden als weitere Verstärkung rausgeschickt, denn nachdem nun klar ist, dass es auf dem See den Dreischwänzigen gibt, den Orochimaru offenbar für sich versiegeln will, muss Tsunade reagieren. Derweil macht Naruto sich auf eigene Faust auf die Suche nach Yukimaru und trifft auch prompt auf Guren, die er auffordert, ihm den Jungen zu übergeben.

Das zweite Verstärkungsteam ist inzwischen angekommen, bestehend aus Shizune, TenTen und Lee. Die Freunde freuen sich, sich wiederzusehen und Kakashi hat nun so viele Leute, dass er sie völlig neu aufteilen kann. Was auch nötig ist, denn die Ziele der Mission haben sich geändert. Tsunade hat die Anweisung gegeben, dass die Suche nach Orochimarus Versteck erst einmal nach hinten geschoben wird.

Lee ist enttäuscht, dass er nicht dem Team zugeteilt wurde, das gegen Guren, die Frau mit dem Kristallversteck, antreten soll, aber Kiba bestätigt ihm, dass ihre Untergebenen auch extrem starke Gegner seien. Während Shizune und die Mädchen die Versiegelungsbarriere aufbauen, geraten Lee, Kiba, TenTen und Yamato in den Hinterhalt von Gurens Schergen.

Kakashi steht Guren im Kampf gegenüber und er hätte durchaus Chancen, ihn zu gewinnen, wenn Gozu sich nicht einschalten würde, der eine dichte Mauer aus Schlamm bilden kann, die undurchdringlich ist. Guren gelingt die Flucht. Derweil haben Kiba und Co. den Kampf gegen Kigiri gewonnen und nun den Auftrag, das Versiegelungsteam zu unterstützen.

Shizune, Ino, Hinata und Sakura versuchen nach wie vor, die Versiegelungsbarriere aufrecht zu erhalten, denn der Sanbi befindet sich inzwischen fast genau darunter. Es muss ihnen nur noch gelingen, im richtigen Moment die Versiegelung hinzubekommen, dann wäre es geschafft. Zu ihrer Unterstützung sind TenTen und Lee als Wachen vor Ort.

Guren ist es gelungen, die Versiegelungsbarriere zu zerstören, so dass die Konoha-Ninjas den Sanbi nicht versiegeln konnten. Rinji findet heraus, dass Yukimaru nur dann seine Kräfte voll entfaltet, wenn er sich Sorgen um Guren macht, weil er sehr an ihr hängt. Also verletzt Kabuto Guren, so dass sie erstmal nicht fliehen kann …

Die Versiegelung des Dreischwänzigen hat nicht geklappt und er hat sich aufgebäumt und das verschluckt, was in der Nähe war, nämlich Naruto und Guren. Doch das wissen Kakashi und Co zur Zeit noch nicht und so organisiert Kakashi sofort ein Such-Team. Während das ausschwärmt, kümmern sich Sakura und Ino um den bewusstlosen Yukimaru.

Kakashi und Co erfahren von Yukimaru, dass Naruto und Guren sich im Bauch des Sanbi aufhalten, und da sein Glückskristall heil ist, geht er davon aus, dass es den Beiden gut geht. Das sehen Naruto und Guren derzeit nicht so, weil der Sanbi in seinem Inneren ein ganzes Heer kleiner Sanbis trägt, das es offenbar auf die Eindringlinge abgesehen hat …

Guys und Kakashis Team ist es gemeinsam gelungen, die Siegel und damit die Barriere vor der Höhle zu beseitigen, doch Guys Team ist dabei in eine Falle getappt: Jedes entfernte Siegel wird zu einem Doppelgänger desjenigen, der es entfernt hat. Der sieht gleich aus und hat auch die gleiche Stärke.

Das Versiegelungsteam ist wieder aktiv und versucht ein weiteres Mal, den Dreischwänzigen unter Kontrolle zu bringen. Da Shizune und Co. von dem ersten Anlauf ziemlich erschöpft sind, hat Tsunade ihnen Katsuyu, ihren vertrauten Geist geschickt. Die Schnecke überträgt ihr Chakra auf das Team, denn diesmal muss die Versiegelung klappen.

Nurari, Kiho und Kigiri holen zu einem letzten Schlag aus, indem sie sich zusammentun und als ein großes Monster gegen Shino und Co antreten. Naruto und Guren treffen auf Rinji, doch es stellt sich heraus, dass es sich in Wahrheit um Kabuto handelt, als er seine Maske abnimmt.

Yukimaru ist bei dem Kampf mit dem Sanbi schwer verletzt worden. Nun gibt es niemanden mehr, der den Dreischwänzigen kontrollieren könnte, denn Shizune glaubt nicht, dass Yukimaru je wieder seine alten Kräfte zurück erlangen wird. Katsuyu wird nach Konoha geschickt, um Tsunade über die aktuelle Situation zu informieren und Tsunade entscheidet, dass die Mission erst einmal abgebrochen wird.

Orochimaru liegt krank im Bett und wird zunehmend schwächer. An seiner Seite steht Kabuto. Gemeinsam erinnern sie sich an Erlebnisse mit Sasuke zurück. In dem Moment als Kabuto das Krankenbett verlässt, erscheint Sasuke. Aufgrund seiner neu gewonnen Stärke, möchte Sasuke nicht mehr das Gefäß für Orochimaru sein. Daraufhin entbrennt ein Kampf zwischen Sasuke und Orochimaru.

Orochimaru kämpft in seiner wahren Form gegen Sasuke. Sasuke kann den Angriffen ausweichen und sein Chidori einsetzen. So zerschneidet der Shinobi die Schlangen seines ehemaligen Meisters. Orochimarus Unsterblichkeit ist es zu verdanken, dass er wieder aufersteht und Sasuke in eine von ihm kontrollierte Welt versetzt. In dieser Umgebung möchte Orochimaru das Ritual zur Köperübernahme beenden.

Sasuke konnte den Kampf gegen Orochimaru gewinnen. Im Anschluss daran befreit er Suigetsu aus Orochimarus Gefängnis. Suigetsu koppelt einen Zusammenschluss mit Sasuke an die Bedingung, zuerst das Schwert von Zabuza zu suchen. Dafür begeben sie sich in das Reich der Wellen, wo der Leichnam von Zazuba beerdigt liegt. Als sie dort angelangen, können sie das Schwert nicht ausfindig machen.

Während Sasuke und Suigetsu auf dem Weg zum ehemals südlichen Stützpunkt von Orochimaru sind, versucht Suigetsu mehr über seinen Begleiter herauszufinden. Am Versteck angekommen, begeben sich die zwei Shinobi auf direkten Weg in das Verlies. Kurz darauf treffen sie auf Karin, welche Sasuke überreden möchte, sie zu begleiten.

Naruto und Sakura befinden sich in Tsunades Büro. Dort erfahren die Shinobi von Tsunade und Jiraiya, dass Orochimaru von Sasuke getötet wurde. Sasuke ist inzwischen mit Suigatsu und Karin am ehemaligen nördlichen Versteck von Orochimaru angelangt. Wie Sasuke schnell feststellt, scheint das Versteck verlassen zu sein.

Des Öfteren unterbreitet Sasuke Jūgo den Vorschlag, das Team um Sasuke zu begleiten. Dieser verneint das Angebot und greift daraufhin Sasuke an. Auch Suigatsu mischt sich in das Kampfgeschehen ein. Während des Kampfes muss Jūgo immer wieder an seine Vergangenheit mit Kimimaro denken. Kimimaro sprach bei ihrem letzten Zusammentreffen von Sasuke und dessen außerordentlicher Kraft.

Während des Dritten Shinobi Weltkrieges konnte Kakashi den Rang eines Jōnin erreichen. Als Anführer seines Teams machte sich Kakashi mit Rin, Obito und ihrem Lehrer Minato Namikaze in das Land des Grases auf. Dort mussten sie eine Brücke zerstören, um das Vorrücken von feindlichen Truppen nach Konoha, zu verhindern.

Während des dritten Shinobi Weltkrieges wurde die junge Shinobi Rin entführt. Ihre Teamkollegen Kakashi und Obito versuchten daraufhin sie, zu befreien. Im Versteck der Iwa-Nins konnte Kakashi Obito retten, verlor dabei jedoch sein linkes Auge. Die zwei Shinobi mussten sich einem Kampf gegen dem Iwa-Nin Kakkou stellen.

Der Anführer der Akatsuki informiert seine Anhänger über den Tod von Orochimaru und das von Sasuke neu gebildete Team Hebi. Zudem warnt er Itachi und Kisame, dass Sasuke höchstwahrscheinlich nach Ihnen sucht. Itachi und Kisame machen sich daraufhin auf den Weg zum Versteck der Akatsuki. Kakashi und Jiraiya bilden unterdessen Teams, damit diese endlich Sasuke ausfindig machen.

Kakashi teilt die acht Konoha-Nins in Einzelgruppen auf. Dabei erhalten die Shinobi die Unterstützung von Ninja-Hunden. Naruto, Yamato und Hinata begegnen Kabuto. Dieser möchte den Shinobi helfen, indem er ihnen geheime Informationen über die Akatsuki gibt. Sasuke teilt ebenfalls sein Team auf, um so effektiver nach Itachi suchen zu können.

Sasuke ist immer noch in eine Auseinandersetzung mit Deidara und Tobi verwickelt. Deidara setzt zunächst C1-Bomben ein. Diese kann Sasuke mit Hilfe von Chidori Senbon ohne Probleme abwehren. Daraufhin machen ihm explodierende, sich neu regenerierende Lehmpuppen zu schaffen. Doch auch diese kann Sasuke mit einem Trick abschütteln.

Auch Deidaras C4-Bomben konnten gegen Sasuke nichts bewirken. Deidara wird anschließend immer wütender, denn jeder verachtet seine Kunst. Deidara ist gezwungen, zu seinem letzten Mittel zu greifen. Er öffnet den Mund an seinem Herzen und füttert ihn mit dem explosiven Lehm. Dadurch wird Deidara selbst zu einer Bombe, welche in einem Radius von 10 Kilometern alles vernichten wird.

Sowohl die Ninja aus Konoha, als auch die Akatsuki konnten die von Deidara verursachte Explosion sehen. Im Anschluss kann Karin das Chakra von Sasuke nicht mehr wahrnehmen und glaubt deswegen er ist ein Opfer der Explosion geworden. Doch Sasuke konnte mit seinem Sharingan Manda unter seine Kontrolle bringen, sich in dessen Bauch verstecken und mit einem Jutsu in eine andere Dimension verschwinden.

Tsunade und Jiraiya sitzen in einer Bar und besprechen die neuesten Entwicklungen über die Akatsuki. Unterdessen entwickelt Team Hebi einen Plan, um die Konoha-Ninja auf eine falsche Fährte zu locken. Naruto setzt seine Schattendoppelgänger ein, um Sasuke schnellstmöglich zu finden. Er trifft auf Sasukes Bruder Itachi, welcher mit dem echten Naruto reden möchte.

In seiner Jugend bildete Jiraiya ein Team mit Tsunade und Orochimaru. Ausgebildet wurden die jungen Genin von Sensei Hiruzen Sarutobi. Dieser motivierte Jiraiya dazu, seinen vertrauten Geist zu finden. Deswegen verbrachte Jiraiya einen Großteil seiner Jugend auf dem Myouboku-Berg, wo er das Nin- und Sen-Jutsu von den Fröschen erlernte. Ihm wurde zudem eine Prophezeiung übermittelt.

In einer Höhle treffen die Legendären Sannin auf drei Kinder. Es dauerte nicht lange und Jiraiya konnte die speziellen Fähigkeiten der Kinder erkennen und begann Yahiko, Konan und Nagato zu unterrichten. Als die Drei zu mächtigen Ninja geworden sind, beschloss Jiraiya, sie zu verlassen. Einige Jahre später, überbrachte ein Frosch Jiraiya die Nachricht, dass die Drei im Krieg gefallen sind.

Jiraiya ist in Amegakure angekommen. Dort möchte der Shinobi mehr Informationen über den Anführer des Dorfes herausfinden. Um nicht erkannt zu werden, gibt er sich zunächst als Schriftsteller und infolgedessen als Söldner aus. Doch die Dorfbewohner wollen nicht mit der Sprache herausrücken. Deswegen schmiedet Jiraiya einen Plan.

Nachdem das Verhör zweier Bewohner aus Amegakure nichts Nützliches erbrachte, versucht Jiraiya weiterhin an Informationen zu gelangen. Jiraiya ist sich währenddessen nicht bewusst, dass er bereits von Konan beobachtet wird. Nach einer kurzen Auseinandersetzung, ist es Jiraiya möglich Konan zu fesseln. Im Anschluss trifft auch Pain am Ort des Geschehens ein.

Jiraiya muss sich eingestehen, dass Pain ein sehr mächtiger Gegner ist. Damit Jiraiya gegen seinen Rivalen eine Chance hat, aktiviert er den Sennin Mōdo. Hierfür muss er zunächst Naturenergien aufnehmen und Senjutsu-Chakra schmieden. Pain versucht Jiraiaya mit verschiedenen Tieren zu besiegen.

Weiterhin muss sich Jiraiya einen Kampf gegen seinen ehemaligen Schüler Nagato stellen. Im Verlauf der Auseinandersetzung erscheinen zwei weitere Körper von Pain. Alle drei Gegner sind im Besitz des Rinnegans. Einen der Rivalen kann Jiraiya schnell bewusstlos schlagen. Um die anderen Zwei besiegen zu können, setzt er das Goemon ein.

Der Kampf zwischen Pain und seinem ehemaligen Lehrer Jiraiya geht weiter. Dabei wird Jiraiya von sechs Gegnern angegriffen. Durch das Verrutschen eines Stirnbandes stellt der Shinobi fest, dass jeder der Körper eine Person darstellt, die er in seinem Leben schon einmal getroffen hat. Seine Gegner stürmen auf ihn und pfählen ihn mit schwarzen Chakra-Konduktor-Stäben.

In einem Akatsuki-Versteck kommt es zu einem Wiedersehen. Sasuke trifft auf seinen älteren Bruder Itachi. Nachdem Itachi die Kräfte von Sasuke zu sehen bekommen hat, fordert er Sasuke auf, in das Uchiha-Clan Versteck zu einem finalen Schlagaustausch zu kommen. Am Eingang des Verstecks wartet bereits Kisame. Dieser sorgt für eine ungestörte Atmosphäre, während die Brüder sich bekämpfen.

Im geheimen Uchiha-Clan Versteck kommt es zu dem entscheidenden Showdown zwischen den Uchiha-Brüdern Sasuke und Itachi. Während des Kampfes erinnern sich beide an ihre gemeinsame Jugend zurück. Als der Kampf etwas zu erliegen kommt, kann Sasuke endlich die entscheidende Frage stellen. Er möchte von seinem Bruder wissen, wer ihm damals bei dem Überfall auf ihr Dorf geholfen hat.

Noch immer stehen sich Sasuke und Itachi auf dem Schlachtfeld gegenüber. Sasuke erfährt den Namen und die Geschichte von Itachis Helfer am Massaker an ihrer Familie. Zu Sasukes Verwunderung, ist Madara Uchiha immer noch am Leben und verfügt über das Mangekyou Sharingan. Bei jedem Einsatz der Weiterentwicklung des Sharingan, verliert der Anwender an Chakra und Sehkraft.

Der Kampf zwischen den zwei Uchiha-Brüdern geht weiter. Dabei schmettert Itachi seinen jüngeren Bruder gegen eine Wand, hält ihn fest und entnimmt das linke Auge von Sasuke. Kurz bevor Itachi das zweite Auge herausreißt, kann sich Sasuke befreien. Itachi setzt folglich das legendäre Amaterasu ein.

Im Kampf gegen seinen älteren Bruder entfesselt Sasuke sein unausweichliches Jutsu: Kirin. Itachi kontert mit seinem Dōjutsu Susanoo. Durch die Anwendung seines Jutsus besitzt Sasuke kein Chakra mehr. Dadurch kann der verbliebende Anteil von Orochimaru in Sasukes Körper Gestalt annehmen und dringt nach außen. Dieser zeigt sich in Form einer achtköpfigen Schlange.

Nach einem erbitterten Kampf konnte Sasuke seinen älteren Bruder endlich besiegen und fällt infolgedessen bewusstlos zu Boden. Naruto und die restlichen Konoha-Nins müssen sich immer noch einen Kampf gegen den mysteriösen Tobi stellen. Doch egal welche Attacke die Nins probieren Tobi ist in der Lage diese auszuweichen. Zetsu tritt in Erscheinung und berichtet über Sasukes Sieg über Itachi.

Tobi konnte zuerst den bewusstlosen Sasuke ausfindig machen und zu sich holen. Als Sasuke das Bewusstsein wieder erlangt hat, erzählt ihm Tobi die wahre Geschichte über seinen Bruder sowie Madara. Er berichtet über Konohas Gründung und die Feindschaft zwischen dem Uchiha-Clan und dem Senju-Clan.

Weiterhin erzählt Tobi die wahre Geschichte über Sasukes Bruder und dem Uchiha-Clan sowie dem Senju-Clan. Itachi erhielt den Auftrag, einen Putschversuch des Uchiha-Clans zu verhindern, indem er alle Mitglieder des Clans auslöschte. Lediglich seinen kleinen Bruder konnte er nicht ermorden. Unterstützung beim Massaker erhielt Itachi von Madara, welcher sich somit an seinem Clan rächen konnte.

Nachdem Naruto und seine Freunde endgültig Sasukes Spur verloren haben, begeben sie sich auf den Heimweg. Währenddessen erinnert sich Sasuke an ein Detail aus seiner Vergangenheit zurück und weiß deswegen, dass Tobis Geschichte der Wahrheit entsprechen muss. Sasuke möchte sich bei den Ältesten von Konoha rächen. Um seinen Plan ausführen zu können, möchte Sasuke sich ein Bijuu aneignen.

Sasuke stellt sich einem Kampf gegen den Rapper Killer B. Killer B greift Sasuke zunächst mit seinen sechs Schwertern an. Diesen Angriff kann Sasuke mit seinem Chidori schnell beenden. Daraufhin aktiviert Killer B sein Chakra des Hachibi in sich. Kurze Zeit kann Sasuke Killer B gefangen halten, jedoch kann der Rapper sich aus der Illusion befreien.

Vier feindliche Ninja sind auf dem Weg zu dem Tsuchigumo-Anwesen auf dem Berg Katsuragi, auf welchen sich Lady Hotaru, Tonbei und Utakata befinden. Tonbei schickt einen Botenvogel nach Konohagakure, um bei der Hokage die geheime Vereinbarung einzufordern. Tsunade schickt Naruto, Yamato, Sakura und Sai los, um die drei Schutzsuchenden zu beschützen.

Lady Hotaru wird auf ihrem Weg in das Dorf des Tsuchigumo-Clans von Naruto, Yamato, Sakura und Sai beschützt. Die Erbin des verbotenen Jutsus möchte keine Hilfe erhalten und bittet in Ruhe gelassen zu werden. Mit einem Trick kann Sai ihre Meinung kurz darauf ändern. Auf dem Weg tauschen sich Naruto und Hotaru über ihre Meister aus.

Obwohl Naruto und seine Freunde die Mission erfolgreich beendet haben und somit Lady Hotaru in das versteckte Dorf brachten, hat Naruto ein ungutes Gefühl bei der Sache. Kurzerhand dreht Naruto um und geht zurück zum Dorf. Wie sich herausstellt, ist Team Akaboshi zuerst im Dorf angekommen und möchte Hotaru zu fassen bekommen.

Naruto stellt sich den angreifenden Ninja aus Kirigakure entgegen. Obwohl sie Hotaru in ihre Gewalt bringen wollen, ist ihr eigentliches Ziel Utakata. Dabei soll Hotaru nur ein Druckmittel sein, damit Utakata sie nach Kirigakure begleitet. Tsurugi, ein Oi-Nin erscheint und möchte statt zu kämpfen Verhandlungen mit den Shinobi aus Konoha anstoßen.

Naruto und das restliche Team kehren zum Berg Katsuragi zurück. Dort angekommen, erzählt Hotaru, dass es der Wunsch ihres Großvaters war, das verbotene Jutsu in ihrem Körper zu verpflanzen. Mithilfe des Jutsus wollte sie die Ehre ihres Clans wiederherstellen. Tonbei möchte daraufhin das Jutsu zerstören, jedoch weigert sich Hotaru und verschwindet.

Das versteckte Jutsu, welches an Hotarus Rücken angebracht ist, soll von Shiranami beschützt werden. Durch die Information eines seltsamen Mannes gelangt Naruto an eine abgelegene Hütte. Wie sich herausstellt, ist das eine Falle und Naruto sieht sich plötzlich gegenüber den vier Ganoven stehen. Diese können mittels eines Kombinationsjutsus Naruto gefangen nehmen.

Während Naruto und Utakata immer noch versuchen das Versteck von Shiranami zu finden, aktiviert dieser das verbotene Jutsu auf den Rücken der gefangenen Hotaru. Utakata bemerkt einen starken Chakra-Strom, welcher die zwei Shinobi direkt zum Versteck führt. Naruto versucht Shiranami anzugreifen, doch das Jutsu von Shiranami ist zu stark.

Shiranami verursacht mithilfe des aktivierten, verbotenen Jutsus eine gewaltige Explosion auf dem Berg Katsuragi. Dadurch werden Naruto und Utakata von den umherfliegenden Steinen begraben. Durchtrieben von Schuldgefühlen wird Hotaru hysterisch, so dass Shiranami Hotaru mit seinem Jutsu unter Kontrolle bringt.

Akatsuki konnte erfolgreich den Sechsschwänzigen versiegeln. Auch Sasuke und Juugo bereiten sich auf die Versiegelung des Achtschwänzigen vor. Dafür liefern sie den gefangen genommenen Killer B zunächst an Tobi aus. In der Zwischenzeit erinnert sich Naruto an die Uchiha-Brüder zurück. Unterbrochen werden seine Gedanken, durch den Befehl, bei Tsunade zu erscheinen.

Tsunade beauftragt Shikamaru mit der Entschlüsselung der Botschaft, welche Jiraiya auf dem Rücken von Fukasaku hinterlassen hat. Das Dechiffrierungsteam um Shikamaru hat sichtlich Probleme, den nicht aus Konoha stammenden Code, zu knacken. Wie es scheint, kann nur eine Person, die viel über Jiraiya weiß, den Code lösen.

Nachdem Tsunade und Kakashi, den von Jiraiya hinterlassen Code nicht entschlüsseln konnten, bittet Shikamaru Naruto um dessen Unterstützung. Schon kurz darauf kann Naruto dem Entschlüsselungsteam einen Tipp geben. Wie sich herausstellt, sind die Zahlen aus der Botschaft, Seiten aus Jiraiyas Buch zuzuordnen.

Bevor Fukasaku die Heimreise antritt, unterbreitet er Naruto ein Angebot. Daraufhin begleitet Naruto ihn in das Land der Kröten, um dort das Jutsu der Weisen zu erlernen. Wie sich herausstellt, hat das Training mit der Kröte einen Haken: Falls Naruto mithilfe des geheimen Kröten-Öls von Myōbokuzan, die natürlichen Kräfte nicht kontrollieren kann, wird er selbst in eine Kröte verwandelt.

Obwohl es im Training mit Fukasaku für Naruto immer wieder Rückschläge gibt, trainiert dieser mit voller Begeisterung weiter. Dieser Übereifer überrascht selbst Fukasaku. Zudem sieht er viele Parallelen zu seinem früheren Schüler Jiraiya. Jedoch konnte Naruto, im Vergleich zu seinem ehemaligen Sensei, die Senjutsukontrolle schneller erlernen.

Endlich konnte Naruto das Jutsu der Weisen im Land der Kröten erlernen. Fukasaku macht ihn trotzdem auf einige Risiken bei der Anwendung des Jutsus aufmerksam. Unterdessen wird Konoha von Tendo, einer Gestalt von Pain und seinen Gefolgsleuten angegriffen. Die Ninja konnten die Schutzbarrikaden des Dorfes überwinden, worauf die Bevölkerung in Panik gerät.

In Konoha herrscht, nach dem Angriff der Akatsuki, völliges Chaos. Während Sakura die Leitung des Krankenhauses übernimmt, findet Shizune die eigentliche Funktion der Metallteile, im Körper der Gestalt von Pain, heraus. Shizune gibt diese Information sofort an die Hokage weiter. Jedoch kann diese wenig mit der Information anfangen.

Nachdem Kakashi Iruka mit einem Verletzen weggeschickt hat, muss er sich allein gegen Pain beweisen. Um Pains Fähigkeiten herauszufinden, ruft Kakashi seine Blitzdoppelgänger herbei. Schnell ist sich Kakashi bewusst, dass er gegen diesen starken Gegner, welcher eigentlich aus mehreren Personen besteht, keine Chance hat.

Da sich Naruto immer noch auf dem Berg Myoboku im Land der Kröten befindet, hat er keine Ahnung, was in Konoha vor sich geht. Unterdessen durchforstet Inoichi den Verstand von dem Amegakure Ninja Yuudachi. Er erfährt den mögliche Aufenthaltsort von Pain: Dieser soll sich im höchsten Gebäude von Amegakure befinden.

Während der Kämpfe in Konoha beobachtet Konohamaru Pain, wie dieser einen Shinobi tötet. Daraufhin macht Pain Konohamaru hinter einer Wand ausfindig. Kurz bevor Pain ihn angreifen will, kann Ebisu ein Ablenkungsmanöver starten, um so Konohamaru die Chance zur Flucht zu geben. Jedoch ist Pain sehr mächtig und Ebisu steht kurz vor einer Niederlage.

Im Leichenraum kommt es zu einem Aufeinandertreffen von Gakidou Pain und Tsume Inuzuka. Die Mutter von Kiba greift ihren Rivalen an, doch dieser kann sich mit einer Leiche von Pain schützen. Nachdem Kiba den Raum ebenfalls betreten hat und seiner Mutter helfen will, können sie die Schwäche ihres Gegners herausfinden.

Pain schwebt über Konohagakure und aktiviert das Shinra Tensei. Dadurch zerstört er das ganze Dorf mitsamt seinen Bewohnern. Kurz nach der Explosion erscheint Naruto gemeinsam mit Fukasaku, Gamabunta, Gamaken, Gamakichi und Gamahiro. Erst nach einiger Zeit erkennen sie, dass der Krater, in welchem sie sich befinden, einst Konohagakure war.

Naruto, Fukasaku und Shima stellen sich gemeinsam einen Kampf gegen Pain und seinen sechs Gestalten. In der Auseinandersetzung mit dem Gakidō -Körper des Pains, kann Naruto weder Tai-Jutsu noch Nin-Jutsu anwenden, denn dieser Körper ist in der Lage das Chakra von nahezu jedem Jutsu aufzusaugen.

Gakidō-Pain konnte im Kampf gegen Naruto, dessen Sen-Jutsu-Chakra absorbieren. Dadurch verwandelt sich Gakidō-Pain in einen steinernen Frosch. Währenddessen aktiviert Tendō-Pain sein Nin-Jutsu Banshō Tenin, um Fukasaku an sich zu ziehen und diesen zu erstechen.

Tendō-Pain konnte mit einigen Metallstäben Naruto auf dem Boden fesseln. Pain erzählt Naruto seine Ideologien von Frieden, jedoch kann Naruto diese nicht gutheißen. Die Situation wird von Hinata mithilfe ihres Byakugans, beobachtet. Das Mädchen macht sich große Sorgen, um die gesundheitliche Verfassung von Naruto und kommt ihm zur Hilfe.

Als Naruto sieht, wie Tendō-Pain seine Freundin Hinata mit einem Metallstab aufspießt, erwacht zunächst der Kyuubi in der vierschwänzigen Form. In dieser Form bewirft Naruto seinen Gegenüber mit großen Felsbrocken und kann diesen kurzzeitig im Boden einschließen. Daraufhin verwandelt sich Naruto langsam weiter, bis er in der sechsschwänzigen Form angelangt ist.

Kurz bevor Naruto das letzte Siegel entfernen kann, erscheint sein Vater. Minato erzählt seinem Sohn, wer hinter dem Angriff auf Konohagakure steckt. Obwohl Naruto zunächst auf seinen Vater wütend ist, kann er ihm verzeihen. Wieder aus seinen Gedanken erwacht, löst sich der Kyuubi auf und Naruto befindet sich wieder im Eremitenmodus. Dadurch wird die von Pain erschaffene Erdkugel zerstört.

Naruto konnte Tendō-Pain besiegen und fand somit heraus, wo sich der echte Pain aufhält. Auf seinem Weg zu Nagatos Versteck, wird der junge Ninja von Inoichi und Shikaku gestoppt. Obwohl Beide gekommen sind, um Naruto aufzuhalten, versteht Shikaku den jungen Ninja und lässt Naruto alleine weiterziehen. Angekommen im Versteck, kommt es nach einem kurzen Dialog zu dem entscheidenden Kampf.

Eine Rückblende in Narutos Kindheit. Kurz vor dem Finale der Chūnin-Auswahlprüfung ist sich Naruto nicht sicher, ob er die letzte Prüfung bestehen kann. Er erfährt von dem „Vermächtnis des vierten Hokage", welches dem Finder große Macht verleihen soll.

Gemeinsam mit Sakura und Team 10 ist Naruto auf der Suche nach dem „Vermächtnis des vierten Hokage". Dieses Relikt, so lautet es, soll seinem Finder große Macht verleihen. Was die jungen Ninja allerdings nicht wissen, die Geschichte wurde von Maito Guy erfunden, welcher den jungen Ninja eine Lektion erteilen möchte.

Nagato erklärt sich bereit, seinem Gegenüber seine Beweggründe für die Zerstörung von Konoha zu erklären. Er beschreibt seine Kindheit im Kriegsgebiet und wie er darauf die Waisenkinder Yahiko und Konan kennenlernte. Die drei Waisenkinder verabscheuten den Krieg und wollten alles dafür tun, dass dieser eines Tages aufhört.

Im Gespräch mit Nagato, kann Naruto einige Parallelen mit diesem erkennen. Auch Pain hat seine Eltern verloren und musste sich daraufhin alleine durchschlagen. Zudem fand er auch lange Zeit keine Freunde, bis zu dem Moment, als er die anderen zwei Waisenkinder traf.

Nagato gibt an allen was mit ihm geschehen ist Konoha und dessen Bewohnern die Schuld. Naruto hingegen glaubt fest an die Ideale, welche ihm Jiraiya beigebracht hat. Naruto holt Jirayas Buch „Geschichten eines mutigen Ninjas" heraus. Nagato ist beeindruckt von Narutos Haltung und setzt im Anschluss ein mächtiges Jutsu als Wiedergutmachung ein.

Nagato setzt Gedō – Rinne Tensei no Jutsu ein. Dadurch werden alle Bewohner, welche durch seinen Angriff auf Konoha gestorben sind, wiederbelebt. Naruto ist sehr erstaunt, denn als er Nagato erneut anschaut, ist dieser um einige Jahre gealtert. Nagatos letzte Worte handeln von Krieg, Hass und Schmerz. Zudem sagt er, dass Naruto etwas Besonders ist.

Während Iruka durch das zerstörte Konohagakure läuft, schwelgt er in Erinnerungen. Er denkt darüber nach, wie er vom Dritten Hokage überredet wurde, Narutos Lehrer zu werden. Zunächst war Iruka nicht begeistert von dieser Aufgabe. Er wusste nicht, wie er mit dem Jungen und dessen unzähligen Streichen umgehen sollte.

Iruka denkt immer noch an die gemeinsame Vergangenheit mit Naruto zurück. Damals wurde Naruto aufgrund des Kyuubi in ihm, von den Bewohnern des Dorfes gemieden. Auch Iruka, hatte ein gespaltenes Verhältnis zu dem Jungen. Irukas Traumberuf war schon immer, der eines Lehrers an der Ninja-Akademie. Doch als er Naruto als Schüler bekam, wollte er diesen fast an den Nagel hängen.

Um endlich in einer Clique aufgenommen zu werden, muss sich Naruto einer Mutprobe stellen. Er begibt sich in die nahegelegenen Hügel, wo der Körper eines feindlichen Ninjas liegen soll. Von dort soll er einen Beweis mitbringen und diesen infolge zu Hibachi bringen. Als er ein Messer mit einem Zettel am Griff findet, ist dass Beweis genug, dass er am Austragungsort des Kampfes war.

Nach Pains Angriff auf Konoha, liegt Tsunade immer noch im Koma. Ihr alter Rivale Danzō Shimura, fordert daraufhin die Ernennung eines neuen Hokage. Obwohl Shikaku mit allen Mitteln versucht die Abstimmung zu verhindern, entscheidet der Feudalherr gemeinsam mit den Ministern und den Jonin, Danzō als neuen, sechsten Hokage einzusetzen.

Nachdem Konoha von Pain völlig zerstört wurde, versuchen die Bewohner das Dorf wieder aufzubauen. Dabei wendet Yamato sein Holz-Jutsu an, um somit einige Häuser wieder zu errichten. Zu Narutos Überraschung tauchen Inari und Tazuna auf. Die Tischler kommen aus dem Land der Wellen, um sich für Narutos geleistete Hilfe zu revanchieren.

Als Team 7 bei einer früheren Mission ein Nachtlager suchten, trafen sie auf Tsukado. Dieser befand sich auf einem Rachefeldzug, nachdem ein Mitglied seines Clans von Kageki getötet wurde. Naruto erklärt sich bereit, Tsukado zu unterrichten. Nach dem Training stellte sich Tsukado im Kampf gegen Kageki. Wie sich herausstellte, verbarg sich hinter der Identität des Kageki, sein Bruder Katazu.

Die Dörfer Sunagakure und Konohagakure schlossen vor langer Zeit ein Friedensabkommen ab. Als es an der gemeinsamen Grenze zu Unruhen kam, schickten beide Dörfer Ninja los, um nach dem Rechten zu sehen. Die Abgesandten aus Sunagakure, vertrauten ihrem Teammitglied Gaara nicht. Deswegen schickten sie zusätzlich Ninja hinterher, um Gaara bei der erstbesten Möglichkeit gefangen zu nehmen.

Nachdem Naruto auffällig geniest hat, erinnert sich Sakura an eine vergangene Epidemie zurück. In jenen Tagen kam der Verdacht auf, dass das Chakra-Virus im Dorf Einzug gefunden hätte. Durch diesen Virus, können Shinobi nicht mehr ihr Jutsu anwenden und somit auch ihre Kräfte im Kampf nicht mehr einsetzen. Auch Tsunade glaubt an einen Ausbruch der Krankheit und lässt das Dorf evakuieren …

Neji und Tenten sind auf dem Weg zu einer Waffenschmiede außerhalb des Dorfes. Vor zwei Jahren war Tenten schon einmal bei Lou, dem Waffenschmied. Damals war sie zunächst sehr enttäuscht, denn sämtliche Waffen, waren nicht zu gebrauchen. Kurz darauf waren Lou und sein Assistent Shoseki nicht mehr anzutreffen. Tentens Team entdeckte eine Geheimkammer mit den ultimativen Waffen.

Kondoru, ein sprechender Strauß aus Konohagakure, erzählt seinen Kindern vom ersten Aufeinandertreffen mit Naruto. Kondoru war einst ein Haustier, wollte aber ein Ninja-Strauß werden. Er brachte sich selbst Nin-Jutsu bei und begab sich daraufhin in das Trainingsgelände „Null". Kotetsu, Lee, Naruto und Shino erhielten von Tsunade den Auftrag, den entlaufenen Strauß wieder einzufangen.

Während der Chūnin-Auswahlprüfung wurde Lee schwer verletzt. Damals konnte Tsunade ihm durch eine Operation das Leben retten. Jetzt kann sich Lee revanchieren, indem er Tsunade, welche immer noch im Koma liegt, eine seltene Medizin bringt. Die Medizin wird aus der Jofuku-Blume hergestellt. Diese kann nur am Fuße des Jofuku-Berges gepflückt werden.

Als Naruto mit Jiraiya auf Trainingsreise war, wollte ihm Jiraiya beibringen, wie man ein Gen-Jutsu erkennt und dieses auflösen kann. Jiraiya möchte, dass sein Schüler diese Technik erlernt, denn sollte Naruto Sasuke, welcher ein Meister im Erstellen von Gen-Jutsu ist, zurückbringen wollen, muss Naruto diese Technik beherrschen.

Jiraiya und Naruto kamen vor langer Zeit zu Trainingszwecken in ein Dorf. Jedoch zwangen die Dorfbewohner sie zur Umkehr. Um herauszufinden, was in diesem Dorf vor sich geht, gab sich Naruto als ein Bewohner aus, welcher Jiraiya gefangen genommen hat. Sie brachten in Erfahrung, dass Kandachi die Herrschaft übernommen hatte. Es dauerte nicht lange und sie mussten sich einem Kampf stellen.

Als Sasuke noch klein war, dachte sich sein Bruder Itachi ein Spiel für ihn aus. Hierfür musste Sasuke Katzen einfangen und von diesen Pfotenabdrücke nehmen. So kamen mit der Zeit viele Abdrücke zusammen, welche die Katzenoma Nekobaa in einer Pfoten-Enzyklopädie sammelte. Um diese zu vervollständigen, schickte sie Sakura, Sasuke und Naruto los, einen Abdruck des Katzenbosses zu besorgen.

Naruto wurde vom Hokage beauftragt, gemeinsam mit dem Teamführer Hayame und Tekune die Grenze des Reiches vor Eindringlingen zu schützen. Ein weiteres Teammitglied war der alte Kosuke, welcher bereits seit 50 Jahren Genin war. Besonders Hayame schätzte ihn Wert, denn er erhoffte sich, aus der Erfahrung des alten Ninja, zu lernen und Vorteile daraus ziehen zu können.

Nach einer Mission wurden die jungen Ninja von Team 7 Zeuge, wie Mitglieder der ANBU eine Gefangene nach Konohagakure brachten. Diese war eine Spionin, die Informationen über Konohagakure und das Reich des Feuers sammeln sollte. Aufgrund einer Amnesie der Frau wurde der Dritte Hokage zu Rate gezogen. Dieser konnte in die Gedanken der Frau eindringen und sah eine Erinnerung an den jungen Kakashi.

Konohamaru, Moegi und Udon wollen einen Artikel für ihre Schülerzeitung verfassen. Thema sollen die Helden von Konoha sein, speziell ihr Lieblingsheld Naruto. Neji, welcher zahlreiche Missionen mit Naruto absolvierte, soll dabei, ihre Hauptinformationsquelle sein. Neji erzählt über ein Ereignis während der Chūnin-Auswahlprüfung. Damals wurde Hinata von zwei konkurrierenden Ninja entführt.

Dieses Special handelt davon, dass Naruto Uzumaki, der sich im Sennin Moodo befindet, gegen Sasuke Uchiha mit seinem Mangekyou Sharingan antritt. Während des Kampfes wird das gesamte Leben von beiden und deren Kämpfe noch einmal kurz gezeigt. Als Sasuke und Naruto sich einander zum Abschluss erneut mit Rasengan und Chidori angreifen kommt es zu einer großen Explosion. Danach sieht man wie Sakura Haruno und Kakashi Hatake nach Naruto schauen, der bewusstlos auf dem Boden liegt. Sakura will schon weinen als Naruto wieder aufwacht. Auch Sasuke steht derweil einige Meter weiter weg wieder auf und scheint nicht allzu schwer verletzt zu sein.

In dem zerstörten Konohagakure wurden zahlreiche Fotos gefunden. Shikamaru und Shiho sortieren sie und versuchen im Anschluss die Besitzer ausfindig zu machen. Dabei fällt Naruto ein Foto einer Tulpe in die Hände, welches ihn an ein Ereignis erinnert. Vor langer Zeit fiel er in eine Felsspalte. Während des Falls riss er ein Siegel ab, wodurch ein eingeschlossener Geist freigelassen wurde.

Kakashi und seine Schützlinge wurden vor einigen Jahren beauftragt, den von Dieben gestohlenen Schatz der Schwester des Feudalherren zurückzuholen. Schon kurz nach Beginn der Mission, ging so Einiges schief. Den Dieben gelang es zunächst Sakura gefangen zu nehmen und zwischen Sasuke und Naruto buchstäblich eine unzertrennliche Verbindung zu erschaffen.

Viele Jahre lang wurden die Ernteerträge eines Dorfes von Banditen gestohlen. Die Teams von Kakashi und Asuma wurden beauftragt, den Banditen das Handwerk zu legen. Das Versteck der Banditen war eine natürliche Festung, welche sich tief ins Innnere eines Berges verzweigte. Die Teamführer sahen in Shikamaru großes taktisches Potential schlummern.

Eines Tages kam ein Mädchen zu Tsunade und bat um Geleitschutz in das Dorf Shizume. Dort sollte das Mädchen einen Auftrag erfüllen. Da sie ein Auge auf Sasuke geworfen hatte, wollte sie am liebsten, dass er ihr Beschützer ist. Allerdings befand sich Sasuke auf einer anderen Mission und so wurden Sakura und Naruto eingeteilt. Allerdings weigerte sich das Mädchen mit den zwei Ninja zu gehen.

Kurz nach der Ernennung zum Rokudaime Hokage, erklärt Danzō Shimura Sasuke zu einem Nukenin. Naruto und Sakura wollen von Sai Informationen über den neuen Hokage erhalten. Jedoch aktiviert dieser das Anbu-Ne-Juin-Jutsu und kann somit nicht mehr über Danzō reden. Das Gespräch wird von Karui und Omoi belauscht. Die Ninja aus Kumogakure wollen daraufhin wissen, wo sich Sasuke aufhält.

Omoi und Karui erfahren von Naruto, dass ihr Meister Killer B wahrscheinlich noch am Leben ist. Daraufhin beschließen die Zwei, ihren Meister zu suchen. Doch zunächst fordert Karui sämtliche Informationen über den abtrünnigen Sasuke ein. Jedoch möchte Naruto seinen Freund nicht verraten. Derweil trifft Team Taka auf Tobi und Zetsu.

Das Gokage Kaidan, die Konferenz der fünf amtierenden Kage, findet im Eisen-Reich statt. Hierfür machen sich die Kage der unterschiedlichen Dörfer auf dem Weg, wobei jeder seine speziellen Charakterzüge aufweist. Neben dem Tsuchikage, der alt und gebrechlich ist und der Mikage, welche aufgrund ihres Alters gewisse Interpretationsschwierigkeiten hat, ist der muskelbepackte Raikage unterwegs.

Nachdem die fünf amtierenden Kage rechtzeitig im Eisen-Reich angekommen sind, beginnt das Gokage Kaidan. Gastgeber und Vorsitzender der Konferenz ist der Taishō des Tetsu no Kuni und Hauptmann der Samurai, Mifune. Schon der erste Tagesordnungspunkt lässt eine hitzige Diskussion zwischen den Anwesenden entbrennen. Schließlich beschließen die Kage eine Allianz gegen die Akatsuki zu formen.

Naruto sucht den Raikage auf. Der Shinobi möchte den Yondaime Hokage überreden, die Verfolgung von Sasuke aufzugeben und ihm zu verzeihen. Sakura erfährt unterdessen von Narutos Gefühlen und die restlichen Shinobi beschließen, im Kampf gegen die Akatsuki in Aktion zu treten. Währenddessen versucht Mifune einen Anführer für die neu gebildete Allianz gegen die Akatsuki zu finden.

Ununterbrochen muss Naruto an Sasuke denken, bis zu dem Moment als er von Tobi aus seinen Gedanken herausgerissen wird. Kakashi und Yamato eilen zu Narutos Hilfe herbei und greifen sofort den Anführer der Akatsuki an. Doch dieser möchte nicht kämpfen sondern lediglich mit Naruto reden. In der Zwischenzeit schleicht Team Taka im Gebäude herum und trifft schließlich auf den Raikage.

Team Taka kämpft weiterhin gegen den Raikage und seine Mitstreiter. In der Zwischenzeit hört Naruto von Tobi die Geschichte über Sasukes Bruder. Naruto erkennt, warum Sasuke von Rachegefühlen durchtrieben ist und die Chancen, Sasuke wieder nach Konohagakure zurückholen, gleich Null sind. Zudem erzählt Tobi die uralte Legende zweier verfeindeter Familien, den Uchihas und den Senjus.

Killer B wurde von den Akatsuki gefangen genommen. Mit der Hilfe seines Bijῡs ist er in Lage sich zu befreien. Er denkt allerdings nicht daran, in sein Dorf zurückzukehren. Denn dort wäre er nur der Bevormundung seines Bruders, des Raikages ausgesetzt. Unterdessen muss sich Sasuke, nach dem Kampf gegen den Raikage, einem weiteren Kampf gegen einen Kage stellen.

Während Sai, Kiba, Lee und Sakura auf der Suche nach Naruto sind, erklärt Madara dem Kage, dass er das Mondauge erschaffen will. Madara will Missgunst und Kriege verhindern, indem er eins seiner Augen auf den Mond projiziert und dadurch die Menschheit in einem Gen-Jutsu gefangen gehalten wird. Zudem erzählt Madara die Geschichte des Jubi.

Madara hat den Kage seinen Plan erzählt. Die Kage wollen keine Zeit verlieren und beginnen sofort, Gegenmaßnahmen zu ergreifen. Zunächst werden die Soldaten der Reiche zu einer Armee zusammengeschlossen. Oberbefehlshaber dieser Allianz ist der Raikage. In der Zwischenzeit findet Sakura ihren Teamkollegen Naruto.

Danzō, Torune und Fū werden von Ao verfolgt. Um an Aos Byakugan heranzukommen, stellt ihm Fū eine Falle. Aos Seele wird in einer Puppe versiegelt und Fū übernimmt dessen realen Körper. In der Zwischenzeit trifft Killer B auf das Akatsuki-Mitglied, Kisame. Schnell entbrennt ein Kampf zwischen den Beiden.

Naruto kann durch die Aussage von Sai endlich Sakuras Verhalten verstehen. Sakura liebt Sasuke und möchte nicht, dass Sasuke weiterhin dem dunklen Pfad folgt. Weiterhin beschließen die Shinobi aus Konohagakure, ebenfalls Sasuke zu suchen und Danzō, Torune sowie Fū treffen auf Tobi. Torune und Fū stellen sich einem Kampf gegen Tobi.

Nachdem Danzō gegenüber Sasuke seinen rechten Arm enthüllt hat, kommt es zu einem Kampf zwischen den Beiden. Sasuke möchte von Danzō erfahren, ob die Geschichte seines Bruders der Wahrheit entspricht. Dieser gibt aber nur widerwillig eine Antwort. Naruto, Sakura und Sai erfahren derweil, dass Sasuke Kumogakure überfallen und Danzō entführt haben soll.

Der Kampf zwischen Sasuke und Danzō geht weiter. Obwohl Sasuke seine stärksten Jutsu einsetzt, ist er nicht in der Lage Danzō zu besiegen. Madara beobachtet das Kampfgeschehen und kann den Grund für Danzōs Stärke herausfinden. Dieser setzt das Izanagi ein. Ein Jutsu, bei dem der Anwender selbst in ein Gen-Jutsu versetzt wird.

Sasuke und Danzō stehen sich weiterhin auf dem Schlachtfeld gegenüber. Kurz vor einem vermeintlichen Sieg muss Danzō erkennen, dass er auf ein Gen-Jutsu von seinem Widersacher reingefallen ist. Er schnappt sich Sasukes Teamkollegin Karin und nimmt sie als Schutzschild her. Trotzdem greift Sasuke Danzō an und durchbohrt Danzōs sowie Karins Herz.

Wie sich herausstellt, ist Sakuras Liebesgeständnis gegenüber Naruto nur ein Vorwand, damit Naruto nicht weiterhin nach Sasuke sucht. Gemeinsam mit Sai, Kiba, Akamaru und Lee macht sich Sakura auf den Weg, Sasuke zu suchen. Kurz bevor sie zu dem abtrünnigen Ninja stoßen, setzt Sakura ihre Begleiter mit Schlafgas außer Gefecht.

Nach seinem Ohnmachtsanfall wacht Naruto in einer Herberge auf. An seiner Seite sitzt Yamato, der auf Naruto aufpassen soll. Jedoch kann Naruto Yamato mit einem Schattendoppelgänger täuschen und macht sich daraufhin wieder auf die Suche nach Sasuke. Seine Gedanken drehen sich die ganze Zeit um die Ratschläge, welche er in Bezug auf die Suche nach Sasuke von seinen Freunden erhalten hat.

Nachdem Sakura endlich Sasuke gefunden hat, gesteht sie sich ein, dass sie damals mit Sasuke gemeinsam das Dorf hätte verlassen sollen. Weiterhin erklärt sie sich bereit, Sasuke zu begleiten. Dieser würde das Mädchen allerdings nur mitnehmen, wenn sie Karin tötet. Als Sakura sich umdreht, greift Sasuke sie mit Chidori an.

Erneut versucht Sasuke seine ehemalige Teamkollegin Sakura anzugreifen. Naruto kann Sakura vor Schlimmerem bewahren und schildert Sasuke die Wahrheit über seinen Bruder Itachi. Im Anschluss offenbart Sasuke seine Pläne in Bezug auf die Zerstörung Konohas. Kakashi sieht es als seine Pflicht als Teamleiter an, gegen seinen ehemaligen Schüler anzutreten.

Naruto hat die Hoffnung noch nicht aufgegeben. Immer noch möchte er seinen Freund überreden, nach Konoha zurückzukehren und somit vom dunklen Pfad abzuweichen. Zetsu berichtet Madara über die Schwierigkeiten, in welchen sich Sasuke befindet. Madara kann infolgedessen Sasuke in sein Versteck bringen.

Dem Raikage und seinem Bruder Killer B ist nicht bewusst, dass sie ein ganz besonderes Mitbringsel im Schlepptau haben. Den Brüdern war es möglich, das legendäre Schwert Sameheda an sich zu reißen. Jedoch konnte sich Kisame im Inneren des Schwertes verstecken und somit unbemerkt in das Reich des Blitzes gelangen.